सम्पूर्ण जीनोम पुनरावृत्ति
SARS-CoV-2 को जीनोमिक्स अनुगमनले Nsp1 मेटाउने भेरियन्टलाई उजागर गर्दछ जसले टाइप I इन्टरफेरोन प्रतिक्रियालाई परिमार्जन गर्दछ
नानोपुर |इल्युमिना |सम्पूर्ण जीनोम अनुकरण |मेटाजेनोमिक्स |आरएनए-सेक |सेङ्गर
बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूले यस अध्ययनमा नमूना अनुक्रममा प्राविधिक सहयोग प्रदान गर्यो।
हाइलाइटहरू
1.SARS-CoV-2 जीनोम अनुक्रम र फाइलोग्नेटिक विश्लेषणले 31 SNPs र 4 Indels सहित 35 पुनरावर्ती उत्परिवर्तनहरू पहिचान गर्दछ।
2. 117 क्लिनिकल फेनोटाइपहरूसँग सम्भावित रूपमा प्रकट गर्दछ
महत्त्वपूर्ण उत्परिवर्तन।
Nsp1 कोडिङ क्षेत्रमा ∆500-532 कम भाइरलसँग सम्बन्धित छ
3. लोड र सीरम IFN-β।
4. ∆500-532 उत्परिवर्तन संग भाइरल आइसोलेट्स कम IFN-I प्रेरित गर्दछ
संक्रमित कोशिकाहरूमा प्रतिक्रिया।
प्रायोगिक डिजाइन
उपलब्धिहरू
1. COVID-19 महामारी विज्ञान र जीनोमिक निगरानी
जनवरी २२, २०२० देखि फेब्रुअरी २०, २०२० सम्मको प्रकोप अवधिभर चीनको सिचुआन प्रान्तमा क्लिनिकल डेटा सङ्कलन गरिएको थियो। सिचुआनमा qPCR परीक्षणहरूद्वारा कुल ५३८ कोभिड-१९ घटनाहरू पुष्टि भएका थिए, जसमध्ये २८.८% प्रान्तका थिए। पूंजी।सिचुआनमा पुष्टि भएका केसहरू तीव्र रूपमा बढ्दै गए, जनवरी ३० मा उचाइमा पुग्यो।साथै, डेटाले समर्थन गर्दछ कि सामाजिक दूरी भाइरस फैलिनबाट रोक्नको लागि एक प्रमुख कारक हुन सक्छ।
चित्र 1. चीनको सिचुआन प्रान्तमा COVID-19 को महामारी विज्ञान अध्ययन
2. SARS-CoV-2 जीनोम निर्माण र भेरियन्ट पहिचान
मल्टिप्लेक्स पीसीआर एम्प्लीफिकेशन पछि नानोपोर सिक्वेन्सिङको साथ, 248 बिरामीहरूबाट कुल 310 नजिक- वा आंशिक-पूर्ण जीनोमहरू लगभग उत्पन्न गरियो।80% जीनोमहरू 10 रीडहरूद्वारा कभर गरिएका छन् (मध्य गहिराइ: प्रति नमूना 0.39 एम पढिन्छ)।
चित्र २. सिचुआन कोहोर्टमा प्रत्येक भेरियन्टको आवृत्ति
SARS-CoV-2 जीनोमहरूबाट कुल 104 SNPs र 18 Indels पहिचान गरिएको थियो, जसमा 31 SNPs र 4 Indels पुनरावर्ती आनुवंशिक भिन्नताहरूको रूपमा पहिचान गरिएको थियो।वुहानबाट 169 नमूनाहरू र GISAID मा 81,391 उच्च-गुणस्तर सार्वजनिक जीनोम अनुक्रमहरूसँग तुलना गरेर, 35 भेरियन्टहरू मध्ये 29 अन्य महाद्वीपहरूमा प्रस्तुत गरिएको फेला पर्यो।उल्लेखनीय रूपमा, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 र T13243C सहित चारवटा भेरियन्टहरू सिचुआन र वुहानमा मात्र प्रस्तुत भएको र GISAID डाटामा अनुपस्थित रहेको पाइयो, जसले यी भेरियन्टहरू वुहानबाट सुधारिएको धेरै सम्भावना रहेको देखाउँछ। बिरामीहरूको यात्रा रेकर्ड।
अधिकतम सम्भावना (एमएल) विधि र बायेसियन आणविक घडी दृष्टिकोणको साथ विकास विश्लेषण सिचुआनबाट 88 नयाँ भाइरस र अन्य क्षेत्रहरूबाट 250 क्युरेट गरिएको जीनोमहरूमा प्रशोधन गरिएको थियो।∆500-532 को साथ जीनोमहरू (Nsp1 कोडिङ क्षेत्रमा मेटाइएका) फाइलोजेनेटिक रूखमा थोरै रूपमा वितरण गरिएको पाइयो।Nsp1 भेरियन्टहरूमा Haplotype विश्लेषणले ती मध्ये 5 वटा धेरै शहरहरूबाट पहिचान गर्यो।यी परिणामहरूले सुझाव दिए कि ∆500-532 धेरै शहरहरूमा देखा पर्यो र वुहानबाट धेरै पटक आयात गर्न सकिन्छ।
चित्र २. SARS-CoV-2 जीनोमहरूमा पुनरावर्ती आनुवंशिक भिन्नता र फाइलोजेनेटिक विश्लेषण
3. क्लिनिकल प्रभावहरूको साथ पुनरावर्ती आनुवंशिक भिन्नताहरूको संघ
