ການສົ່ງຕໍ່ genome ທັງໝົດ
ການຕິດຕາມພັນທຸກໍາຂອງ SARS-CoV-2 ເປີດເຜີຍຕົວແປການລຶບ Nsp1 ທີ່ modulates ປະເພດ I interferon ຕອບສະຫນອງ
ນາໂນໂພ |ອິລູມີນາ |genome ທັງຫມົດ resequencing |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies ໄດ້ໃຫ້ການຊ່ວຍເຫຼືອດ້ານວິຊາການກ່ຽວກັບການຈັດລໍາດັບຕົວຢ່າງໃນການສຶກສານີ້.
ຈຸດເດັ່ນ
1.SARS-CoV-2 ການຈັດລໍາດັບ genome ແລະການວິເຄາະ phylognetic ກໍານົດ 35 ການກາຍພັນທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳໆລວມທັງ 31 SNPs ແລະ 4 Indels.
2.ການເຊື່ອມໂຍງກັບ 117 phenotypes ທາງຄລີນິກເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນທ່າແຮງ
ການກາຍພັນທີ່ສໍາຄັນ.
∆500-532 ໃນເຂດລະຫັດ Nsp1 ກ່ຽວຂ້ອງກັບໄວຣັສຕ່ໍາ
3.load ແລະ serum IFN-β.
4.Viral isolates ກັບ ∆500-532 mutation induce IFN-I ຕ່ໍາ.
ການຕອບສະ ໜອງ ໃນຈຸລັງທີ່ຕິດເຊື້ອ.
ການອອກແບບທົດລອງ
ຜົນສຳເລັດ
1. ການເຝົ້າລະວັງພະຍາດລະບາດ ແລະ ເຊື້ອພະຍາດ COVID-19
ເກັບກຳຂໍ້ມູນດ້ານການປິ່ນປົວຢູ່ແຂວງເສສວນ, ຈີນ ໃນໄລຍະການແຜ່ລະບາດຂອງພະຍາດແຕ່ວັນທີ 22 ມັງກອນ 2020 ຫາວັນທີ 20 ກຸມພາ 2020. ມີຜູ້ຕິດເຊື້ອພະຍາດໂຄວິດ-19 ທັງໝົດ 538 ກໍລະນີທີ່ໄດ້ຮັບການຢັ້ງຢືນຈາກການກວດສອບ qPCR ຢູ່ແຂວງເສສວນ, 28,8% ແມ່ນມາຈາກແຂວງ. ນະຄອນຫຼວງ.ກໍລະນີທີ່ໄດ້ຮັບການຢັ້ງຢືນໃນ Sichuan ເພີ່ມຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ, ສູງສຸດໃນວັນທີ 30 ມັງກອນ.ນອກຈາກນີ້, ຂໍ້ມູນສະຫນັບສະຫນູນວ່າການຫ່າງໄກທາງສັງຄົມສາມາດເປັນປັດໃຈສໍາຄັນໃນການປ້ອງກັນການແຜ່ລະບາດຂອງເຊື້ອໄວຣັສ.
ຮູບທີ 1. ການສຶກສາການລະບາດຂອງພະຍາດໂຄວິດ-19 ຢູ່ແຂວງເສສວນ ສປ ຈີນ
2. ການສ້າງ genome SARS-CoV-2 ແລະການກໍານົດຕົວແປ
ດ້ວຍການຂະຫຍາຍ multiplex PCR ປະຕິບັດຕາມລໍາດັບ nanopore, ຈໍານວນທັງຫມົດຂອງ 310 genomes ເກືອບຫຼືບາງສ່ວນທີ່ສົມບູນຈາກຄົນເຈັບ 248 ໄດ້ຖືກສ້າງຂື້ນໂດຍປະມານ.80% ຂອງ genomes ກວມເອົາ 10 ອ່ານ (ຄວາມເລິກສະເລ່ຍ: 0.39 M ອ່ານຕໍ່ຕົວຢ່າງ).
