ATH-LEASACHADH GENOME UILE
Tha sgrùdadh genomics air SARS-CoV-2 a’ nochdadh caochladh sguabaidh às Nsp1 a bhios ag atharrachadh freagairt interferon seòrsa I
Nanopore |Illumina |Seicheamh genome slàn |metagenomics |RNA-Seq |Seinneadair
Thug Biomarker Technologies seachad taic theicnigeach air òrdugh sampall san sgrùdadh seo.
Prìomh thachartasan
Bidh sreath genome 1.SARS-CoV-2 agus mion-sgrùdadh phylognetic a’ comharrachadh 35 mùthaidhean ath-chuairteach a’ toirt a-steach 31 SNP agus 4 Indels.
2.Association le 117 clionaigeach phenotypes a 'nochdadh a dh'fhaodadh a bhith
mùthaidhean cudromach.
∆500-532 ann an roinn còdaidh Nsp1 co-cheangailte ri bhìorasach nas ìsle
3.load agus serum IFN-β.
4.Viral a’ dealachadh le mùthadh ∆500-532 ag adhbhrachadh IFN-I nas ìsle
freagairt anns na ceallan gabhaltach.
Dealbhadh deuchainneach
Euchdan
1. Sgrùdadh epidemio-eòlasach agus genomic COVID-19
Chaidh dàta clionaigeach a chruinneachadh ann an sgìre Sichuan, Sìona thar ùine an ar-a-mach bho 22 Faoilleach, 2020 gu 20 Gearran, 2020. Chaidh 538 cùis COVID-19 gu h-iomlan a dhearbhadh le deuchainnean qPCR ann an Sichuan, agus bha 28.8% dhiubh sin bhon mhòr-roinn calpa.Mheudaich cùisean dearbhte ann an Sichuan gu mòr, a’ tighinn gu àirde air 30 Faoilleach.Cuideachd, thug dàta taic gum faod astar sòisealta a bhith na phrìomh fheart ann a bhith a’ casg sgaoileadh bhìoras.
Figear 1. Sgrùdadh epidemio-eòlasach air COVID-19 ann an sgìre Sichuan, Sìona
2. Togail genome SARS-CoV-2 agus comharrachadh caochladairean
Le leudachadh PCR ioma-fhillte air a leantainn le sreath nanopore, chaidh 310 genomes faisg air no pàirt-choileanta bho euslaintich 248 a chruthachadh le timcheall air.80% de genomes còmhdaichte le 10 leughaidhean (Doimhneachd cuibheasach: 0.39 M a’ leughadh gach sampall).
Figear 2. Tricead gach caochladair ann am buidheann Sichuan
Chaidh 104 SNP agus 18 Indels gu h-iomlan a chomharrachadh bho genomes SARS-CoV-2, anns an deach 31 SNP agus 4 Indels a chomharrachadh mar atharrachaidhean ginteil ath-chuairteach.Le bhith gan coimeas le 169 sampall bho Wuhan agus le 81,391 sreathan genoma publich àrd-inbhe ann an GISAID, 29 de na 35 caochlaidhean a chaidh a lorg air an taisbeanadh ann am mòr-thìrean eile.Gu sònraichte, cha deach ceithir caochlaidhean a’ toirt a-steach ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 agus T13243C, a lorg ach a’ nochdadh ann an Sichuan agus Wuhan agus neo-làthaireach ann an dàta GISAID, a’ nochdadh gun robh na caochlaidhean sin glè choltach gun deach an toirt a-steach bho Wuhan, a choinnicheas ris an clàran siubhail euslaintich.
Chaidh mion-sgrùdadh mean-fhàs leis an dòigh as coltaiche (ML) agus dòighean gleoc moileciuil Bayesian a phròiseasadh air 88 bhìoras ùr s bho Sichuan agus 250 genomes leigheasach bho roinnean eile.Chaidh genomes le ∆500-532 (Sguab às ann an roinn còdaidh Nsp1) a lorg air an sgaoileadh gu gann anns a’ chraobh phylogenetic.Chomharraich mion-sgrùdadh Haplotype air caochlaidhean Nsp1 5 dhiubh bho ioma-bhailtean.Mhol na co-dhùnaidhean sin gun do thachair an ∆500-532 ann an grunn bhailtean-mòra agus gum faodadh iad a bhith air an toirt a-steach iomadh uair bho Wuhan.
