ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਖੋਜ
SARS-CoV-2 ਦੀ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਨਿਗਰਾਨੀ ਇੱਕ Nsp1 ਡਿਲੀਟੇਸ਼ਨ ਵੇਰੀਐਂਟ ਦਾ ਪਰਦਾਫਾਸ਼ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜੋ ਟਾਈਪ I ਇੰਟਰਫੇਰੋਨ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆ ਨੂੰ ਸੰਚਾਲਿਤ ਕਰਦੀ ਹੈ
ਨੈਨੋਪੋਰ |ਇਲੁਮਿਨਾ |ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ ਅਨੁਕ੍ਰਮਣ |ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕਸ |RNA-Seq |ਸੈਂਗਰ
ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ ਨੇ ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਲੜੀ 'ਤੇ ਤਕਨੀਕੀ ਸਹਾਇਤਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ।
ਹਾਈਲਾਈਟਸ
1.SARS-CoV-2 ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਫਾਈਲੋਗਨੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ 31 SNPs ਅਤੇ 4 ਇੰਡੇਲ ਸਮੇਤ 35 ਆਵਰਤੀ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਦੇ ਹਨ।
2. 117 ਕਲੀਨਿਕਲ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧ ਸੰਭਾਵੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ
ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਪਰਿਵਰਤਨ.
Nsp1 ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ∆500-532 ਹੇਠਲੇ ਵਾਇਰਲ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ ਹੈ
3.ਲੋਡ ਅਤੇ ਸੀਰਮ IFN-β.
4. ∆500-532 ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਾਲ ਵਾਇਰਲ ਆਈਸੋਲੇਟਸ ਹੇਠਲੇ IFN-I ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ
ਲਾਗ ਵਾਲੇ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ.
ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਪ੍ਰਾਪਤੀਆਂ
1. ਕੋਵਿਡ-19 ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਨਿਗਰਾਨੀ
ਸਿਚੁਆਨ ਪ੍ਰਾਂਤ, ਚੀਨ ਵਿੱਚ 22 ਜਨਵਰੀ, 2020 ਤੋਂ 20 ਫਰਵਰੀ, 2020 ਤੱਕ ਫੈਲਣ ਦੀ ਮਿਆਦ ਵਿੱਚ ਕਲੀਨਿਕਲ ਡੇਟਾ ਇਕੱਤਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਿਚੁਆਨ ਵਿੱਚ qPCR ਟੈਸਟਾਂ ਦੁਆਰਾ ਕੁੱਲ 538 COVID-19 ਕੇਸਾਂ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 28.8% ਪ੍ਰਾਂਤ ਦੇ ਸਨ। ਪੂੰਜੀਸਿਚੁਆਨ ਵਿੱਚ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੇ ਕੇਸਾਂ ਵਿੱਚ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਵਾਧਾ ਹੋਇਆ, 30 ਜਨਵਰੀ ਨੂੰ ਸਿਖਰ 'ਤੇ।ਨਾਲ ਹੀ, ਡੇਟਾ ਨੇ ਸਮਰਥਨ ਕੀਤਾ ਕਿ ਸਮਾਜਿਕ ਦੂਰੀ ਵਾਇਰਸ ਦੇ ਫੈਲਣ ਨੂੰ ਰੋਕਣ ਲਈ ਇੱਕ ਮੁੱਖ ਕਾਰਕ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ।
ਚਿੱਤਰ 1. ਚੀਨ ਦੇ ਸਿਚੁਆਨ ਸੂਬੇ ਵਿੱਚ ਕੋਵਿਡ-19 ਦਾ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਅਧਿਐਨ
2. SARS-CoV-2 ਜੀਨੋਮ ਨਿਰਮਾਣ ਅਤੇ ਰੂਪਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਮਲਟੀਪਲੈਕਸ ਪੀਸੀਆਰ ਐਂਪਲੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਦੇ ਨਾਲ ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਬਾਅਦ, 248 ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁੱਲ 310 ਨੇੜੇ- ਜਾਂ ਅੰਸ਼ਕ-ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਲਗਭਗ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।80% ਜੀਨੋਮ 10 ਰੀਡਜ਼ ਦੁਆਰਾ ਕਵਰ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ (ਔਸਤ ਡੂੰਘਾਈ: 0.39 M ਰੀਡ ਪ੍ਰਤੀ ਨਮੂਨਾ)।
ਚਿੱਤਰ 2. ਸਿਚੁਆਨ ਸਮੂਹ ਵਿੱਚ ਹਰੇਕ ਰੂਪਾਂ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ
SARS-CoV-2 ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਕੁੱਲ 104 SNPs ਅਤੇ 18 Indels ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ 31 SNPs ਅਤੇ 4 Indels ਨੂੰ ਆਵਰਤੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੂਪਾਂ ਵਜੋਂ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਵੁਹਾਨ ਦੇ 169 ਨਮੂਨਿਆਂ ਅਤੇ GISAID ਵਿੱਚ 81,391 ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਜਨਤਕ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮਾਂ ਨਾਲ ਉਹਨਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਕੇ, ਦੂਜੇ ਮਹਾਂਦੀਪਾਂ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤੇ ਗਏ 35 ਰੂਪਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 29।ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ਅਤੇ T13243C ਸਮੇਤ ਚਾਰ ਰੂਪਾਂ ਨੂੰ ਸਿਰਫ ਸਿਚੁਆਨ ਅਤੇ ਵੁਹਾਨ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਅਤੇ GISAID ਡੇਟਾ ਵਿੱਚ ਗੈਰਹਾਜ਼ਰ ਪਾਇਆ ਗਿਆ, ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਇਹਨਾਂ ਰੂਪਾਂ ਨੂੰ ਵੁਹਾਨ ਤੋਂ ਇੰਪ੍ਰੋਟ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਦੀ ਬਹੁਤ ਸੰਭਾਵਨਾ ਸੀ, ਜੋ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਦੇ ਯਾਤਰਾ ਰਿਕਾਰਡ.