ຮູບທີ 2. ຄວາມຖີ່ຂອງແຕ່ລະຕົວແປໃນກຸ່ມເສສວນ
ທັງໝົດ 104 SNPs ແລະ 18 Indels ໄດ້ຖືກກໍານົດມາຈາກ genomes SARS-CoV-2, ໃນນັ້ນ 31 SNPs ແລະ 4 Indels ໄດ້ຖືກລະບຸວ່າເປັນພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳ.ໂດຍການປຽບທຽບພວກມັນກັບ 169 ຕົວຢ່າງຈາກເມືອງ Wuhan ແລະດ້ວຍ 81,391 ລຳດັບ genome publich ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງໃນ GISAID, 29 ໃນ 35 variants ທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນທະວີບອື່ນໆ.ໂດຍສະເພາະ, ສີ່ຕົວແປລວມທັງ ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ແລະ T13243C, ໄດ້ຖືກພົບເຫັນພຽງແຕ່ຢູ່ໃນເມືອງ Sichuan ແລະ Wuhan ແລະບໍ່ມີຂໍ້ມູນ GISAID, ເຊິ່ງຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າຕົວແປເຫຼົ່ານີ້ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະໄດ້ຮັບການປັບປຸງຈາກ Wuhan, ເຊິ່ງຕອບສະຫນອງ. ບັນທຶກການເດີນທາງຂອງຄົນເຈັບ.
ການວິເຄາະວິວັດທະນາການທີ່ມີຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ (ML) ແລະວິທີການໂມງໂມເລກຸນ Bayesian ໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງກ່ຽວກັບເຊື້ອໄວຣັສໃຫມ່ 88 ຈາກ Sichuan ແລະ 250 genomes curated ຈາກພາກພື້ນອື່ນໆ.ພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີ ∆500-532 (ການລຶບໃນພາກພື້ນລະຫັດ Nsp1) ໄດ້ຖືກພົບເຫັນແຈກຢາຍຢ່າງນ້ອຍໃນຕົ້ນໄມ້ phylogenetic.ການວິເຄາະ Haplotype ກ່ຽວກັບ Nsp1 variants ໄດ້ກໍານົດ 5 ຂອງເຂົາເຈົ້າມາຈາກຫຼາຍເມືອງ.ຜົນໄດ້ຮັບເຫຼົ່ານີ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ ∆500-532 ເກີດຂຶ້ນໃນຫຼາຍເມືອງແລະອາດຈະຖືກນໍາເຂົ້າຫຼາຍຄັ້ງຈາກ Wuhan.
ຮູບທີ 2. ການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳ ແລະການວິເຄາະທາງຟີໂລgeneticໃນ genomes SARS-CoV-2
3. ສະມາຄົມຂອງຕົວແປທາງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳໂດຍມີຜົນສະທ້ອນທາງດ້ານຄລີນິກ
117 phenotypes ທາງດ້ານການຊ່ວຍແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຮຸນແຮງຂອງ COVID-19, ເຊິ່ງ 19 phenotypes ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຮຸນແຮງໄດ້ຖືກຈັດປະເພດເປັນລັກສະນະຮ້າຍແຮງແລະບໍ່ຮຸນແຮງ.ຄວາມສຳພັນລະຫວ່າງລັກສະນະເຫຼົ່ານີ້ ແລະ 35 ຊະນິດພັນທຸກຳທີ່ເກີດຂື້ນຊ້ຳໆໄດ້ຖືກນຳໄປໃຊ້ໃນແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນສອງກຸ່ມ.ການວິເຄາະການເສີມສ້າງທີ່ມີການຈັດອັນດັບຄ້າຍຄື GSEA ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ ∆500-532 ມີຄວາມສໍາພັນທາງລົບກັບ ESR, serum IFN-β ແລະ CD3+CD8+ T cell ນັບຢູ່ໃນເລືອດ.ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ການທົດສອບ qPCR ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຄົນເຈັບທີ່ຕິດເຊື້ອໄວຣັດ harboring ∆500-532 ມີມູນຄ່າ Ct ສູງສຸດ, ie ຕ່ໍາສຸດ viral load.
