ဂျီနိုမ် တစ်ခုလုံးကို တောင်းခံခြင်း
SARS-CoV-2 ၏ Genomics စောင့်ကြည့်ခြင်းသည် အမျိုးအစား I interferon တုံ့ပြန်မှုကို modulates ပြုလုပ်သည့် Nsp1 ဖျက်ခြင်းမျိုးကွဲကို ဖော်ထုတ်သည်
နာနိုပရီ |Illumina |ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်စီစစ်ခြင်း |ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies သည် ဤလေ့လာမှုတွင် နမူနာ sequencing အတွက် နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာ ပံ့ပိုးမှုပေးထားသည်။
ပေါ်လွင်သည်။
1.SARS-CoV-2 ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝဗေဒ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် SNPs 31 နှင့် Indels 4 ခု အပါအဝင် ထပ်တလဲလဲ ပြောင်းလဲမှု 35 ခုကို ခွဲခြားသတ်မှတ်သည်။
2.လက်တွေ့ phenotypes 117 နှင့် ဆက်စပ်မှု သည် ဖြစ်နိုင်ချေကို ဖော်ပြသည်။
အရေးကြီးသော ဗီဇပြောင်းလဲမှုများ။
Nsp1 coding ဒေသရှိ ∆500-532 သည် ဗိုင်းရပ်စ်အောက်ပိုင်းနှင့် ဆက်စပ်နေသည်။
3.load and serum IFN-β။
4.Viral isolates သည် ∆500-532 mutation ဖြင့် IFN-I ကို နိမ့်ကျစေသည်။
ရောဂါပိုးရှိသောဆဲလ်များတွင်တုံ့ပြန်မှု။
စမ်းသပ်ဒီဇိုင်း
အောင်မြင်မှုများ
1. COVID-19 ကူးစက်ရောဂါနှင့် မျိုးရိုးဗီဇ စောင့်ကြည့်ရေး
2020 ခုနှစ် ဇန်နဝါရီလ 22 ရက်မှ 2020 ခုနှစ် ဖေဖော်ဝါရီ 20 ရက်အထိ ရောဂါဖြစ်ပွားမှုကာလအတွင်း တရုတ်နိုင်ငံ၊ စီချွမ်ပြည်နယ်တွင် စုဆောင်းထားသော အချက်အလက်များကို စုဆောင်းခဲ့ပါသည်။ စုစုပေါင်း 538 COVID-19 ရောဂါဖြစ်ပွားမှုကို qPCR စစ်ဆေးမှုများဖြင့် အတည်ပြုခဲ့ပြီး 28.8% သည် ပြည်နယ်မှဖြစ်ကြောင်း သိရသည်။ မြို့တော်။စီချွမ်တွင် အတည်ပြုလူနာများ အဆမတန် တိုးလာကာ ဇန်နဝါရီ ၃၀ ရက်တွင် အမြင့်ဆုံးဖြစ်သည်။ထို့အပြင် လူမှုဆက်ဆံရေး ခပ်ခွာခွာနေခြင်းသည် ဗိုင်းရပ်စ်ပြန့်ပွားမှုကို ဟန့်တားရာတွင် အဓိကအချက်ဖြစ်နိုင်သည်ဟူသော အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးထားသည်။
ပုံ 1။ တရုတ်နိုင်ငံ၊ Sichuan ပြည်နယ်ရှိ ကူးစက်ရောဂါဆိုင်ရာလေ့လာမှု
2. SARS-CoV-2 ဂျီနိုမ်တည်ဆောက်မှုနှင့် မျိုးကွဲများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း။
multiplex PCR ချဲ့ထွင်မှုနှင့်အတူ နာနိုပရီ စီစစ်ခြင်းဖြင့်၊ လူနာ 248 ဦးမှ စုစုပေါင်း 310 အနီး သို့မဟုတ် တစ်စိတ်တစ်ပိုင်း ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်များကို အနီးစပ်ဆုံး ထုတ်ပေးခဲ့သည်။10 reads ဖြင့် လွှမ်းခြုံထားသော ဂျီနိုမ် 80% (ပျမ်းမျှအနက်- နမူနာတစ်ခုလျှင် 0.39 M ဖတ်သည်)။
ပုံ 2။ စီချွမ်အုပ်စုရှိ မျိုးကွဲတစ်ခုစီ၏ အကြိမ်ရေ
