మొత్తం జీనోమ్ రీసీక్వెనింగ్
SARS-CoV-2 యొక్క జెనోమిక్స్ మానిటరింగ్ టైప్ I ఇంటర్ఫెరాన్ ప్రతిస్పందనను మాడ్యులేట్ చేసే Nsp1 తొలగింపు వేరియంట్‌ను కనుగొంది
నానోపోర్ |ఇల్యూమినా |మొత్తం జీనోమ్ రీసీక్వెన్సింగ్ |మెటాజెనోమిక్స్ |RNA-Seq |సాంగర్
బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్ ఈ అధ్యయనంలో నమూనా సీక్వెన్సింగ్‌పై సాంకేతిక మద్దతును అందించింది.
ముఖ్యాంశాలు
1.SARS-CoV-2 జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ మరియు ఫైలోగ్నెటిక్ విశ్లేషణ 31 SNPలు మరియు 4 ఇండెల్స్‌తో సహా 35 పునరావృత ఉత్పరివర్తనాలను గుర్తిస్తాయి.
2.117 క్లినికల్ ఫినోటైప్‌లతో అనుబంధం సంభావ్యతను వెల్లడిస్తుంది
ముఖ్యమైన ఉత్పరివర్తనలు.
Nsp1 కోడింగ్ ప్రాంతంలో ∆500-532 తక్కువ వైరల్‌తో సహసంబంధం కలిగి ఉంటుంది
3.లోడ్ మరియు సీరం IFN-β.
4.∆500-532 మ్యుటేషన్‌తో వైరల్ ఐసోలేట్‌లు తక్కువ IFN-Iని ప్రేరేపిస్తాయి
సోకిన కణాలలో ప్రతిస్పందన.
ప్రయోగాత్మక డిజైన్
విజయాలు
1. COVID-19 ఎపిడెమియోలాజికల్ మరియు జెనోమిక్ సర్వైలెన్స్
జనవరి 22, 2020 నుండి ఫిబ్రవరి 20, 2020 వరకు వ్యాప్తి చెందుతున్న కాలంలో చైనాలోని సిచువాన్ ప్రావిన్స్‌లో క్లినికల్ డేటా సేకరించబడింది. సిచువాన్‌లో qPCR పరీక్షల ద్వారా మొత్తం 538 COVID-19 కేసులు నిర్ధారించబడ్డాయి, వాటిలో 28.8% ప్రావిన్స్‌కు చెందినవి రాజధాని.సిచువాన్‌లో ధృవీకరించబడిన కేసులు విపరీతంగా పెరిగాయి, జనవరి 30న గరిష్ట స్థాయికి చేరుకున్నాయి.అలాగే, వైరస్ వ్యాప్తిని నిరోధించడంలో సామాజిక దూరం కీలకమైన అంశం అని డేటా మద్దతు ఇచ్చింది.
మూర్తి 1. చైనాలోని సిచువాన్ ప్రావిన్స్‌లో COVID-19 యొక్క ఎపిడెమియోలాజికల్ అధ్యయనం
2. SARS-CoV-2 జీనోమ్ నిర్మాణం మరియు వైవిధ్యాల గుర్తింపు
మల్టీప్లెక్స్ PCR యాంప్లిఫికేషన్‌తో నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్‌తో, 248 మంది రోగుల నుండి మొత్తం 310 సమీప లేదా పాక్షిక-పూర్తి జన్యువులు సుమారుగా ఉత్పత్తి చేయబడ్డాయి.80% జన్యువులు 10 రీడ్‌ల ద్వారా కవర్ చేయబడ్డాయి (సగటు లోతు: ప్రతి నమూనాకు 0.39 M రీడ్‌లు).
