Микробиаль экология
Авыл хуҗалыгын көчәйтү микробиаль челтәр катлаулылыгын һәм тамырдагы төп таксаларның күплеген киметә
Тулы озынлыктагы Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Игътибар
Aкультуралы интенсивлык әйләнә-тирә мохитнең тискәре йогынтысы аркасында көннән-көн проблемалы булып китте, шул исәптән туклыклы матдәләр куллануның начар эффективлыгы, җир асты суларының эутрофиясе, туфракның сыйфаты бозылу һ.б. Зыянны киметү өчен альтернатив игенчелек системалары киң кулланылды.Микробиаль җәмгыять агросистеманың җитештерүчәнлегендә һәм тотрыклылыгында алыштыргысыз роль уйный.Ләкин, төрле игенчелек системаларының тамыр микробиотасына ничек тәэсир итүе аңлашылмый.
Эксперименталь дизайн
Тикшеренүләр
Sнефть һәм тамыр (ДНК) үрнәкләре бодай басуларыннан 60 авыл хуҗалыгы фермаларыннан (һәрберсе 20)
Gчабу: 1. Конвенция (эшкәртү белән);2. Конвенция (эшкәртмәү);3. Органик ферма җирләре
Sтигезләү стратегиясе: тулы озынлыктагы ампликон эзлеклелеге (ITS)
Pримерлар: ITS1F-ITS4 (бөтен ITS өлкәсен максат итеп ~ 630 б.п.)
Sтигезләү платформасы: PacBio RS II
Биоинформатик анализ
Нәтиҗә
On сайтка уртача 357 ОТУ һәм барлыгы 60 сайтның барлыгы 837 ОТУ ачыкланган.Тамыр гөмбә җәмгыятьләренең Альфа төрлелеге өч игенчелек системасы арасында зур аерманы күрсәтми иде.Ләкин, бета төрлелек анализында өч төрле кластер барлыкка килде, бу игенчелек системасының тамыр гөмбә җәмгыяте структурасына көчле тәэсирен күрсәтә.
Рәсем 1. Альфа төрлелеге (Шеннон индексы һәм җәмгыять составы) һәм бета төрлелеге анализы (төп координаталарның каноник анализы) тамыр гөмбә җәмгыятьләрендә.
Ten төп таш таксалар өч игенчелек системасы буенча гөмбә җәмгыятьләренең гомуми челтәренә нигезләнеп билгеләнде: иң югары дәрәҗә, иң якынлык үзәклеге һәм иң түбән үзәклеге булган иң яхшы 10 төен сайланды.Аларның җидесе микроризаль заказларга караган.
Рәсем 2. Өч игенчелек системасының тамыр гөмбә җәмгыятьләрендә гомуми челтәр
Fкоралландыру системасының махсус челтәрләре органик челтәрдә шактый югарырак тоташуны күрсәттеләр, чит һәм гадәти челтәргә караганда ике тапкыр күбрәк кырлы һәм тоташтырылган төеннәр.Моннан тыш, органик игенчелек челтәре калганнары белән чагыштырганда күпкә төп таксаны (бриллиант) саклаган, бу аның катлаулылыгын һәм бәйләнешен яклаган.
Рәсем 3. Фермерлык системасына хас тамырлы гөмбә челтәрләре
AАвыл хуҗалыгы интенсивлыгы һәм тамыр гөмбә челтәренең тоташуы арасында көчле тискәре бәйләнеш күзәтелде.Урман очраклы анализы төп таксаларның төп йөртүчеләрен ачыклады: туфрак фосфоры, күпчелек тыгызлык, рН һәм микроризаль колонизация.
Рәсем 4. Авыл хуҗалыгының интенсивлыгы һәм өч игенчелек системасы аша челтәр тоташуы (А һәм В);Урман очраклы анализы (C) һәм авыл хуҗалыгының интенсивлыгы һәм AMF колонизациясе арасындагы бәйләнеш (D)
Технология
Тулы озынлыктагы ампликон эзлеклелеге
A"Өченче буын эзлеклелеге" сәхнәгә чыга, максатчан төбәкләрдәге чикләүләр һәм яңа җыелыштагы проблемалар җиңелде.Тын океан биологиясе (PacBio) эзлеклелектә дистәләгән килобазга кадәр укуны уңышлы киңәйтте, бу безгә бактерияләрдә яки 18S rRNA (1500 bp-2000 bp) һәм ITS 16s rRNA (1000 bp-1500 bp) тулы укуны алырга мөмкинлек бирә. эукариотика өлкәләрендә (400 б.п. 900 б.т.).Генетик кырның киңәюе төрләрнең аннотацияләрен һәм функциональ геннарның резолюциясен зурайтты.Төп төгәллек турында күптән борчылган проблема PacBio CCS үз-үзен төзәтү белән чишелде, бу HIFI укуны 99% тан артык төгәллек белән тудыра.
OTU аннотациясендә чыгыш
TОзын укуларның да, югары укуның да өстенлекләрен куллану, аннотациянең төгәллеге кискен артырга һәм микробиаль идентификациядә "төрләр дәрәҗәсе" резолюциясенә ирешергә мөмкин.
Сылтама
Банерджи, Самиран һ.б."Авыл хуҗалыгын көчәйтү микробиаль челтәр катлаулылыгын һәм тамырларда төп таш таксаларның күплеген киметә."ISME журналы (2019).
Техника һәм моментлар Төрле резина аренасында төрле югары үткәргеч эзләү технологияләренең иң уңышлы кулланылышын, шулай ук эксперименталь дизайнда һәм мәгълүмат казуда якты идеялар белән уртаклашуны максат итеп куя.
Пост вакыты: 08-2022 гыйнвар