Figear 2. Caochlaidhean ginteil ath-chuairteach agus mion-sgrùdadh phylogenetic anns na genomes SARS-CoV-2
3. Co-cheangailte ri caochlaidhean ginteil leantainneach le builean clionaigeach
Bha 117 phenotypes clionaigeach co-cheangailte ri cho dona sa bha COVID-19, far an deach 19 phenotypes co-cheangailte ri tromachd a sheòrsachadh ann an comharran cruaidh agus neo-throm.Chaidh an dàimh eadar na feartan sin agus 35 caochlaidhean ginteil ath-chuairteach a chuir an sàs ann am mapa teas dà-chnuasach.Sheall mion-sgrùdadh beairteachaidh clàraichte coltach ri GSEA gu bheil ∆500-532 co-cheangailte gu àicheil ri cunntasan cealla ESR, serum IFN-β agus CD3 + CD8 + T san fhuil.A bharrachd air an sin, sheall deuchainnean qPCR gun robh an luach Ct as àirde aig euslaintich air an robh galairean bhìoras ∆500-532, ie an luchd viral as ìsle.
Figear 3. Comainn de 35 caochlaidhean ginteil ath-chuairteach le phenotypes clionaigeach
4. Dearbhadh air phenotypes clionaigeach co-cheangailte ri mùthadh viral
Gus buaidh ∆500-532 air gnìomhan Nsp1 a thuigsinn, chaidh ceallan HEK239T a ghluasad le plasmids a’ cur an cèill foirmean làn-fhaid, WT Nsp1 agus mutant le sguabadh às.Chaidh pròifilean tar-sgrìobhaidh de gach cealla HEK239T a chaidh a làimhseachadh a phròiseasadh airson mion-sgrùdadh PCA, a’ sealltainn gu robh mutants cuir às a’ cruinneachadh an ìre mhath nas fhaisge agus gu robh iad gu math eadar-dhealaichte bho WT Nsp1.Bha na ginean a chaidh àrdachadh gu mòr anns na mutants air an saidhbhreachadh sa mhòr-chuid ann am “pròiseas biosynthetic / metabolic peptide”, “biogenesis iom-fhillte ribonucleoprotein”, “pròtain ag amas air membran / ER”, msaa.
Figear 4. Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air ceallan HEK239T air an gluasad le WT Nsp1 agus sin le sguabadh às
Chaidh buaidhean cuir às air freagairt IFN-1 a dhearbhadh cuideachd ann an sgrùdadh ro-mhòr.Chaidh sealltainn gu robh a h-uile sguab às deuchainneach a’ lughdachadh freagairt IFN-1 ann an ceallan transfected HEK239T agus A549 aig gach cuid ìre tar-sgrìobhaidh agus ìre pròtain.Gu h-inntinneach, chaidh na ginean a chaidh a lughdachadh gu mòr ann an sguabadh às a bheairteachadh ann an “freagairt dìon don bhìoras”, “ath-riochdachadh genome bhìorasach”, “riaghladh tar-sgrìobhadh le RNA polymerase II” agus “freagairt do sheòrsa I interferon”.
Figear 5. Riaghladh sìos slighean comharran interferon ann an ∆500-532 mutant
Anns an sgrùdadh seo, chaidh buaidh nan cuir às sin air bhìoras a dhearbhadh tuilleadh le sgrùdaidhean galair bhìorasach.Bha bhìorasan le cuid de mutants air an dealachadh bho shamhlaichean clionaigeach agus air an galar gu ceallan Calu-3.Faodar toraidhean mionaideach mu sgrùdadh galairean viral a leughadh sa phàipear.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Iomradh
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Tha sgrùdadh genomic de SARS-CoV-2 a’ nochdadh caochladh sguabaidh às Nsp1 a bhios ag atharrachadh freagairt interferon seòrsa I [J].Neach-aoigheachd cealla & microbe, 2021.
Naidheachdan agus Prìomh thachartasan ag amas air na cùisean soirbheachail as ùire a cho-roinn le Biomarker Technologies, a’ glacadh euchdan saidheansail ùr-nodha a bharrachd air dòighean follaiseach a chaidh a chuir an sàs tron sgrùdadh.
Ùine puist: Faoilleach-06-2022