စုစုပေါင်း SNP 104 ခု နှင့် Indel 18 ခုကို SARS-CoV-2 ဂျီနိုမ်များမှ ရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့ပြီး ၎င်းတို့တွင် SNP 31 ခုနှင့် Indels 4 ခုကို ထပ်တလဲလဲ မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများအဖြစ် သတ်မှတ်ခဲ့သည်။ဝူဟန်မှနမူနာ ၁၆၉ ခုနှင့် GISAID ရှိ အရည်အသွေးမြင့် publich genome sequences 81,391 ခုနှင့် နှိုင်းယှဉ်ခြင်းဖြင့်၊ အခြားတိုက်ကြီးများတွင် တွေ့ရှိရသော မျိုးကွဲ ၃၅ မျိုးအနက် ၂၉ ခုကို နှိုင်းယှဉ်ပါသည်။မှတ်သားဖွယ်၊ ∆500-532၊ ACC18108AT၊ ∆729-737 နှင့် T13243C အပါအဝင် အမျိုးအစား လေးမျိုးကို Sichuan နှင့် Wuhan တွင်သာ တွေ့ရှိခဲ့ပြီး GISAID ဒေတာတွင် မပါရှိသဖြင့် အဆိုပါမျိုးကွဲများသည် ဝူဟန်မှ မြှင့်တင်နိုင်ဖွယ်ရှိကြောင်း ညွှန်ပြနေပါသည်။ လူနာများ၏ ခရီးသွားမှတ်တမ်းများ။
အများဆုံးဖြစ်နိုင်ခြေ(ML)နည်းလမ်းနှင့် Bayesian မော်လီကျူးနာရီချဉ်းကပ်မှုများဖြင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို Sichuan မှ ဗိုင်းရပ်စ်အသစ် 88 ခုနှင့် အခြားဒေသများမှ ခွဲထုတ်ထားသော ဂျီနိုမ် 250 တို့ကို လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်။∆500-532 ပါရှိသော ဂျီနိုမ်များ (Nsp1 ကုဒ်ဖော်ပြသည့်ဒေသတွင် ဖျက်မှုများ) ကို ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်တွင် ကြဲဖြန့်ကျဲပါးစွာ တွေ့ရှိခဲ့သည်။Nsp1 မျိုးကွဲများအပေါ် Haplotype ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ၎င်းတို့ထဲမှ ၅ ခုကို မြို့များစွာမှ တွေ့ရှိခဲ့သည်။ဤရလဒ်များက ∆500-532 ကို မြို့များစွာတွင် ဖြစ်ပွားခဲ့ပြီး ဝူဟန်မှ အကြိမ်များစွာ တင်သွင်းနိုင်ကြောင်း အကြံပြုထားသည်။
ပုံ 2။ SARS-CoV-2 genomes ရှိ ထပ်တလဲလဲ မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဇီဝကမ္မပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှု
3. လက်တွေ့အကျိုးသက်ရောက်မှုများနှင့်အတူ ထပ်တလဲလဲမျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများအသင်း
117 လက်တွေ့ phenotypes 117 ခုသည် COVID-19 ပြင်းထန်မှုနှင့် ဆက်စပ်နေပြီး၊ ပြင်းထန်မှုနှင့် ဆက်နွှယ်သော phenotype 19 ခုကို ပြင်းထန်ပြီး မပြင်းထန်သော လက္ခဏာများအဖြစ် ခွဲခြားထားသည်။ဤစရိုက်လက္ခဏာများနှင့် ထပ်တလဲလဲမျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲ 35 မျိုးကြားရှိ ဆက်စပ်မှုကို နှစ်အုပ်စုအပူမြေပုံတွင် ဖြတ်တောက်ခဲ့သည်။GSEA ကဲ့သို့သော အဆင့်သတ်မှတ်ချက် ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတစ်ခုက ∆500-532 သည် သွေးထဲတွင် ESR၊ သွေးရည်ကြည် IFN-β နှင့် CD3+CD8+ T cell အရေအတွက်များနှင့် အနုတ်လက္ခဏာဆက်စပ်နေကြောင်း ပြသထားသည်။ထို့အပြင်၊ qPCR စစ်ဆေးမှုများသည် ∆500-532 ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်ခံထားရသောလူနာများတွင် အမြင့်ဆုံး Ct တန်ဖိုး၊ အနိမ့်ဆုံးဗိုင်းရပ်စ်ဝန်ကို ဆိုလိုကြောင်းပြသခဲ့သည်။
ပုံ 3။ ဆေးဘက်ဆိုင်ရာ phenotypes များပါရှိသော ထပ်တလဲလဲ မျိုးရိုးဗီဇ 35 မျိုးကွဲများ အသင်းအဖွဲ့များ
4. ဗိုင်းရပ်စ် ဗီဇပြောင်းလဲခြင်းဆိုင်ရာ သက်သေပြချက်
