FA'AALIGA GENOME UMA
O le mataʻituina o Genomics o le SARS-CoV-2 ua faʻaalia ai se Nsp1 tape eseʻesega e faʻafetaui le ituaiga I tali interferon.
Nanopore |Ilumina |Genome atoa resequencing |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies na tuʻuina atu le lagolago faʻapitoa i faʻataʻitaʻiga faʻasologa i lenei suʻesuʻega.
Fa'ailoga
1.SARS-CoV-2 genome sequencing ma phylognetic suʻesuʻega e iloa ai 35 suiga faifaipea e aofia ai 31 SNPs ma 4 Indels.
2. Fesoʻotaʻiga ma 117 falemaʻi phenotypes faʻaalia e mafai
suiga taua.
∆500-532 i le Nsp1 coding itulagi fa'amaopoopo ma viral maualalo
3.load ma serum IFN-β.
4. Va'aiga tu'ufua fa'atasi ma ∆500-532 suiga fa'aoso i lalo IFN-I
tali i sela ua pisia.
Fuafuaga Fa'ata'ita'i
Ausia
1. COVID-19 su'esu'ega fa'ama'i ma fa'ama'i
O faʻamatalaga faʻapitoa na aoina i le itumalo o Sichuan, Saina i le vaitau o le faʻamaʻi mai ia Ianuari 22nd, 2020 ia Fep. 20th, 2020. E 538 COVID-19 mataupu na faʻamaonia e suʻega qPCR i Sichuan, 28.8% o ia mea na sau mai le itumalo. laumua.O mataupu faʻamaonia i Sichuan na faʻateleina faʻateleina, faʻatupuina ile Ianuari 30th.E le gata i lea, o faʻamaumauga na lagolagoina e mafai ona avea le va fealoaʻi ma mea taua i le puipuia o le sosolo o siama.
Ata 1. Su'esu'ega fa'ama'i ole COVID-19 ile itumalo o Sichuan, Saina
2. SARS-CoV-2 fau genome ma fa'ailoga fa'ailoga
Faatasi ai ma le multiplex PCR amplification sosoo ai ma le nanopore sequencing, o le aofaʻi o le 310 latalata-poʻo se vaega-maeʻa genomes mai 248 gasegase na gaosia ma tusa.80% o genomes e aofia i le 10 faitau (Mean loloto: 0.39 M faitau i le faataitaiga).
Ata 2. Fa'asologa o suiga ta'itasi i le 'au Sichuan
E tusa ma le 104 SNPs ma le 18 Indels na faʻaalia mai le SARS-CoV-2 genomes, lea e 31 SNPs ma le 4 Indels na faʻaalia o suiga faifaipea.E ala i le faʻatusatusaina oi latou i faʻataʻitaʻiga 169 mai Wuhan ma faʻatasi ai ma le 81,391 faʻasologa maualuga o le genome publich i le GISAID, 29 o le 35 fesuiaiga o loʻo maua i isi konetineta.O le mea moni, e fa suiga e aofia ai le ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ma le T13243C, na maua i Sichuan ma Wuhan ae toesea i GISAID faʻamaumauga, e faʻaalia ai o nei fesuiaiga e foliga mai e puipuia mai Wuhan, lea e fetaui ma le faamaumauga o femalagaaiga o gasegase.
O su'esu'ega fa'aletausaga ma auala aupito maualuga e ono mafai (ML) ma auala o le uati mole a Bayesian na fa'agasolo i luga o le 88 virus fou mai Sichuan ma le 250 genomes fa'atonu mai isi itulagi.Genomes i ∆500-532 (Ta'esega i le Nsp1 coding region) na maua fa'asoa seasea i le phylogenetic laau.O su'esu'ega o le Haplotype i Nsp1 na fa'ailoa mai ai le 5 o latou mai le tele o 'a'ai.O nei fa'ai'uga na fa'ailoa mai ai o le ∆500-532 na tupu i le tele o taulaga ma e ono fa'aulufale mai i le tele o taimi mai Wuhan.
