മുഴുവൻ ജീനോം പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നു
SARS-CoV-2-ന്റെ ജീനോമിക്‌സ് മോണിറ്ററിംഗ് ടൈപ്പ് I ഇന്റർഫെറോൺ പ്രതികരണം മോഡുലേറ്റ് ചെയ്യുന്ന ഒരു Nsp1 ഡിലീഷൻ വേരിയന്റ് കണ്ടെത്തുന്നു
നാനോപോർ |ഇല്ലുമിന |മുഴുവൻ ജീനോം റീസെക്വൻസിങ് |മെറ്റാജെനോമിക്സ് |RNA-Seq |സാംഗർ
ഈ പഠനത്തിൽ ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് സാമ്പിൾ സീക്വൻസിംഗിൽ സാങ്കേതിക പിന്തുണ നൽകി.
ഹൈലൈറ്റുകൾ
1.SARS-CoV-2 ജീനോം സീക്വൻസിംഗും ഫൈലോഗ്നെറ്റിക് വിശകലനവും 31 എസ്എൻപികളും 4 ഇൻഡലുകളും ഉൾപ്പെടെ 35 ആവർത്തിച്ചുള്ള മ്യൂട്ടേഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു.
2.117 ക്ലിനിക്കൽ ഫിനോടൈപ്പുകളുമായുള്ള അസോസിയേഷൻ സാധ്യത വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
പ്രധാനപ്പെട്ട മ്യൂട്ടേഷനുകൾ.
Nsp1 കോഡിംഗ് മേഖലയിലെ ∆500-532 താഴ്ന്ന വൈറസുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
3.ലോഡ്, സെറം IFN-β.
4. ∆500-532 മ്യൂട്ടേഷനുള്ള വൈറൽ ഐസൊലേറ്റുകൾ താഴ്ന്ന IFN-I-നെ പ്രേരിപ്പിക്കുന്നു
രോഗബാധിതമായ കോശങ്ങളിലെ പ്രതികരണം.
പരീക്ഷണ രൂപകല്പന
നേട്ടങ്ങൾ
1. COVID-19 എപ്പിഡെമിയോളജിക്കൽ, ജീനോമിക് നിരീക്ഷണം
2020 ജനുവരി 22 മുതൽ 2020 ഫെബ്രുവരി 20 വരെ പൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ട കാലയളവിൽ ചൈനയിലെ സിചുവാൻ പ്രവിശ്യയിൽ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ശേഖരിച്ചു. സിചുവാനിലെ qPCR പരിശോധനയിലൂടെ ആകെ 538 COVID-19 കേസുകൾ സ്ഥിരീകരിച്ചു, അതിൽ 28.8% പ്രവിശ്യയിൽ നിന്നാണ്. മൂലധനം.സിച്ചുവാനിൽ സ്ഥിരീകരിച്ച കേസുകൾ ക്രമാതീതമായി വർദ്ധിച്ചു, ജനുവരി 30-ന് ഉയർന്നു.കൂടാതെ, വൈറസ് വ്യാപനം തടയുന്നതിൽ സാമൂഹിക അകലം ഒരു പ്രധാന ഘടകമാകുമെന്ന് ഡാറ്റ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.
ചിത്രം 1. ചൈനയിലെ സിചുവാൻ പ്രവിശ്യയിലെ COVID-19-നെക്കുറിച്ചുള്ള എപ്പിഡെമിയോളജിക്കൽ പഠനം
2. SARS-CoV-2 ജീനോം നിർമ്മാണവും വേരിയന്റുകളുടെ തിരിച്ചറിയലും
മൾട്ടിപ്ലെക്‌സ് പിസിആർ ആംപ്ലിഫിക്കേഷനും നാനോപോർ സീക്വൻസിംഗും ഉപയോഗിച്ച്, 248 രോഗികളിൽ നിന്നുള്ള 310 സമീപമോ ഭാഗികമോ ആയ ജീനോമുകൾ ഏകദേശം ജനറേറ്റുചെയ്‌തു.80% ജീനോമുകളും 10 റീഡുകളാൽ മൂടപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു (ശരാശരി ആഴം: ഒരു സാമ്പിൾക്ക് 0.39 M റീഡുകൾ).
ചിത്രം 2. സിചുവാൻ കോഹോർട്ടിലെ ഓരോ വേരിയന്റുകളുടെയും ആവൃത്തി
SARS-CoV-2 ജീനോമുകളിൽ നിന്ന് മൊത്തം 104 എസ്എൻപികളും 18 ഇൻഡലുകളും തിരിച്ചറിഞ്ഞു, അതിൽ 31 എസ്എൻപികളും 4 ഇൻഡലുകളും ആവർത്തിച്ചുള്ള ജനിതക വകഭേദങ്ങളായി തിരിച്ചറിഞ്ഞു.വുഹാനിൽ നിന്നുള്ള 169 സാമ്പിളുകളുമായും GISAID-ലെ 81,391 ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള പബ്ലിക് ജീനോം സീക്വൻസുകളുമായും താരതമ്യം ചെയ്തുകൊണ്ട്, മറ്റ് ഭൂഖണ്ഡങ്ങളിൽ അവതരിപ്പിച്ച 35 വേരിയന്റുകളിൽ 29 എണ്ണം.ശ്രദ്ധേയമായി, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737, T13243C എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള നാല് വകഭേദങ്ങൾ സിചുവാൻ, വുഹാനിലും GISAID ഡാറ്റയിൽ ഇല്ലെന്നും കണ്ടെത്തി, ഈ വകഭേദങ്ങൾ വുഹാനിൽ നിന്ന് ഇംപ്രൂട്ട് ചെയ്യാൻ സാധ്യതയുണ്ടെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. രോഗികളുടെ യാത്രാ രേഖകൾ.
പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള (എംഎൽ) രീതിയും ബയേസിയൻ മോളിക്യുലാർ ക്ലോക്ക് സമീപനങ്ങളുമുള്ള പരിണാമ വിശകലനം സിച്ചുവാനിൽ നിന്നുള്ള 88 പുതിയ വൈറസുകളിലും മറ്റ് പ്രദേശങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള 250 ക്യൂറേറ്റഡ് ജീനോമുകളിലും പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു.∆500-532 (Nsp1 കോഡിംഗ് മേഖലയിലെ ഇല്ലാതാക്കലുകൾ) ഉള്ള ജീനോമുകൾ ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീയിൽ വിരളമായി വിതരണം ചെയ്യപ്പെട്ടതായി കണ്ടെത്തി.Nsp1 വേരിയന്റുകളിലെ ഹാപ്ലോടൈപ്പ് വിശകലനം അവയിൽ 5 എണ്ണം ഒന്നിലധികം നഗരങ്ങളിൽ നിന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞു.ഈ ഫലങ്ങൾ ∆500-532 ഒന്നിലധികം നഗരങ്ങളിൽ സംഭവിച്ചുവെന്നും വുഹാനിൽ നിന്ന് ഒന്നിലധികം തവണ ഇറക്കുമതി ചെയ്തേക്കാമെന്നും നിർദ്ദേശിച്ചു.
ചിത്രം 2. ആവർത്തിച്ചുള്ള ജനിതക വകഭേദങ്ങളും SARS-CoV-2 ജീനോമുകളിലെ ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനവും
3. ക്ലിനിക്കൽ പ്രത്യാഘാതങ്ങളുള്ള ആവർത്തിച്ചുള്ള ജനിതക വകഭേദങ്ങളുടെ അസോസിയേഷൻ
117 ക്ലിനിക്കൽ ഫിനോടൈപ്പുകൾ COVID-19 തീവ്രതയുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു, അവിടെ 19 തീവ്രതയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഫിനോടൈപ്പുകളെ ഗുരുതരമായതും അല്ലാത്തതുമായ സ്വഭാവങ്ങളായി തരംതിരിച്ചിട്ടുണ്ട്.ഈ സ്വഭാവങ്ങളും 35 ആവർത്തിച്ചുള്ള ജനിതക വകഭേദങ്ങളും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം ബൈ-ക്ലസ്റ്റർ ഹീറ്റ്മാപ്പിൽ ദൃശ്യവൽക്കരിക്കപ്പെട്ടു.∆500-532 രക്തത്തിലെ ESR, സെറം IFN-β, CD3+CD8+ T സെൽ കൗണ്ടുകളുമായി പ്രതികൂലമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്ന് GSEA പോലെയുള്ള റാങ്കുള്ള സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം കാണിക്കുന്നു.കൂടാതെ, qPCR പരിശോധനകൾ കാണിക്കുന്നത് ∆500-532 വൈറസ് ബാധിച്ച രോഗികൾക്ക് ഏറ്റവും ഉയർന്ന Ct മൂല്യമാണുള്ളത്, അതായത് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വൈറൽ ലോഡ്.
ചിത്രം 3. ക്ലിനിക്കൽ ഫിനോടൈപ്പുകളുള്ള 35 ആവർത്തിച്ചുള്ള ജനിതക വകഭേദങ്ങളുടെ അസോസിയേഷനുകൾ
4. വൈറൽ മ്യൂട്ടേഷനുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ക്ലിനിക്കൽ ഫിനോടൈപ്പുകളുടെ മൂല്യനിർണ്ണയം
Nsp1 ഫംഗ്ഷനുകളിൽ ∆500-532 ന്റെ സ്വാധീനം മനസ്സിലാക്കുന്നതിനായി, HEK239T സെല്ലുകൾ പൂർണ്ണ-ദൈർഘ്യം, WT Nsp1 എന്നിവ പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന പ്ലാസ്മിഡുകളും ഇല്ലാതാക്കലുകളുള്ള മ്യൂട്ടന്റ് ഫോമുകളും ഉപയോഗിച്ച് കൈമാറ്റം ചെയ്തു.ചികിത്സിച്ച ഓരോ HEK239T സെല്ലുകളുടെയും ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റ് പ്രൊഫൈലുകൾ പിസിഎ വിശകലനത്തിനായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു, ഇല്ലാതാക്കൽ മ്യൂട്ടന്റ്‌സ് താരതമ്യേന അടുത്താണെന്നും WT Nsp1 ൽ നിന്ന് കാര്യമായ വ്യത്യാസമുണ്ടെന്നും കാണിക്കുന്നു.മ്യൂട്ടന്റുകളിൽ ഗണ്യമായി നിയന്ത്രിക്കപ്പെട്ട ജീനുകൾ പ്രധാനമായും "പെപ്റ്റൈഡ് ബയോസിന്തറ്റിക്/മെറ്റബോളിക് പ്രോസസ്", "റൈബോ ന്യൂക്ലിയോപ്രോട്ടീൻ കോംപ്ലക്സ് ബയോജെനിസിസ്", "മെംബ്രൺ/ഇആർ എന്നിവയെ ലക്ഷ്യം വയ്ക്കുന്ന പ്രോട്ടീൻ" മുതലായവയിൽ സമ്പുഷ്ടമാണ്. കൂടാതെ, രണ്ട് ഇല്ലാതാക്കലുകൾ ഡബ്ല്യുടിയിൽ നിന്ന് ഒരു പ്രത്യേക എക്സ്പ്ഷൻ പാറ്റേൺ കാണിച്ചു.
ചിത്രം 4. WT Nsp1 വഴി കൈമാറ്റം ചെയ്യപ്പെട്ട HEK239T സെല്ലുകളിലെ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം വിശകലനവും അത് ഇല്ലാതാക്കലുകളും
IFN-1 പ്രതികരണത്തിലെ ഇല്ലാതാക്കലുകളുടെ സ്വാധീനവും അമിതമായി പ്രകടമാക്കിയ പഠനത്തിൽ പരീക്ഷിച്ചു.ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം ലെവലിലും പ്രോട്ടീൻ തലത്തിലും ട്രാൻസ്‌ഫെക്റ്റ് ചെയ്‌ത HEK239T, A549 സെല്ലുകളിലെ IFN-1 റെസ്‌സൺസ് കുറയ്ക്കുന്നതായി എല്ലാ പരീക്ഷിച്ച ഇല്ലാതാക്കലുകളും കാണിക്കുന്നു."വൈറസിനുള്ള പ്രതിരോധ പ്രതികരണം", "വൈറൽ ജീനോം റെപ്ലിക്കേഷൻ", "ആർഎൻഎ പോളിമറേസ് II മുഖേനയുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷന്റെ നിയന്ത്രണം", "ടൈപ്പ് I ഇന്റർഫെറോണിനുള്ള പ്രതികരണം" എന്നിവയിൽ ഡിലീറ്റുകളിൽ ഗണ്യമായി നിയന്ത്രിതമല്ലാത്ത ജീനുകൾ സമ്പുഷ്ടമാണ് എന്നതാണ് ശ്രദ്ധേയം.
ചിത്രം 5. ∆500-532 മ്യൂട്ടന്റിലുള്ള ഇന്റർഫെറോൺ സിഗ്നലിംഗ് പാതകളുടെ ഡൗൺ റെഗുലേഷൻ
ഈ പഠനത്തിൽ, വൈറൽ അണുബാധ പഠനങ്ങൾ വഴി വൈറസിൽ ഈ ഇല്ലാതാക്കലിന്റെ സ്വാധീനം കൂടുതൽ സ്ഥിരീകരിച്ചു.ചില മ്യൂട്ടന്റുകളുള്ള വൈറസുകൾ ക്ലിനിക്കൽ സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ച് കാലു-3 കോശങ്ങളിലേക്ക് ബാധിച്ചു.വൈറൽ അണുബാധ പഠനത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദമായ ഫലങ്ങൾ പേപ്പറിൽ വായിക്കാം.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
റഫറൻസ്
Lin J, Tang C, Wei H, et al.SARS-CoV-2-ന്റെ ജീനോമിക് മോണിറ്ററിംഗ് ടൈപ്പ് I ഇന്റർഫെറോൺ പ്രതികരണം[J] മോഡുലേറ്റ് ചെയ്യുന്ന ഒരു Nsp1 ഡിലീഷൻ വേരിയന്റ് കണ്ടെത്തുന്നു.സെൽ ഹോസ്റ്റും സൂക്ഷ്മജീവിയും, 2021.
വാർത്തകളും ഹൈലൈറ്റുകളും ഏറ്റവും പുതിയ വിജയകരമായ കേസുകൾ ബയോമാർക്കർ ടെക്‌നോളജീസുമായി പങ്കിടാനും പുതിയ ശാസ്ത്രീയ നേട്ടങ്ങളും പഠനസമയത്ത് പ്രയോഗിച്ച പ്രമുഖ സാങ്കേതിക വിദ്യകളും പകർത്താനും ലക്ഷ്യമിടുന്നു.
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-06-2022