Белешмә булмаган mRNA эзлеклелеге-Иллумина
Үзенчәлекләр
ØТөрле геномнан бәйсез,
ØМәгълүматлар транскрипцияләрнең структурасын һәм экспрессиясен анализлау өчен кулланылырга мөмкин
ØVariзгәрешле кисү сайтларын ачыклагыз
Хезмәтнең өстенлекләре
ØBMKCloud нигезендә нәтиҗәләр китерү: нәтиҗәләр BMKCloud платформасы аша мәгълүмат файллары һәм интерактив отчет рәвешендә китерелә, бу катлаулы анализ нәтиҗәләрен һәм стандарт биоинформатика анализы нигезендә махсуслаштырылган мәгълүмат казу мөмкинлеген бирә.
ØСатудан соң хезмәтләр: Сатудан соң хезмәтләр проект тәмамланганнан соң 3 ай дәвамында гамәлдә, шул исәптән проектларны күзәтү, проблемалар төшерү, Сораулар нәтиҗәләре һ.б.
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Нуклеотидлар:
| Чисталык | Сафлык | Пычрату | Күләм |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | Plantsсемлекләр өчен: RIN≥6.5;Хайваннар өчен: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;чикләнгән яки төп биеклек юк | Гелдә протеин яки ДНК пычрануы чикләнгән яки юк. | Конц.≥30 ng / μl;Том ≥ 10 μл;Барлыгы ≥ 1,5 μг |
Кисем: Авырлык (коры): ≥1 г.
* 5 мг-дан кечерәк тукымалар өчен без флэш туңдырылган (сыек азотта) тукымалар үрнәген җибәрергә киңәш итәбез.
Күзәнәкне туктату: Күзәнәкләр саны = 3 × 107
* Без туңдырылган күзәнәк лизатын җибәрергә киңәш итәбез.Бу күзәнәк 5 × 10 дан кечерәк саналган очракта5, сыек азотта туңдырылган флэш тәкъдим ителә.
Кан үрнәкләре:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol һәм 2mL кан (TRIzol: Кан = 3: 1)
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер:
2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Labрнәк маркировкасы: Төркем + кабатлау, мәсәлән, A1, A2, A3;В1, В2, В3 ... ...
Җибәрү:
1. Коры боз: plesрнәкләрне капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
2.РНА тотрыклы трубалар: РНК үрнәкләрен РНК стабилизация трубасында киптерергә һәм бүлмә температурасында җибәрергә мөмкин.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
РНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
Биоинформатика
 |
1.mRNA (denovo) Ассамблея принцибы
Троица тарафыннан укулар кечерәк кисәкләргә бүленәләр, K-mer дип аталган.Бу К-мерс аннары орлык булып контигларга киңәйтелергә, аннары компонентның контиг каплавына нигезләнеп кулланыла.Ниһаять, компонентларның транскрипцияләрен тану өчен, Де Брюн монда кулланылды.
mRNA (De novo) Троицага күзәтү
2.mRNA (De novo) Ген экспрессия дәрәҗәсен тарату
RNA-Seq ген экспрессиясен бик сизгер бәяләүгә ирешә ала.Гадәттә, FPKM транскрипцияләренең ачыклана торган диапазоны 10 ^ -2 дән 10 ^ 6 га кадәр
mRNA (De novo) FPKM тыгызлыгын һәр үрнәктә тарату
3.mRNA (De novo) GO DEG-ны баету анализы
GO (Ген Онтологиясе) мәгълүмат базасы - ген һәм ген продуктларының стандарт лексикасын үз эченә алган структуралаштырылган биологик аннотация системасы.Анда берничә дәрәҗә бар, анда дәрәҗә түбәнрәк булса, функцияләр шулкадәр конкрет.
mRNA (De novo) Икенче дәрәҗәдә DEGларның классификациясе
BMK Case
Пиязда лампочка шешү һәм үсеш вакытында сукроз метаболизмының транскрипт анализы (Allium cepa L.)
Басылган: үсемлек фәнендә чикләр， 2016
Эзләү стратегиясе
Illumina HiSeq2500
Collectionрнәк җыю
Бу тикшеренүдә ahта Сары Татлы Испания культурасы “Y1351” кулланылды.Collectedыелган үрнәкләр саны
Лампочка шешкәннән соң 15-нче көн (2 см диаметр һәм 3–4 г авырлык), 30-нчы DAS (5 см диаметр һәм 100-110 г авырлык), һәм 40-нчы DASда ∼3 (диаметры 7 см һәм 260-300 грамм).
Төп нәтиҗәләр
1. Вен схемасында барлыгы өч пар үсеш этапларында барлыгы 146 DEG табылды
2. "Углеводлы транспорт һәм метаболизм" 585 униген белән генә күрсәтелде (ягъни аңлатмалы COGның 7%).
3.Унигеннар GO мәгълүмат базасына уңышлы аңлатма бирделәр, лампочка үсешенең өч этапы өчен өч төп категориягә бүленделәр."Биологик процесс" төп категориясендә күрсәтелгәннәрнең күбесе "метаболик процесс", аннары "кәрәзле процесс"."Молекуляр функция" нең төп категориясендә иң күп күрсәтелгән ике категория "бәйләүче" һәм "катализатор активлык" иде.
 Ортологик төркемнәр кластерларының гистограммасы (COG) классификациясе |  Өч үсеш этабында лампочкалардан алынган унигеннар өчен ген онтологиясе (GO) классификациясе |
 Пияз лампочкасының үсешенең ике этабында дифференциаль рәвештә күрсәтелгән геннарны күрсәтүче Вен схемасы |
Сылтама
Чжан С, Чжан Н, Жан З һ.б.Пиязда лампочка шешү һәм үсеш вакытында сукроз метаболизмасына транскрипт анализы (Allium cepa L.) [J].Antсемлек фәнендәге чикләр, 2016, 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425
