ہیٹ میپ
ہیٹ میپ ٹول میٹرکس ڈیٹا فائل کو بطور ان پٹ قبول کرتا ہے اور صارفین کو ڈیٹا کو فلٹر کرنے، نارملائز کرنے اور کلسٹر کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ ہیٹ میپس کے لیے بنیادی استعمال کا معاملہ مختلف نمونوں کے درمیان جین کے اظہار کی سطح کا کلسٹر تجزیہ ہے۔
جین تشریح
جین اینوٹیشن ٹول مختلف ڈیٹا بیسز کے خلاف ان پٹ FASTA فائلوں کی ترتیب سیدھ کی بنیاد پر جین تشریح کرتا ہے۔
بنیادی لوکل الائنمنٹ سرچ ٹول (BLAST)
BLAST ٹول NCBI BLAST کا BMKCloud انٹیگریٹڈ ورژن ہے اور BMKCloud اکاؤنٹ پر اپ لوڈ کردہ ڈیٹا کا استعمال کرتے ہوئے اسی فنکشن کو انجام دینے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔
CDS_UTR پیشین گوئی
CDS_UTR پیشن گوئی ٹول کو کوڈنگ ریجنز (CDS) اور نان کوڈنگ ریجنز (UTR) کی پیشین گوئی کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے تاکہ معلوم پروٹین ڈیٹا بیسز اور ORF پیشین گوئی کے نتائج کے خلاف BLAST نتائج کی بنیاد پر دیے گئے ٹرانسکرپٹ سیکوئنسز میں پیش گوئی کی جا سکے۔
مین ہٹن پلاٹ
مین ہٹن پلاٹ ٹول اعلی نمونے کے تجربات کی نمائش کو قابل بناتا ہے اور عام طور پر جینوم وائیڈ ایسوسی ایشن اسٹڈیز (GWAS) میں استعمال ہوتا ہے۔
سرکوس ڈایاگرام
CIRCOS ڈایاگرام ٹول اس بات کا موثر تصور فراہم کرتا ہے کہ جینومک فیچر کو پورے جینوم میں کیسے تقسیم کیا جاتا ہے۔ عام خصوصیات میں مقداری لوکی، SNPs، InDels، ساختی اور کاپی نمبر کی مختلف حالتیں شامل ہیں۔
جین آنٹولوجی (GO) افزودگی
GO افزودگی کا آلہ فنکشنل افزودگی کا تجزیہ فراہم کرتا ہے۔ اس ٹول میں بنیادی سافٹ ویئر TopGO-Bioconductor پیکیج ہے، جس میں امتیازی اظہار کا تجزیہ، GO افزودگی کا تجزیہ اور نتائج کا تصور شامل ہے۔
ویٹڈ جین کو-ایکسپریشن نیٹ ورک تجزیہ (WGCNA)
WGCNA ایک وسیع پیمانے پر استعمال شدہ ڈیٹا مائننگ طریقہ ہے جو جین کو-ایکسپریشن ماڈیولز کو دریافت کرنے کے لیے ہے۔ یہ مائیکرو رے اور NGS جین ایکسپریشن ڈیٹا سمیت مختلف ایکسپریشن ڈیٹاسیٹ پر لاگو ہوتا ہے۔
انٹر پرو اسکین
InterProScan ٹول انٹرپرو پروٹین کی ترتیب کا تجزیہ اور درجہ بندی فراہم کرتا ہے۔
KEGG افزودگی پر جائیں۔
GO KEGG افزودگی ٹول ایک GO افزودگی ہسٹوگرام، KEGG افزودگی ہسٹوگرام اور KEGG افزودگی کا راستہ فراہم کرنے والے جین سیٹ اور متعلقہ تشریح کی بنیاد پر تیار کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔
