EAGLAIS MHIC-IOMPAICHTE
Bidh dian àiteachais a’ lughdachadh iom-fhillteachd lìonra microbial agus am pailteas de phrìomh chìsean ann am freumhan
Seicheamhachadh Amplicon làn-fhad (ITS) |PacBio HIFI
Prìomh thachartasan
Atha dianachadh àiteachais air a bhith a' sìor fhàs trioblaideach mar thoradh air a dhroch bhuaidh àrainneachdail a' gabhail a-steach droch èifeachd cleachdadh mathachaidh, eutrophiation goundwater, truailleadh càileachd talmhainn, msaa.Tha pàirt riatanach aig coimhearsnachd microbial ann an cinneasachd agus seasmhachd agroecosystem.Ach, chan eil e soilleir ciamar a bheir diofar shiostaman tuathanachais buaidh air microbiota freumh.
Dealbhadh deuchainneach
Deuchainnean
Sbha sampallan ola is freumh (DNA) bho raointean cruithneachd bho 60 fearann àiteachais (20 gach ceann)
Grouping: 1. Convention (with tillage);2. Co-chruinneachadh (no-tillage);3. Fearann àiteachais organach
Sro-innleachd lorgaidh: Seicheamh amplicon làn-fhad (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (ag amas air an roinn ITS gu lèir ~ 630 bp)
Sàrd-ùrlar seicheamhan: PacBio RS II
Mion-sgrùdadh Bioinformatics
Toraidhean
On chaidh cuibheasachd de 357 OTUn a chomharrachadh airson gach làrach agus 837 OTU gu h-iomlan de na 60 làraich gu lèir.Cha robh iomadachd Alpha de choimhearsnachdan fungas freumhach a’ nochdadh eadar-dhealachadh mòr am measg trì siostam tuathanachais.Ach, chaidh trì cruinneachaidhean sònraichte a chruthachadh ann am mion-sgrùdadh iomadachd beta, a’ nochdadh buaidh làidir siostam tuathanachais air structar coimhearsnachd fungas freumhach.
Figear 1. Iomadachd Alpha (clàr-innse na Sionainne agus sgrìobhadh coimhearsnachd ) agus mion-sgrùdadh iomadachd beta (mion-sgrùdadh canonical air prìomh cho-chomharran) air coimhearsnachdan bun-fhungach
Ten keystone taxa chaidh a mhìneachadh stèidhichte air lìonra iomlan de choimhearsnachdan fungach thar trì siostam tuathanachais: chaidh na 10 nodan as àirde leis an ìre as àirde, an dlùths as àirde agus an ìre as ìsle de mheadhanachd a thaghadh.Bhuineadh seachd dhiubh le òrdughan mycorrhizal.
Figear 2. Lìonra iomlan air coimhearsnachdan bun-fhungach trì siostaman tuathanachais
Fchomharraich lìonraidhean sònraichte siostam armachd ceangal gu math nas àirde ann an lìonra organach le dà uair a bharrachd oirean agus barrachd nodan ceangailte na lìonra gun till agus gnàthach.A bharrachd air an sin, thug an lìonra tuathanachais organach tòrr a bharrachd prìomh chìsean (daoimean) an taca ris a’ chòrr, a thug taic dha iom-fhillteachd agus ceangal
Figear 3. Lìonraidhean fungas freumhach a tha sònraichte don t-siostam tuathanais
Achaidh ceangal làidir àicheil fhaicinn eadar dian àiteachais agus ceangal lìonra fungas freumhach.Nochd mion-sgrùdadh coille air thuaiream na prìomh stiùirean de chìsean clach-iuchrach: fosfair talmhainn, dùmhlachd mòr, pH agus tuineachadh mycorhizal.
Figear 4. Dìth àiteachais agus ceangal lìonra thar trì siostaman tuathanachais (A agus B);Mion-sgrùdadh coille air thuaiream (C) agus an dàimh eadar dian àiteachais agus tuineachadh AMF (D)
Teicneòlas
Seicheamh amplicon làn-fhad
As “Sequencing Third Generation” a’ tighinn air an àrd-ùrlar, chaidh faighinn seachad air na crìochan ann an roinnean cuimsichte agus trioblaidean ann an co-chruinneachadh de novo.Tha Pacific Bioscience (PacBio) air leughadh sreathan a leudachadh gu deichean de kilobases, a leigeas leinn leughaidhean làn-fhaid fhaighinn de 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) ann am bacteria no 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) agus ITS roinnean (400 bp-900 bp) ann an eukaryotics.Chuir an sealladh farsaing de raon ginteil gu mòr ri rùn comharrachadh gnè agus ginean gnìomh.Chaidh a’ chùis fhada draghail mu mhearachd bunaiteach fhuasgladh le fèin-cheartachadh PacBio CCS, a ghineadh leughaidhean HIFI le còrr air 99% de mhearachd leughaidh.
Coileanadh ann an nota OTU
Ta’ faighinn buannachdan an dà chuid leughaidhean fada agus àrd-thilleadh, faodar neo-mhearachdachd notaichean àrdachadh gu mòr agus coileanadh rùn “ìre gnè” ann an comharrachadh microbial.
Iomradh
Banerjee, Samiran, et al.“Tha dian àiteachais a’ lughdachadh iom-fhillteachd lìonra microbial agus am pailteas de phrìomh chìsean ann am freumhan.”Iris ISME (2019).
Teicneòlas agus àrd-amasan ag amas air a bhith a’ roinneadh an cleachdadh soirbheachail as ùire de dhiofar theicneòlasan sreathachaidh àrd-threabhadh ann an diofar raointean rannsachaidh a bharrachd air beachdan sgoinneil ann an dealbhadh deuchainneach agus mèinneadh dàta.
Ùine puist: Faoilleach-08-2022