ਸਿਚੁਆਨ ਤੋਂ 88 ਨਵੇਂ ਵਾਇਰਸਾਂ ਅਤੇ ਹੋਰ ਖੇਤਰਾਂ ਤੋਂ 250 ਕਿਉਰੇਟਿਡ ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸੰਭਾਵਨਾ (ML) ਵਿਧੀ ਅਤੇ ਬਾਏਸੀਅਨ ਅਣੂ ਘੜੀ ਪਹੁੰਚ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।∆500-532 ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮ (Nsp1 ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਮਿਟਾਏ ਗਏ) ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਘੱਟ ਵੰਡੇ ਗਏ ਪਾਏ ਗਏ ਸਨ।Nsp1 ਰੂਪਾਂ 'ਤੇ ਹੈਪਲੋਟਾਈਪ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 5 ਨੂੰ ਕਈ ਸ਼ਹਿਰਾਂ ਤੋਂ ਪਛਾਣਿਆ।ਇਹਨਾਂ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ∆500-532 ਕਈ ਸ਼ਹਿਰਾਂ ਵਿੱਚ ਹੋਇਆ ਹੈ ਅਤੇ ਵੁਹਾਨ ਤੋਂ ਕਈ ਵਾਰ ਆਯਾਤ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਚਿੱਤਰ 2. SARS-CoV-2 ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਆਵਰਤੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੂਪ ਅਤੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
3. ਕਲੀਨਿਕਲ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਆਵਰਤੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੂਪਾਂ ਦੀ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ
117 ਕਲੀਨਿਕਲ ਫੀਨੋਟਾਈਪਸ ਕੋਵਿਡ-19 ਦੀ ਗੰਭੀਰਤਾ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਸਨ, ਜਿੱਥੇ 19 ਗੰਭੀਰਤਾ-ਸਬੰਧਤ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਨੂੰ ਗੰਭੀਰ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਗੰਭੀਰ ਗੁਣਾਂ ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਇਹਨਾਂ ਗੁਣਾਂ ਅਤੇ 35 ਆਵਰਤੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੂਪਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧਾਂ ਨੂੰ ਬਾਇ-ਕਲੱਸਟਰ ਹੀਟਮੈਪ ਵਿੱਚ ਵਿਯੂਅਲਾਈਜ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਇੱਕ GSEA-ਵਰਗੇ ਦਰਜੇ ਦੇ ਸੰਸ਼ੋਧਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ∆500-532 ਖੂਨ ਵਿੱਚ ESR, ਸੀਰਮ IFN-β ਅਤੇ CD3+CD8+ T ਸੈੱਲਾਂ ਦੀ ਗਿਣਤੀ ਨਾਲ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਬੰਧਿਤ ਹੈ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, qPCR ਟੈਸਟਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਵਾਇਰਸ ∆500-532 ਨਾਲ ਸੰਕਰਮਿਤ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਦਾ Ct ਮੁੱਲ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸੀ, ਭਾਵ ਸਭ ਤੋਂ ਘੱਟ ਵਾਇਰਲ ਲੋਡ।
ਚਿੱਤਰ 3. ਕਲੀਨਿਕਲ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਦੇ ਨਾਲ 35 ਆਵਰਤੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਰੂਪਾਂ ਦੇ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ
4. ਵਾਇਰਲ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਕਲੀਨਿਕਲ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ 'ਤੇ ਪ੍ਰਮਾਣਿਕਤਾ
Nsp1 ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ 'ਤੇ ∆500-532 ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨੂੰ ਸਮਝਣ ਲਈ, HEK239T ਸੈੱਲਾਂ ਨੂੰ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ, WT Nsp1 ਅਤੇ ਮਿਟਾਏ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ ਰੂਪਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਵਾਲੇ ਪਲਾਜ਼ਮੀਡਾਂ ਨਾਲ ਤਬਦੀਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਹਰੇਕ ਇਲਾਜ ਕੀਤੇ HEK239T ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਪੀਸੀਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਸੰਸਾਧਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਮਿਟਾਉਣ ਵਾਲੇ ਮਿਊਟੈਂਟਸ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਨੇੜੇ ਹਨ ਅਤੇ WT Nsp1 ਤੋਂ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੇ ਸਨ।