Éabhlóid GENOME
nádúr
CUMARSÁID
Nochtann seichimh ghéanóim bealaí scaipthe domhanda agus molann siad oiriúnuithe géiniteacha coinbhéirseacha in éabhlóid na gcapall mara
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Éagsúlacht Ghéiniteach |Stair Dhéimeagrafach |Sreabhadh Géine
Chuir Biomarker Technologies na seirbhísí seicheamhaithe Pacbio, cóimeála genome de novo agus nótaí ar fáil.
Buaicphointí
1. Fuarthas géanóm crómasóim leibhéal ardcháilíochta (Hippocampus erectus) le contig N50 de 15.5 Mb.
2.Rinneadh athsheicheamhú ar 358 géanóm ó 21 speiceas capall mara ar fud an domhain.
3. Tháinig na farraige chun cinn go déanach san Oligocene agus sainaithnítear bealaí coilínithe timpeall-domhanda ina dhiaidh sin agus nasctar iad le dinimic athraitheacha i sruthanna aigéin agus oscailtí farraige paleotemporal
4. Tá bunús géiniteach an fheinitíopa oiriúnaitheach “cnámh droma” athfhillteach nasctha le hionadaigh neamhspleácha i ngéin fhorbraíochta thábhachtach.
5.Cúitíonn rafting trí shruthanna aigéin droch-scaipeadh agus éascaíonn oiriúnú tapa gnáthóga nua a choilíniú
Éachtaí
Fíor 1 Éagsúlacht ghéiniteach agus caidrimh fhileigineacha de 358 eiseamal capall mara
aSuíomhanna samplála geografacha le haghaidh capaill mhara samplála le patrúin éagsúlachta núicléitíde (π) den 21 speiceas capall mara thar 22 crómasóim.b Crann comharsanachta tógtha le SNPanna ar fud an ghéanóim de 358 capall mara.Freagraíonn siombailí bioráin suímh in (a) agus cúlra brainse i (b) dá chéile.
Fíor 2 Coilíniú agus stair dhéimeagrafach na gcapall mara
aMeastacháin am crann fíolaigineach agus éagsúlachta do 21 speiceas capall mara.Freagraíonn tiús na líne brainse do na meastacháin ar mhéid an daonra (Ne) agus léiríonn dathanna línte éagsúla.Léiríonn siombailí I–III pointí calabraithe.b–d Bealaí coilínithe tuartha (saigheada daite) na gcapall mara bunaithe ar am éagsúlachta, dáileadh, teagmhais ionada, agus sruthanna aigéin (saigheada bána).b Ba é an oileánra Ind-Astrálach lárionad tionscnaimh (marcáil dhearg) an ghéineas Hippocampus sular éagsúlú agus scaipeadh capaill mhara ar fud an domhain 18–23 Ma.c Rinne capaill mara coilíniú ar an Aigéan Atlantach ar dtús trí bhealach farraige oscailte Tethyan, a scar, tar éis é a dhúnadh (Teagmhas Teirminéil le linn 7–13 Ma), an tsliocht Tethyan seo óna chomhshíntiús san Aigéan Indiach.Rinne an dara ceann, éagsúlú tapa ina dhiaidh sin (marcáil buí) sa Mhuir Arabach, ag bunú dara lárionad d'éagsúlú capall mara.d Tharla an dara heachtra coilínithe capall mara san Aigéan Atlantach ón Aigéan Indiach thart ar 5Ma ag dul thar rinn na hAfraice Theas, agus faoi dheireadh ag teacht chuig an Aigéan Ciúin Thoir trí bhealach farraige Panama atá fós oscailte thart ar 3.6 Ma.
Fíor 3 Sreabhadh géine agus luaineachtaí i méid éifeachtach an daonra
aSreabhadh géine braite idir speicis a chónaíonn san Aigéan Atlantach Theas.Taispeántar sreabhadh géine in aice leis na línte bána mar ráta imirce asbhainte ag G-PhoCS.Freagraíonn tiús agus treo na saigheada do rátaí agus treo sreabhadh géine, faoi seach.b Athruithe i méid éifeachtach an daonra de réir PSMC.Seasann an x-ais don am sna blianta roimhe sin agus seasann an y-ais don daonra éifeachtach.Eagraítear na cairteacha go príomha de réir an dáileadh geografach do gach ceann de na speicis a bhfuil limistéir dáileacháin éagsúla acu.c Athrú ar leibhéal na farraige i méadair le 1 milliún bliain anuas33.Léiríonn an líne buí an bhuaic dhomhanda dheireanach idiroighreach agus léiríonn an scáth ciain an uastréimhse oighreach dheireanach.
Fíor 4 Forás na spines.
aAr chlé, Crann Speiceas a thaispeánann éabhlóid neamhspleách na spíne i gcapaill mara.Léiríonn fad an bhrainse líon na n-ionadaíochtaí in aghaidh an tsuímh.Tá dath gorm ar cheithre speiceas de capaill mara spíonacha.Comhfhreagraíonn brainsí níos déine do rátaí níos airde d’ionadaíochtaí neamh-chomhchiallacha go comhchiallach (dN/dS) do ghéin bmp3.Rinneadh tástáil canonical agus ginearálaithe McDonald agus Kreitman (MKT) le haghaidh géine bmp3 ar thrí speiceas deirfiúracha pairwise le gnéithe spíonacha éagsúla agus neamhspiny aibhsithe ag dathanna cúlra, a léirigh a leibhéil suntais ag luach p le cló gorm agus dearg, faoi seach.Ar dheis, léirítear comparáid idir ionaid aimínaigéad i bmp3 próitéine, ionaid ilmhorfacha agus sheasta i gcapaill mara spíonacha le ciorcail dearga agus gorma, faoi seach.b Dáileadh luachanna dN/dS i bmp3 i capaill mhara spíonacha i gcomparáid le speicis neamhspiíneacha.c Éabhlóid neamhspleách sa chrann fíogéiniteach athdhéanta don phróitéin atá ionchódaithe ag bmp3.d hibridiú in situ iomlán ar bmp3 in Hippocampus erectus.
Tagairt
Li C et al.Nochtann seichimh ghéanóim bealaí scaipthe domhanda agus molann siad oiriúnuithe géiniteacha coinbhéirseacha in éabhlóid na gcapall mara.Cumann Nat.2021 17 Feabhra; 12(1):1094.
Nuacht agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Biomarker Technologies, gnóthachtálacha eolaíocha úra a ghabháil chomh maith leis na teicníochtaí suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am postála: Jan-06-2022