مکمل جینوم کی تلاش
SARS-CoV-2 کی جینومکس مانیٹرنگ نے ایک Nsp1 ڈیلیٹ کرنے والی قسم کا پردہ فاش کیا جو ٹائپ I انٹرفیرون ردعمل کو ماڈیول کرتا ہے۔
نانوپور |Illumina |مکمل جینوم کی ترتیب |میٹاجینومکس |RNA-Seq |سنجر
بائیو مارکر ٹیکنالوجیز نے اس مطالعہ میں نمونے کی ترتیب پر تکنیکی مدد فراہم کی۔
جھلکیاں
SARS-CoV-2 جینوم کی ترتیب اور فائیلوگنیٹک تجزیہ 35 بار بار ہونے والے تغیرات کی نشاندہی کرتا ہے جس میں 31 SNPs اور 4 Indels شامل ہیں۔
2.117 طبی فینوٹائپس کے ساتھ ایسوسی ایشن ممکنہ طور پر ظاہر کرتی ہے۔
اہم تغیرات
Nsp1 کوڈنگ والے علاقے میں ∆500-532 لوئر وائرل سے منسلک ہیں۔
3. لوڈ اور سیرم IFN-β۔
∆500-532 اتپریورتن کے ساتھ وائرل الگ تھلگ IFN-I کو کم کرتا ہے
متاثرہ خلیات میں ردعمل.
تجرباتی نمونہ
کامیابیاں
1. COVID-19 وبائی امراض اور جینومک نگرانی
22 جنوری 2020 سے 20 فروری 2020 تک پھیلنے کے پورے عرصے کے دوران صوبہ سیچوان، چین میں کلینیکل ڈیٹا اکٹھا کیا گیا۔ سیچوان میں qPCR ٹیسٹوں کے ذریعے کل 538 COVID-19 کیسز کی تصدیق ہوئی، جن میں سے 28.8 فیصد صوبے سے تھے۔ سرمایہسیچوان میں تصدیق شدہ کیسز میں تیزی سے اضافہ ہوا، جو 30 جنوری کو عروج پر ہے۔اس کے علاوہ، اعداد و شمار نے اس بات کی تائید کی کہ سماجی دوری وائرس کے پھیلاؤ کو روکنے میں ایک اہم عنصر ہو سکتی ہے۔
تصویر 1. چین کے صوبہ سیچوان میں COVID-19 کا وبائی امراض کا مطالعہ
2. SARS-CoV-2 جینوم کی تعمیر اور مختلف حالتوں کی شناخت
ملٹی پلیکس پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے بعد نینو پور سیکوینسنگ کے ساتھ، 248 مریضوں سے کل 310 قریب یا جزوی مکمل جینوم تقریباً تیار کیے گئے۔10 ریڈز کے ذریعے 80% جینوم کا احاطہ کیا گیا ہے (مطلب گہرائی: 0.39 M ریڈز فی نمونہ)۔
چترا 2۔ سیچوان کوہورٹ میں ہر قسم کی فریکوئنسی
SARS-CoV-2 جینومز سے کل 104 SNPs اور 18 Indels کی شناخت کی گئی، جس میں 31 SNPs اور 4 Indels کی شناخت بار بار آنے والے جینیاتی تغیرات کے طور پر کی گئی۔ووہان کے 169 نمونوں اور GISAID میں 81,391 اعلیٰ معیار کے عوامی جینوم سیکوینسز کے ساتھ ان کا موازنہ کرتے ہوئے، 35 میں سے 29 مختلف قسموں کو دوسرے براعظموں میں پیش کیا گیا۔خاص طور پر، چار ویریئنٹس بشمول ∆500-532، ACC18108AT، ∆729-737 اور T13243C، صرف سیچوان اور ووہان میں موجود تھے اور GISAID ڈیٹا میں موجود نہیں تھے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ ان مختلف قسموں کے ووہان سے بہتر ہونے کا بہت امکان تھا، جو مریضوں کے سفری ریکارڈ۔
زیادہ سے زیادہ امکان (ML) طریقہ اور Bayesian مالیکیولر کلاک اپروچ کے ساتھ ارتقائی تجزیہ سیچوان سے 88 نئے وائرس اور دوسرے خطوں سے 250 کیوریٹڈ جینوم پر عمل کیا گیا۔∆500-532 والے جینوم (Nsp1 کوڈنگ کے علاقے میں حذف) فائیلوجنیٹک درخت میں بہت کم تقسیم پائے گئے۔Nsp1 مختلف حالتوں پر Haplotype تجزیہ نے ان میں سے 5 کی شناخت متعدد شہروں سے کی۔ان نتائج نے تجویز کیا کہ ∆500-532 متعدد شہروں میں واقع ہوا ہے اور اسے ووہان سے متعدد بار درآمد کیا جا سکتا ہے۔
شکل 2. SARS-CoV-2 جینوم میں بار بار جینیاتی تغیرات اور فائیلوجنیٹک تجزیہ