ຮູບທີ 3. ສະມາຄົມຂອງ 35 ຊະນິດພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳກັບ phenotypes ທາງດ້ານຄລີນິກ
4. ການກວດສອບການກາຍພັນຂອງໄວຣັສທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ phenotypes ທາງຄລີນິກ
ເພື່ອເຂົ້າໃຈຜົນກະທົບຂອງ ∆500-532 ກ່ຽວກັບຫນ້າທີ່ Nsp1, ຈຸລັງ HEK239T ໄດ້ຖືກຖ່າຍທອດດ້ວຍ plasmids ສະແດງອອກເຕັມຮູບແບບ, WT Nsp1 ແລະຮູບແບບ mutant ດ້ວຍການລຶບ.ຂໍ້ມູນການຖອດຂໍ້ຄວາມຂອງແຕ່ລະເຊລ HEK239T ທີ່ໄດ້ຮັບການປິ່ນປົວໄດ້ຖືກປະມວນຜົນສໍາລັບການວິເຄາະ PCA, ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າການລຶບ mutants ກຸ່ມຂ້ອນຂ້າງໃກ້ຊິດແລະແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຈາກ WT Nsp1.genes ທີ່ໄດ້ຮັບການປັບປຸງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນ mutants ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນ enriched ໃນ "ຂະບວນການ biosynthetic peptide / metabolic", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "ການກໍາຫນົດເປົ້າຫມາຍຂອງທາດໂປຼຕີນໃນ membrane / ER", ແລະອື່ນໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, ສອງການລຶບສະແດງໃຫ້ເຫັນຮູບແບບ expsion ທີ່ແຕກຕ່າງກັນຈາກ WT.
ຮູບທີ 4. ການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກເຊລ HEK239T ທີ່ຖ່າຍທອດໂດຍ WT Nsp1 ແລະດ້ວຍການລຶບ
ຜົນກະທົບຂອງການລົບກ່ຽວກັບການຕອບສະຫນອງ IFN-1 ຍັງໄດ້ຮັບການທົດສອບໃນການສຶກສາ overexpressed.ການລຶບທີ່ທົດສອບທັງໝົດໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າການຫຼຸດຜ່ອນການຕອບສະໜອງ IFN-1 ໃນຈຸລັງ HEK239T ແລະ A549 ທີ່ຖືກຖ່າຍທອດຜ່ານທັງລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ ແລະລະດັບໂປຣຕີນ.ຫນ້າສົນໃຈ, genes ທີ່ຖືກຄວບຄຸມຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນການລຶບໄດ້ຖືກປັບປຸງໃນ "ການຕອບໂຕ້ປ້ອງກັນໄວຣັດ", "ການຈໍາລອງ genome ໄວຣັດ", "ກົດລະບຽບການຖ່າຍທອດໂດຍ RNA polymerase II" ແລະ "ການຕອບສະຫນອງຕໍ່ປະເພດ I interferon".
ຮູບທີ 5. ລະບຽບການລົງຂອງເສັ້ນທາງສັນຍານ interferon ໃນ ∆500-532 mutant
ໃນການສຶກສານີ້, ຜົນກະທົບຂອງການລົບເຫຼົ່ານີ້ກ່ຽວກັບເຊື້ອໄວຣັສໄດ້ຖືກຢືນຢັນຕື່ມອີກໂດຍການສຶກສາການຕິດເຊື້ອໄວຣັດ.ໄວຣັສທີ່ມີຕົວກາຍພັນບາງຊະນິດໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກຕົວຢ່າງທາງຄລີນິກ ແລະຕິດເຊື້ອໄປຫາເຊລ Calu-3.ຜົນໄດ້ຮັບລາຍລະອຽດກ່ຽວກັບການສຶກສາການຕິດເຊື້ອໄວຣັດສາມາດອ່ານໄດ້ໃນເອກະສານ.
ດອຍ:10.1016/j.chom.2021.01.015
ອ້າງອິງ
Lin J, Tang C, Wei H, et al.ການຕິດຕາມທາງພັນທຸກໍາຂອງ SARS-CoV-2 ເປີດເຜີຍຕົວແປການລຶບ Nsp1 ທີ່ modulates type I interferon response[J].ເຊລໂຮສ ແລະຈຸລິນຊີ, 2021.
ຂ່າວແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນກໍລະນີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດຫລ້າສຸດກັບ Biomarker Technologies, ເກັບກໍາຜົນສໍາເລັດທາງວິທະຍາສາດໃຫມ່ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເຕັກນິກທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການສຶກສາ.
ເວລາປະກາດ: 06-06-2022