পুরো জিনোম রিসিকুয়িং
SARS-CoV-2-এর জিনোমিক্স পর্যবেক্ষণ একটি Nsp1 মুছে ফেলার বৈকল্পিক উন্মোচন করে যা টাইপ I ইন্টারফেরন প্রতিক্রিয়া পরিবর্তন করে
নানোপুর |ইলুমিনা |পুরো জিনোম রিকোয়েন্সিং |মেটাজেনোমিক্স |RNA-Seq |স্যাঙ্গার
বায়োমার্কার টেকনোলজিস এই গবেষণায় নমুনা সিকোয়েন্সিংয়ের প্রযুক্তিগত সহায়তা প্রদান করেছে।
হাইলাইট
1.SARS-CoV-2 জিনোম সিকোয়েন্সিং এবং ফিলোগনেটিক বিশ্লেষণ 31টি SNP এবং 4টি ইনডেল সহ 35টি পুনরাবৃত্ত মিউটেশন সনাক্ত করে।
2. 117 ক্লিনিকাল ফেনোটাইপের সাথে অ্যাসোসিয়েশন সম্ভাব্যভাবে প্রকাশ করে
গুরুত্বপূর্ণ মিউটেশন।
Nsp1 কোডিং অঞ্চলে ∆500-532 নিম্ন ভাইরালের সাথে সম্পর্কযুক্ত
3.লোড এবং সিরাম IFN-β।
4. ∆500-532 মিউটেশন সহ ভাইরাল আইসোলেটগুলি নিম্ন IFN-I প্ররোচিত করে
সংক্রামিত কোষে প্রতিক্রিয়া।
পরীক্ষামূলক অলঙ্করণ
অর্জন
1. COVID-19 মহামারী সংক্রান্ত এবং জিনোমিক নজরদারি
22শে জানুয়ারী, 2020 থেকে 20শে ফেব্রুয়ারি, 2020 পর্যন্ত প্রাদুর্ভাবের সময়কালে চীনের সিচুয়ান প্রদেশে ক্লিনিকাল ডেটা সংগ্রহ করা হয়েছিল। সিচুয়ানে qPCR পরীক্ষার মাধ্যমে মোট 538 টি COVID-19 কেস নিশ্চিত করা হয়েছিল, যার মধ্যে 28.8% প্রদেশের ছিল মূলধনসিচুয়ানে নিশ্চিত হওয়া মামলা দ্রুতগতিতে বেড়েছে, যা 30শে জানুয়ারী শীর্ষে পৌঁছেছে।এছাড়াও, ডেটা সমর্থন করে যে সামাজিক দূরত্ব ভাইরাসের বিস্তার রোধে একটি মূল কারণ হতে পারে।
চিত্র 1. চীনের সিচুয়ান প্রদেশে COVID-19 এর মহামারী সংক্রান্ত গবেষণা
2. SARS-CoV-2 জিনোম নির্মাণ এবং রূপ সনাক্তকরণ
মাল্টিপ্লেক্স পিসিআর পরিবর্ধনের সাথে ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং অনুসরণ করে, 248 জন রোগীর থেকে মোট 310টি কাছাকাছি- বা আংশিক-সম্পূর্ণ জিনোম তৈরি করা হয়েছিল।80% জিনোম 10 রিড দ্বারা আচ্ছাদিত (গভীর গভীরতা: প্রতি নমুনা 0.39 M রিড)।
চিত্র 2. সিচুয়ান কোহর্টের প্রতিটি রূপের ফ্রিকোয়েন্সি
SARS-CoV-2 জিনোম থেকে মোট 104টি SNPs এবং 18টি Indels চিহ্নিত করা হয়েছিল, যার মধ্যে 31 SNPs এবং 4টি Indels কে পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈকল্পিক হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল।উহান থেকে 169টি নমুনা এবং GISAID-তে 81,391টি উচ্চ-মানের পাবলিক জিনোম সিকোয়েন্সের সাথে তাদের তুলনা করে, অন্যান্য মহাদেশে উপস্থাপিত 35টি রূপের মধ্যে 29টি পাওয়া গেছে।উল্লেখযোগ্যভাবে, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 এবং T13243C সহ চারটি ভেরিয়েন্ট শুধুমাত্র সিচুয়ান এবং উহানে উপস্থিত ছিল এবং GISAID ডেটাতে অনুপস্থিত ছিল, যা নির্দেশ করে যে এই ভেরিয়েন্টগুলি উহান থেকে ইমপ্রোট হওয়ার খুব সম্ভাবনা ছিল, যা রোগীদের ভ্রমণ রেকর্ড।
সিচুয়ান থেকে 88টি নতুন ভাইরাস এবং অন্যান্য অঞ্চল থেকে 250টি কিউরেটেড জিনোমে সর্বাধিক সম্ভাবনা (এমএল) পদ্ধতি এবং বায়েসিয়ান আণবিক ঘড়ি পদ্ধতির সাথে বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ প্রক্রিয়া করা হয়েছিল।∆500-532 সহ জিনোম (Nsp1 কোডিং অঞ্চলে মুছে ফেলা) ফাইলোজেনেটিক গাছে খুব কম বিতরণ করা হয়েছে।Nsp1 ভেরিয়েন্টের হ্যাপ্লোটাইপ বিশ্লেষণ একাধিক শহর থেকে তাদের মধ্যে 5 জনকে চিহ্নিত করেছে।এই ফলাফলগুলি প্রস্তাব করেছে যে ∆500-532 একাধিক শহরে ঘটেছে এবং উহান থেকে একাধিকবার আমদানি করা হতে পারে।
চিত্র 2. SARS-CoV-2 জিনোমে পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈচিত্র এবং ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণ
3. ক্লিনিকাল প্রভাবের সাথে পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈকল্পিকগুলির অ্যাসোসিয়েশন