Nsp1 လုပ်ဆောင်ချက်များအပေါ် ∆500-532 ၏သက်ရောက်မှုများကို နားလည်ရန်အတွက် HEK239T ဆဲလ်များသည် အရှည်ပြည့်ဖော်ပြသည့် plasmids များဖြင့် ကူးစက်ခံရပြီး၊ WT Nsp1 နှင့် mutant ပုံစံများကို ဖျက်လိုက်ခြင်းဖြစ်သည်။ကုသထားသော HEK239T ဆဲလ်တစ်ခုစီ၏ စာသားမှတ်တမ်းပရိုဖိုင်များကို PCA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အတွက် လုပ်ဆောင်ခဲ့ပြီး၊ ဖျက်လိုက်သော mutants များသည် အစုလိုက်အပြုံလိုက် ပိုမိုနီးကပ်နေပြီး WT Nsp1 နှင့် သိသိသာသာကွာခြားနေကြောင်း ပြသခဲ့သည်။mutants များတွင် သိသာထင်ရှားစွာ ထိန်းညှိထားသော မျိုးဗီဇများသည် အဓိကအားဖြင့် "peptide biosynthetic/metabolic process"၊ "ribonucleoprotein complex biogenesis", " membrane/ER ဆီသို့ ပရိုတိန်းများကို ပစ်မှတ်ထား" စသည်တို့တွင် အဓိကအားဖြင့် ကြွယ်ဝပါသည်။ ထို့အပြင်၊ ဖျက်မှုနှစ်ခုသည် WT မှ ထူးခြားသော expsion ပုံစံကို ပြသခဲ့သည်။
ပုံ 4။ WT Nsp1 မှ ကူးစက်သော HEK239T ဆဲလ်များနှင့် ဖျက်ခြင်းများ ပြုလုပ်ခြင်း
IFN-1 တုံ့ပြန်မှုအပေါ် ဖျက်လိုက်ခြင်း၏ အကျိုးသက်ရောက်မှုများကို ထုတ်ဖော်ပြသလွန်းသည့် လေ့လာမှုတွင်လည်း စမ်းသပ်ခဲ့သည်။စမ်းသပ်ထားသော ဖျက်မှုအားလုံးသည် ကူးယူထားသော HEK239T နှင့် A549 ဆဲလ်များတွင် IFN-1 ပြန်လည်တုံ့ပြန်မှုကို လျှော့ချနိုင်သည်ကို ပြသထားသည်။စိတ်ဝင်စားစရာမှာ၊ ဖျက်မှုတွင် သိသိသာသာ လျှော့ချထားသော ဗီဇများကို "ဗိုင်းရပ်စ်ကို ခုခံကာကွယ်သည့် တုံ့ပြန်မှု"၊ "ဗိုင်းရပ်စ်မျိုးရိုးဗီဇပွားခြင်း"၊ "RNA polymerase II မှ ကူးယူဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်း" နှင့် "အမျိုးအစား I interferon တုံ့ပြန်မှု" တို့တွင် ကြွယ်ဝပါသည်။
ပုံ 5။ ∆500-532 mutant ရှိ interferon အချက်ပြလမ်းကြောင်းများ စည်းမျဉ်းကို လျှော့ချခြင်း
ဤလေ့လာမှုတွင် ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်မှုဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများက အဆိုပါ ဗိုင်းရပ်စ်အပေါ် ချေဖျက်မှု၏ အကျိုးသက်ရောက်မှုကို ထပ်မံအတည်ပြုခဲ့သည်။အချို့သော mutants ရှိသော ဗိုင်းရပ်စ်များကို ဆေးခန်းနမူနာများမှ ခွဲထုတ်ပြီး Calu-3 ဆဲလ်များသို့ ကူးစက်ခဲ့သည်။ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်မှုဆိုင်ရာ လေ့လာမှု အသေးစိတ်ရလဒ်များကို စာတမ်းတွင် ဖတ်ရှုနိုင်ပါသည်။
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
အကိုးအကား
Lin J၊ Tang C၊ Wei H၊ et al။SARS-CoV-2 ၏ မျိုးရိုးဗီဇစောင့်ကြည့်ခြင်းသည် အမျိုးအစား I interferon တုံ့ပြန်မှု[J] ကို ထိန်းညှိပေးသည့် Nsp1 ဖျက်မှုမျိုးကွဲကို ဖော်ထုတ်သည်။ဆဲလ်လက်ခံသူနှင့် အဏုဇီဝ၊ 2021။
သတင်းများနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ Biomarker Technologies နှင့် နောက်ဆုံးအောင်မြင်သော ကိစ္စများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး၊ ဆန်းသစ်သော သိပ္ပံနည်းကျ အောင်မြင်မှုများကို ဖမ်းယူကာ လေ့လာမှုအတွင်း အသုံးပြုသည့် ထင်ရှားသော နည်းပညာများကို ဖမ်းယူရန် ရည်ရွယ်သည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-06-2022