మూర్తి 2. సిచువాన్ కోహోర్ట్‌లోని ప్రతి రూపాంతరాల ఫ్రీక్వెన్సీ
SARS-CoV-2 జన్యువుల నుండి మొత్తం 104 SNPలు మరియు 18 ఇండెల్‌లు గుర్తించబడ్డాయి, ఇందులో 31 SNPలు మరియు 4 ఇండెల్‌లు పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాలుగా గుర్తించబడ్డాయి.వాటిని వుహాన్ నుండి 169 నమూనాలతో మరియు GISAIDలోని 81,391 హై-క్వాలిటీ పబ్లిక్ జీనోమ్ సీక్వెన్స్‌లతో పోల్చడం ద్వారా, ఇతర ఖండాలలో ప్రదర్శించబడిన 35 వేరియంట్‌లలో 29 ఉన్నాయి.ముఖ్యంగా, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 మరియు T13243Cతో సహా నాలుగు వేరియంట్‌లు సిచువాన్ మరియు వుహాన్‌లలో మాత్రమే ఉన్నట్లు కనుగొనబడ్డాయి మరియు GISAID డేటాలో లేవు, ఈ వేరియంట్‌లు వుహాన్ నుండి ఇంప్రూట్ అయ్యే అవకాశం ఉందని సూచిస్తుంది. రోగుల ప్రయాణ రికార్డులు.
గరిష్ట సంభావ్యత (ML) పద్ధతి మరియు బయేసియన్ మాలిక్యులర్ క్లాక్ విధానాలతో పరిణామ విశ్లేషణ సిచువాన్ నుండి 88 కొత్త వైరస్లు మరియు ఇతర ప్రాంతాల నుండి 250 క్యూరేటెడ్ జన్యువులపై ప్రాసెస్ చేయబడింది.ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టులో ∆500-532 (Nsp1 కోడింగ్ ప్రాంతంలో తొలగింపులు) ఉన్న జన్యువులు చాలా తక్కువగా పంపిణీ చేయబడ్డాయి.Nsp1 వేరియంట్‌లపై హాప్లోటైప్ విశ్లేషణ వాటిలో 5 బహుళ నగరాల నుండి గుర్తించబడింది.ఈ ఫలితాలు ∆500-532 అనేక నగరాల్లో సంభవించాయని మరియు వుహాన్ నుండి అనేకసార్లు దిగుమతి చేయబడవచ్చని సూచించింది.
మూర్తి 2. SARS-CoV-2 జన్యువులలో పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాలు మరియు ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ
3. క్లినికల్ చిక్కులతో పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల సంఘం
117 క్లినికల్ ఫినోటైప్‌లు COVID-19 తీవ్రతతో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయి, ఇక్కడ 19 తీవ్రత-సంబంధిత ఫినోటైప్‌లు తీవ్రమైన మరియు నాన్-తీవ్రమైన లక్షణాలుగా వర్గీకరించబడ్డాయి.ఈ లక్షణాలు మరియు 35 పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల మధ్య సంబంధం ద్వి-క్లస్టర్ హీట్‌మ్యాప్‌లో దృశ్యమానం చేయబడింది.GSEA-వంటి ర్యాంక్ ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ విశ్లేషణ ∆500-532 రక్తంలో ESR, సీరం IFN-β మరియు CD3+CD8+ T సెల్ గణనలతో ప్రతికూలంగా సంబంధం కలిగి ఉందని చూపింది.అంతేకాకుండా, ∆500-532 వైరస్ సోకిన రోగులు అత్యధిక Ct విలువను కలిగి ఉన్నారని, అంటే అత్యల్ప వైరల్ లోడ్ ఉందని qPCR పరీక్షలు చూపించాయి.