117টি ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলি COVID-19 এর তীব্রতার সাথে যুক্ত ছিল, যেখানে 19টি তীব্রতা-সম্পর্কিত ফেনোটাইপগুলিকে গুরুতর এবং অ-গুরুতর বৈশিষ্ট্যে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছিল।এই বৈশিষ্ট্য এবং 35টি পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈকল্পিকগুলির মধ্যে সম্পর্ক দ্বি-গুচ্ছ হিটম্যাপে ভিউয়ালাইজ করা হয়েছিল।একটি GSEA-এর মতো র্যাঙ্কযুক্ত সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণে দেখানো হয়েছে যে ∆500-532 রক্তে ESR, সিরাম IFN-β এবং CD3+CD8+ T কোষের সংখ্যার সঙ্গে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত।অধিকন্তু, qPCR পরীক্ষায় দেখা গেছে যে ∆500-532 ভাইরাস আশ্রয়ে আক্রান্ত রোগীদের সর্বোচ্চ Ct মান, অর্থাৎ সর্বনিম্ন ভাইরাল লোড ছিল।
চিত্র 3. ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলির সাথে 35টি পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈচিত্রের অ্যাসোসিয়েশন
4. ভাইরাল মিউটেশন সম্পর্কিত ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলির বৈধতা
Nsp1 ফাংশনে ∆500-532-এর প্রভাব বোঝার জন্য, HEK239T কোষগুলিকে পূর্ণ-দৈর্ঘ্য, WT Nsp1 এবং মুছে ফেলার সাথে মিউট্যান্ট ফর্ম প্রকাশকারী প্লাজমিড দিয়ে স্থানান্তরিত করা হয়েছিল।প্রতিটি চিকিত্সা করা HEK239T কোষের ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোফাইলগুলি পিসিএ বিশ্লেষণের জন্য প্রক্রিয়া করা হয়েছিল, দেখায় যে মুছে ফেলা মিউট্যান্টগুলি তুলনামূলকভাবে কাছাকাছি ক্লাস্টার করা হয়েছিল এবং WT Nsp1 থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা ছিল।মিউট্যান্টদের মধ্যে যে জিনগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে আপ-নিয়ন্ত্রিত ছিল সেগুলি মূলত "পেপটাইড বায়োসিন্থেটিক/মেটাবলিক প্রক্রিয়া", "রাইবোনিউক্লিওপ্রোটিন কমপ্লেক্স বায়োজেনেসিস", "প্রোটিন টার্গেটিং টু মেমব্রেন/ইআর" ইত্যাদিতে সমৃদ্ধ হয়েছিল। তাছাড়া, দুটি অপসারণ WT থেকে একটি স্বতন্ত্র এক্সপশন প্যাটার্ন দেখায়।
চিত্র 4. WT Nsp1 দ্বারা স্থানান্তরিত HEK239T কোষের ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ এবং মুছে ফেলার সাথে
IFN-1 প্রতিক্রিয়াতে মুছে ফেলার প্রভাবগুলি ওভার এক্সপ্রেসড গবেষণায়ও পরীক্ষা করা হয়েছিল।সমস্ত পরীক্ষিত মুছে ফেলা ট্রান্সক্রিপ্টোম স্তর এবং প্রোটিন উভয় স্তরে ট্রান্সফেক্টেড HEK239T এবং A549 কোষে IFN-1 repsonse কমাতে দেখানো হয়েছিল।মজার বিষয় হল, মুছে ফেলার ক্ষেত্রে উল্লেখযোগ্যভাবে নিম্ন-নিয়ন্ত্রিত জিনগুলি "ভাইরাসের প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া", "ভাইরাল জিনোম প্রতিলিপি", "আরএনএ পলিমারেজ II দ্বারা প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ" এবং "টাইপ I ইন্টারফেরনের প্রতিক্রিয়া" এ সমৃদ্ধ হয়েছিল।
চিত্র 5. ∆500-532 মিউট্যান্টে ইন্টারফেরন সিগন্যালিং পথের ডাউন রেগুলেশন
এই গবেষণায়, ভাইরাসের উপর এই মুছে ফেলার প্রভাব আরও ভাইরাল সংক্রমণ গবেষণা দ্বারা নিশ্চিত করা হয়েছিল।নির্দিষ্ট মিউট্যান্ট সহ ভাইরাসগুলি ক্লিনিকাল নমুনা থেকে আলাদা করা হয়েছিল এবং ক্যালু -3 কোষে সংক্রামিত হয়েছিল।ভাইরাল সংক্রমণ অধ্যয়নের বিস্তারিত ফলাফল কাগজে পড়া যেতে পারে।
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
রেফারেন্স
লিন জে, ট্যাং সি, ওয়েই এইচ, এট আল।SARS-CoV-2-এর জিনোমিক মনিটরিং একটি Nsp1 মুছে ফেলার বৈকল্পিক উন্মোচন করে যা টাইপ I ইন্টারফেরন প্রতিক্রিয়া[J] সংশোধন করে।সেল হোস্ট এবং মাইক্রোব, 2021।
খবর এবং হাইলাইট বায়োমার্কার টেকনোলজিসের সাথে সাম্প্রতিক সফল ঘটনাগুলি ভাগ করে নেওয়ার লক্ষ্য, অভিনব বৈজ্ঞানিক সাফল্যের পাশাপাশি গবেষণার সময় প্রয়োগ করা বিশিষ্ট কৌশলগুলি ক্যাপচার করা।
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৬-২০২২