3. کلینیکل مضمرات کے ساتھ بار بار آنے والے جینیاتی تغیرات کی ایسوسی ایشن
117 طبی فینوٹائپس کوویڈ 19 کی شدت سے وابستہ تھیں، جہاں 19 شدت سے متعلق فینوٹائپس کو شدید اور غیر شدید خصلتوں میں درجہ بندی کیا گیا تھا۔ان خصلتوں اور 35 بار بار آنے والے جینیاتی تغیرات کے درمیان تعلق کو بائی کلسٹر ہیٹ میپ میں تصور کیا گیا تھا۔GSEA کی طرح درجہ بندی افزودگی کے تجزیے سے پتہ چلتا ہے کہ ∆500-532 ESR، سیرم IFN-β اور CD3+CD8+ T سیل کے خون میں شمار کے ساتھ منفی طور پر منسلک ہے۔مزید برآں، کیو پی سی آر ٹیسٹوں سے پتہ چلتا ہے کہ 500-532 ∆500-532 کے وائرس سے متاثرہ مریضوں کی Ct ویلیو سب سے زیادہ تھی، یعنی سب سے کم وائرل لوڈ۔
تصویر 3. کلینیکل فینوٹائپس کے ساتھ 35 بار بار آنے والے جینیاتی تغیرات کی ایسوسی ایشن
4. وائرل اتپریورتن سے وابستہ طبی فینوٹائپس پر توثیق
Nsp1 فنکشنز پر ∆500-532 کے اثرات کو سمجھنے کے لیے، HEK239T خلیوں کو مکمل طوالت، WT Nsp1 اور اتپریورتی شکلوں کا اظہار کرنے والے پلازمیڈز سے تبدیل کیا گیا تھا۔ہر علاج شدہ HEK239T خلیوں کے ٹرانسکرپٹوم پروفائلز پر PCA تجزیہ کے لیے کارروائی کی گئی تھی، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ حذف کرنے والے اتپریورتی نسبتاً قریب کلسٹر ہوتے ہیں اور WT Nsp1 سے نمایاں طور پر مختلف تھے۔اتپریورتیوں میں جن جینوں کو نمایاں طور پر اپ ریگولیٹ کیا گیا تھا وہ بنیادی طور پر "پیپٹائڈ بائیو سنتھیٹک/میٹابولک عمل"، "رائبونیوکلیوپروٹین کمپلیکس بائیو جینیسس"، "پروٹین ٹارگٹنگ ٹو میمبرین/ER" وغیرہ میں افزودہ تھے۔ مزید برآں، دو ڈیلیٹیشنز نے WT سے ایک الگ ایکسسپشن پیٹرن دکھایا۔
شکل 4. WT Nsp1 کے ذریعے منتقلی HEK239T خلیات پر ٹرانسکرپٹوم تجزیہ اور اسے حذف کرنے کے ساتھ
IFN-1 ردعمل پر حذف ہونے کے اثرات کا بھی اوور ایکسپریسڈ مطالعہ میں تجربہ کیا گیا۔تمام ٹیسٹ شدہ حذف کو ٹرانسکرپٹ HEK239T اور A549 خلیوں میں ٹرانسکرپٹوم لیول اور پروٹین لیول دونوں پر IFN-1 ریپسنز کو کم کرنے کے لیے دکھایا گیا تھا۔دلچسپ بات یہ ہے کہ حذف کرنے میں نمایاں طور پر نیچے ریگولیٹڈ جینز "وائرس کے دفاعی ردعمل"، "وائرل جینوم ریپلیکشن"، "آر این اے پولیمریز II کے ذریعے نقل کے ضابطے" اور "ٹائپ I انٹرفیرون کے ردعمل" میں افزودہ تھے۔
شکل 5. ∆500-532 اتپریورتی میں انٹرفیرون سگنلنگ پاتھ ویز کا ڈاون ریگولیشن
اس تحقیق میں، وائرس پر ان حذفوں کے اثرات کی تصدیق وائرل انفیکشن اسٹڈیز سے ہوئی۔بعض اتپریورتیوں والے وائرسوں کو طبی نمونوں سے الگ تھلگ کر کے کالو 3 خلیوں میں متاثر کیا گیا تھا۔وائرل انفیکشن کے مطالعہ کے تفصیلی نتائج پیپر میں پڑھے جا سکتے ہیں۔
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
حوالہ
لن جے، تانگ سی، وی ایچ، وغیرہ۔SARS-CoV-2 کی جینومک مانیٹرنگ نے Nsp1 ڈیلیٹ کرنے والے مختلف قسم کا پتہ لگایا ہے جو ٹائپ I انٹرفیرون ردعمل[J] کو ماڈیول کرتا ہے۔سیل ہوسٹ اور مائکروب، 2021۔
خبریں اور جھلکیاں اس کا مقصد بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ساتھ تازہ ترین کامیاب کیسز کا اشتراک کرنا، نئی سائنسی کامیابیوں کے ساتھ ساتھ مطالعہ کے دوران استعمال کی جانے والی نمایاں تکنیکوں کو حاصل کرنا ہے۔
پوسٹ ٹائم: جنوری 06-2022