మూర్తి 3. క్లినికల్ ఫినోటైప్‌లతో 35 పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల అనుబంధాలు
4. వైరల్ మ్యుటేషన్ సంబంధిత క్లినికల్ ఫినోటైప్‌లపై ధ్రువీకరణ
Nsp1 ఫంక్షన్‌లపై ∆500-532 యొక్క ప్రభావాలను అర్థం చేసుకోవడానికి, HEK239T కణాలు పూర్తి-నిడివి, WT Nsp1 మరియు తొలగింపులతో ఉత్పరివర్తన రూపాలను వ్యక్తీకరించే ప్లాస్మిడ్‌లతో బదిలీ చేయబడ్డాయి.చికిత్స చేయబడిన ప్రతి HEK239T కణాల ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ ప్రొఫైల్‌లు PCA విశ్లేషణ కోసం ప్రాసెస్ చేయబడ్డాయి, తొలగింపు మార్పుచెందగలవారు సాపేక్షంగా దగ్గరగా ఉన్నారని మరియు WT Nsp1 నుండి గణనీయంగా భిన్నంగా ఉన్నాయని చూపిస్తుంది.మార్పుచెందగలవారిలో గణనీయంగా నియంత్రించబడిన జన్యువులు ప్రధానంగా "పెప్టైడ్ బయోసింథటిక్/మెటబాలిక్ ప్రాసెస్", "రిబోన్యూక్లియోప్రొటీన్ కాంప్లెక్స్ బయోజెనిసిస్", "ప్రోటీన్ టార్గెటింగ్ టు మెమ్బ్రేన్/ER", మొదలైన వాటిలో సుసంపన్నం చేయబడ్డాయి. అంతేకాకుండా, రెండు తొలగింపులు WT నుండి ప్రత్యేకమైన ఎక్స్‌ప్షన్ నమూనాను చూపించాయి.
మూర్తి 4. WT Nsp1 ద్వారా బదిలీ చేయబడిన HEK239T సెల్‌లపై ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ విశ్లేషణ మరియు తొలగింపులతో
IFN-1 ప్రతిస్పందనపై తొలగింపుల ప్రభావం కూడా అతిగా నొక్కిన అధ్యయనంలో పరీక్షించబడింది.పరీక్షించిన అన్ని తొలగింపులు ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ స్థాయి మరియు ప్రోటీన్ స్థాయి రెండింటిలోనూ బదిలీ చేయబడిన HEK239T మరియు A549 కణాలలో IFN-1 ప్రతిస్పందనను తగ్గించడానికి చూపబడ్డాయి.ఆసక్తికరంగా, తొలగింపులలో గణనీయంగా తగ్గించబడిన జన్యువులు "వైరస్‌కి రక్షణ ప్రతిస్పందన", "వైరల్ జీనోమ్ రెప్లికేషన్", "RNA పాలిమరేస్ II ద్వారా ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ నియంత్రణ" మరియు "టైప్ I ఇంటర్‌ఫెరాన్‌కు ప్రతిస్పందన"తో సమృద్ధిగా ఉన్నాయి.
మూర్తి 5. ∆500-532 మ్యూటాంట్‌లో ఇంటర్ఫెరాన్ సిగ్నలింగ్ పాత్‌వేస్ డౌన్ రెగ్యులేషన్
ఈ అధ్యయనంలో, వైరస్‌పై ఈ తొలగింపుల ప్రభావం వైరల్ ఇన్ఫెక్షన్ అధ్యయనాల ద్వారా మరింత నిర్ధారించబడింది.నిర్దిష్ట మార్పుచెందగల వైరస్లు క్లినికల్ శాంపిల్స్ నుండి వేరుచేయబడి, కాల్-3 కణాలకు సోకింది.వైరల్ ఇన్ఫెక్షన్ అధ్యయనంపై వివరణాత్మక ఫలితాలను పేపర్‌లో చదవవచ్చు.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
సూచన
లిన్ J, టాంగ్ సి, వీ హెచ్, మరియు ఇతరులు.SARS-CoV-2 యొక్క జెనోమిక్ మానిటరింగ్ టైప్ I ఇంటర్ఫెరాన్ రెస్పాన్స్[J]ని మాడ్యులేట్ చేసే Nsp1 తొలగింపు వేరియంట్‌ను కనుగొంది.సెల్ హోస్ట్ & మైక్రోబ్, 2021.
వార్తలు మరియు ముఖ్యాంశాలు బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్‌తో తాజా విజయవంతమైన కేసులను పంచుకోవడం, నవల శాస్త్రీయ విజయాలను సంగ్రహించడం మరియు అధ్యయనం సమయంలో వర్తించే ప్రముఖ సాంకేతికతలను సంగ్రహించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-06-2022