Ata 2. Fa'asologa o kenera faifaipea ma su'esu'ega phylogenetic i genom SARS-CoV-2
3. Feso'ota'iga o suiga fa'atupu fa'asolosolo fa'atasi ma a'afiaga ile falema'i
117 falema'i phenotypes na feso'ota'i ma le COVID-19 fa'alavelave, lea e 19 fa'alavelave fa'apitoa na fa'avasegaina i uiga ogaoga ma le le ogaoga.So'oga i le va o nei uiga ma le 35 fa'asologa fa'asolosolo fa'asolosolo na va'aia ile fa'afanua vevela lua.O se su'esu'ega fa'atamaoaigaina fa'apena e pei o le GSEA na fa'aalia ai o le ∆500-532 e le lelei le feso'ota'iga ma le ESR, serum IFN-β ma le CD3+CD8+ T cell faitau i le toto.E le gata i lea, o su'ega qPCR na fa'aalia ai o tagata mama'i na a'afia i siama o lo'o teuina ∆500-532 e maualuga le tau o le Ct, o lona uiga, sili ona maualalo viral load.
Ata 3. Fa'atasiga o 35 fa'asologa fa'asologa fa'asolosolo fa'atasi ma fa'ama'i phenotypes
4. Fa'amaoniga ile mutation viral e feso'ota'i ma fa'ama'i phenotypes
Ina ia malamalama i aʻafiaga o le ∆500-532 i luga o galuega a Nsp1, na faʻafeiloaʻi sela HEK239T ma plasmids faʻaalia le umi atoa, WT Nsp1 ma mutant fomu ma tapeina.O faʻamatalaga faʻamaumauga o sela HEK239T taʻitasi na togafitia na faʻatautaia mo suʻesuʻega a le PCA, e faʻaalia ai o le tapeina o mutants na faʻapipiʻi vavalalata ma e matua ese lava mai le WT Nsp1.O kenera na matua fa'atulafonoina i mutants na fa'atamaoaigaina i le "peptide biosynthetic/metabolic process", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "protein targeting to membrane/ER", ma isi.
Ata 4. Su'esu'ega Transcriptome i sela HEK239T na fa'aliliuina e le WT Nsp1 ma fa'atasi ai ma tape'ese.
O aʻafiaga o tapeina ile tali IFN-1 na faʻataʻitaʻiina foi ile suʻesuʻega faʻaalia.O faʻataʻitaʻiga uma na faʻataʻitaʻiina na faʻaalia e faʻaitiitia ai le tali IFN-1 i le HEK239T ma le A549 ua faʻaliliuina i le transcriptome level ma le protein level.O le mea e mataʻina ai, o kenera e sili ona faʻatonutonuina i lalo o le tapeina na faʻatamaoaigaina i le "puipuiga o le siama", "viral genome replication", "tulafono faatonutonuina o le RNA polymerase II" ma le "tali i le ituaiga I interferon".
Ata 5. Fa'atonutonu lalo ole ala fa'ailoga interferon ile ∆500-532 mutant
I lenei suʻesuʻega, o le aʻafiaga o nei tapeina i luga o le siama na faʻamaonia atili e ala i suʻesuʻega faʻamaʻi pipisi.O fa'ama'i fa'ama'i fa'apitoa na tu'u'ese mai fa'ata'ita'iga fa'ata'ita'i ma a'afia i sela Calu-3.E mafai ona faitau i le pepa fa'amatalaga au'ili'ili ile su'esu'ega fa'ama'i viral.
fai:10.1016/j.chom.2021.01.015
Fa'asinomaga
Lin J, Tang C, Wei H, ma isi.O le mata'ituina o le genomic o le SARS-CoV-2 o lo'o fa'aalia ai le Nsp1 fa'amama ese'esega e fa'afetaui ai le ituaiga I tali fa'afelavasa'i[J].Cell host & microbe, 2021.
Tala Fou ma Mea Taua e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aaogaina i le taimi o le su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-06-2022