117 क्लिनिकल फेनोटाइपहरू COVID-19 गम्भीरतासँग सम्बन्धित थिए, जहाँ 19 गम्भीरता-सम्बन्धित फिनोटाइपहरूलाई गम्भीर र गैर-गम्भीर लक्षणहरूमा वर्गीकृत गरिएको थियो।यी विशेषताहरू र 35 पुनरावर्ती आनुवंशिक भिन्नताहरू बीचको सम्बन्ध द्वि-क्लस्टर तापम्यापमा भिजुअलाइज गरिएको थियो।GSEA-जस्तो श्रेणीबद्ध संवर्धन विश्लेषणले देखाएको छ कि ∆500-532 रगतमा ESR, सीरम IFN-β र CD3+CD8+ T सेल गणनाहरूसँग नकारात्मक रूपमा सम्बन्धित छ।यसबाहेक, qPCR परीक्षणहरूले ∆500-532 भाइरस हार्बरिङबाट संक्रमित बिरामीहरूमा Ct मान उच्चतम अर्थात् सबैभन्दा कम भाइरल लोड भएको देखाएको छ।
चित्र 3. क्लिनिकल फेनोटाइपहरूसँग 35 पुनरावर्ती आनुवंशिक भिन्नताहरूको संघ
4. भाइरल उत्परिवर्तन सम्बन्धित क्लिनिकल फेनोटाइपहरूमा प्रमाणीकरण
Nsp1 प्रकार्यहरूमा ∆500-532 को प्रभावहरू बुझ्नको लागि, HEK239T कोशिकाहरूलाई पूर्ण-लम्बाइ, WT Nsp1 र मेटाइएका उत्परिवर्ती रूपहरू व्यक्त गर्ने प्लाज्मिडहरूद्वारा रूपान्तरण गरिएको थियो।प्रत्येक उपचार गरिएको HEK239T कोशिकाहरूको ट्रान्सक्रिप्टोम प्रोफाइलहरू PCA विश्लेषणको लागि प्रशोधन गरिएको थियो, यसले देखाउँछ कि मेटाउने म्युटेन्टहरू तुलनात्मक रूपमा नजिक छन् र WT Nsp1 बाट उल्लेखनीय रूपमा भिन्न थिए।म्युटेन्टहरूमा उल्लेखनीय रूपमा अपरेगुलेट गरिएका जीनहरू मुख्यतया "पेप्टाइड बायोसिंथेटिक/मेटाबोलिक प्रक्रिया", "रिबोन्यूक्लियोप्रोटिन कम्प्लेक्स बायोजेनेसिस", "मेम्ब्रेन/ईआरलाई लक्षित गर्ने प्रोटिन", आदिमा समृद्ध थिए। यसबाहेक, दुईवटा मेटाइएकाले WT बाट छुट्टै एक्स्प्सन ढाँचा देखाए।
चित्र 4. WT Nsp1 द्वारा ट्रान्सफेक्ट गरिएको HEK239T कोशिकाहरूमा ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण र त्यो मेटाइयो।
IFN-1 प्रतिक्रियामा मेटाउने प्रभावहरू ओभरएक्सप्रेस गरिएको अध्ययनमा पनि परीक्षण गरिएको थियो।सबै परीक्षण गरिएका मेटाइहरू ट्रान्सक्रिप्टोम स्तर र प्रोटीन स्तर दुवैमा ट्रान्सफेक्ट HEK239T र A549 कक्षहरूमा IFN-1 repsonse कम गर्न देखाइयो।चाखलाग्दो कुरा के छ भने, मेटाइएका महत्त्वपूर्ण रूपमा डाउन-रेगुलेट गरिएका जीनहरू "भाइरसको प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया", "भाइरल जीनोम प्रतिकृति", "आरएनए पोलिमरेज II द्वारा ट्रान्सक्रिप्शनको नियमन" र "टाइप I इन्टरफेरोनको प्रतिक्रिया" मा समृद्ध थिए।
चित्र 5. ∆500-532 उत्परिवर्तीमा इन्टरफेरोन संकेत गर्ने मार्गहरूको डाउन नियमन
यस अध्ययनमा, भाइरसमा यी मेटाउने प्रभावहरू भाइरल संक्रमण अध्ययनहरूले थप पुष्टि गरे।निश्चित म्युटेन्टहरू भएका भाइरसहरूलाई क्लिनिकल नमूनाहरूबाट अलग गरियो र कालु-3 कोशिकाहरूमा संक्रमित गरियो।भाइरल संक्रमण अध्ययनको विस्तृत नतिजा पेपरमा पढ्न सकिन्छ।
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
सन्दर्भ
लिन J, Tang C, Wei H, et al।SARS-CoV-2 को जीनोमिक अनुगमनले Nsp1 मेटाउने संस्करण पत्ता लगाउँछ जसले टाइप I इन्टरफेरोन प्रतिक्रिया [J] लाई परिमार्जन गर्दछ।सेल होस्ट र माइक्रोब, 2021।
समाचार र हाइलाइटहरू बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग नवीनतम सफल केसहरू साझेदारी गर्ने उद्देश्य, उपन्यास वैज्ञानिक उपलब्धिहरू र अध्ययनको क्रममा लागू गरिएका प्रमुख प्रविधिहरू क्याप्चर गर्ने।
पोस्ट समय: जनवरी-06-2022