ਉਹ ਜੀਨ ਜੋ ਮਿਊਟੈਂਟਸ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅੱਪਰੇਗੂਲੇਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ "ਪੇਪਟਾਇਡ ਬਾਇਓਸਿੰਥੈਟਿਕ/ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ", "ਰਾਇਬੋਨਿਊਕਲੀਓਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਬਾਇਓਜੇਨੇਸਿਸ", "ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ ਝਿੱਲੀ/ER ਨੂੰ ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਬਣਾਉਣਾ", ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਸਨ।
ਚਿੱਤਰ 4. WT Nsp1 ਦੁਆਰਾ ਟ੍ਰਾਂਸਫੈਕਟ ਕੀਤੇ HEK239T ਸੈੱਲਾਂ 'ਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਮਿਟਾਉਣ ਦੇ ਨਾਲ
IFN-1 ਜਵਾਬ 'ਤੇ ਮਿਟਾਉਣ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨੂੰ ਓਵਰਪ੍ਰੈਸਡ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਵੀ ਪਰਖਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਸਾਰੇ ਟੈਸਟ ਕੀਤੇ ਮਿਟਾਉਣ ਨੂੰ ਟ੍ਰਾਂਸਫੈਕਟਡ HEK239T ਅਤੇ A549 ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਪੱਧਰ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਪੱਧਰ ਦੋਵਾਂ ਵਿੱਚ IFN-1 ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਘਟਾਉਣ ਲਈ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਦਿਲਚਸਪ ਗੱਲ ਇਹ ਹੈ ਕਿ, ਮਿਟਾਉਣ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ "ਵਾਇਰਸ ਪ੍ਰਤੀ ਬਚਾਅ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ", "ਵਾਇਰਲ ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ", "ਆਰਐਨਏ ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ II ਦੁਆਰਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਦਾ ਨਿਯਮ" ਅਤੇ "ਟਾਈਪ I ਇੰਟਰਫੇਰੋਨ ਪ੍ਰਤੀ ਜਵਾਬ" ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।
ਚਿੱਤਰ 5. ∆500-532 ਮਿਊਟੈਂਟ ਵਿੱਚ ਇੰਟਰਫੇਰੋਨ ਸਿਗਨਲਿੰਗ ਮਾਰਗਾਂ ਦਾ ਡਾਊਨ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, ਵਾਇਰਸ 'ਤੇ ਇਨ੍ਹਾਂ ਮਿਟਾਉਣ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਵਾਇਰਲ ਇਨਫੈਕਸ਼ਨ ਅਧਿਐਨ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਕੁਝ ਮਿਊਟੈਂਟਸ ਵਾਲੇ ਵਾਇਰਸਾਂ ਨੂੰ ਕਲੀਨਿਕਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਅਲੱਗ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਕੈਲੂ-3 ਸੈੱਲਾਂ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਵਾਇਰਲ ਇਨਫੈਕਸ਼ਨ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਦੇ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਨਤੀਜੇ ਪੇਪਰ ਵਿੱਚ ਪੜ੍ਹੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
ਹਵਾਲਾ
ਲਿਨ ਜੇ, ਟੈਂਗ ਸੀ, ਵੇਈ ਐੱਚ, ਐਟ ਅਲ.SARS-CoV-2 ਦੀ ਜੀਨੋਮਿਕ ਨਿਗਰਾਨੀ ਇੱਕ Nsp1 ਡਿਲੀਟੇਸ਼ਨ ਵੇਰੀਐਂਟ ਦਾ ਪਰਦਾਫਾਸ਼ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜੋ ਟਾਈਪ I ਇੰਟਰਫੇਰੋਨ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ [J] ਨੂੰ ਮੋਡਿਊਲੇਟ ਕਰਦੀ ਹੈ।ਸੈੱਲ ਹੋਸਟ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬ, 2021।
ਖਬਰਾਂ ਅਤੇ ਹਾਈਲਾਈਟਸ ਇਸ ਦਾ ਉਦੇਸ਼ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ ਨਾਲ ਨਵੀਨਤਮ ਸਫਲ ਮਾਮਲਿਆਂ ਨੂੰ ਸਾਂਝਾ ਕਰਨਾ, ਅਧਿਐਨ ਦੌਰਾਨ ਲਾਗੂ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਤਕਨੀਕਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਵਿਗਿਆਨਕ ਪ੍ਰਾਪਤੀਆਂ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਕਰਨਾ ਹੈ।
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-06-2022