EKOLOJIA MICROBIAL
Ny fampitomboana ny fambolena dia mampihena ny fahasarotan'ny tambajotra mikraoba sy ny habetsahan'ny taxa fototra amin'ny fakany
Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Zava-nisongadina
ANitombo ny olana ny fampitomboana ny fambolena noho ny voka-dratsiny eo amin'ny tontolo iainana, anisan'izany ny tsy fahampian'ny otrikaina amin'ny fampiasana otrikaina, ny fandotoana ny rano, ny fahasimban'ny kalitaon'ny tany, sns.Ny vondrom-piarahamonina mikraoba dia mitana anjara toerana tena ilaina amin'ny famokarana sy ny faharetan'ny agroecosystem.Na izany aza, tsy fantatra mazava ny fiantraikan'ny rafi-pambolena samihafa amin'ny microbiota fakany.
Famolavolana andrana
fanandramana
SNy santionan'ny menaka sy faka (ADN) dia avy amin'ny tanimbary avy amin'ny tany fambolena fambolena 60 (20 tsirairay avy)
Grouping: 1. Fivoriambe (miaraka amin'ny tany);2. Fivoriambe (tsy misy tany);3. Tany fambolena organika
Spaikady fampitandremana: Fizarana amplicon lava lava (ITS)
PRimers: ITS1F-ITS4 (mikendry ny faritra ITS manontolo ~ 630 bp)
Ssehatra equencing: PacBio RS II
Bioinformatic Analysis
VOKATRA
On eo ho eo ny OTU 357 no fantatra isaky ny toerana ary ny fitambaran'ny OTU 837 amin'ireo toerana 60 rehetra.Ny fahasamihafan'ny alfa amin'ny vondrom-piarahamonina fakan-kazo dia tsy nahitana fahasamihafana lehibe teo amin'ny rafitra fambolena telo.Na izany aza, vondrona telo miavaka no niforona tamin'ny famakafakana ny fahasamihafan'ny beta, izay manondro ny fiantraikan'ny rafi-pambolena amin'ny firafitry ny vondrom-piarahamonina holatra.
Sary 1. Ny fahasamihafan'ny alfa (fanondroana Shannon sy ny firafitry ny vondrom-piarahamonina) ary ny famakafakana ny fahasamihafan'ny beta (famakafakana kanonika amin'ny fandrindrana fototra) momba ny vondrom-piarahamonina holatra
Ten keystone taxa dia nofaritana mifototra amin'ny tambazotran'ny vondrom-piarahamonina holatra amin'ny rafi-pambolena telo: node 10 ambony manana ambaratonga ambony indrindra, afovoany akaiky indrindra ary afovoany ambany indrindra no nofantenana.Ny fito amin'izy ireo dia an'ny baiko mycorrhizal.
Sary 2. Tambajotra ankapoben'ny vondrom-piarahamonina holatra amin'ny rafi-pambolena telo
FNy tambajotra manokana momba ny fitaovam-piadiana dia nanondro fifandraisana avo kokoa amin'ny tambajotra organika miaraka amin'ny sisiny avo roa heny sy ny node mifandray kokoa noho ny tambajotra tsy miasa sy mahazatra.Ambonin'izany, ny tambajotram-pambolena organika dia nanana taxa vato fototra (diamondra) kokoa raha oharina amin'ny ambiny, izay nanohana ny fahasarotana sy ny fifandraisany.
Sary 3. Tambajotra holatra miompana amin'ny rafi-pambolena
ANy fifandraisana ratsy mafy eo amin'ny hamafin'ny fambolena sy ny fifandraisana amin'ny tamba-jotra holatra dia hita.Ny famakafakana ala kisendrasendra dia naneho ny antony lehibe indrindra amin'ny takson'ny vato fototra: phosphor amin'ny tany, hakitroky betsaka, pH ary fanjanahana mycorrhizal.
Sary 4. Ny hamafin'ny fambolena sy ny fifandraisana amin'ny tambajotra amin'ny rafi-pambolena telo (A sy B);Famakafakana ala kisendrasendra(C) sy Fifandraisana eo amin'ny hamafin'ny fambolena sy ny fanjanahan'ny AMF (D)
TECHNOLOGY
Fitohizan'ny amplicon manontolo
ARehefa tonga eny amin'ny lampihazo ny “Sequence de génération fahatelo”, efa resy ny fetran'ny faritra lasibatra sy ny olana amin'ny fivoriambe de novo.Ny Pacific Bioscience (PacBio) dia nahomby tamin'ny fanitarana ny famakiana ny filaharana ho kilobase am-polony, izay ahafahantsika mahazo famakiana feno 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) amin'ny bakteria na 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) sy ITS faritra (400 bp-900 bp) amin'ny eukaryotika.Ny fomba fijery mivelatra amin'ny sehatry ny fototarazo dia nanatsara ny famahana ny fanondroana karazana sy ny fototarazo miasa.Ny olana efa ela be momba ny fahamarinan'ny fototra dia voavaha tamin'ny fanitsiana ny tenany PacBio CCS, izay miteraka famakiana HIFI miaraka amin'ny 99% ny famakiana marina.
Fampisehoana amin'ny fanamarihana OTU
TAmin'ny tombotsoan'ny famakiana lava sy ny fahaiza-manao avo lenta, ny fahamarinan'ny fanamarihana dia azo ampitomboina be ary mahatratra ny famahana ny "ambaratonga karazana" amin'ny famantarana mikraoba.
Reference
Banerjee, Samiran, et al."Ny fampitomboana ny fambolena dia mampihena ny fahasarotan'ny tambajotra mikraoba sy ny habetsahan'ny taxa fototra amin'ny fakany."Ny Journal ISME (2019).
Teknolojia sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ny fampiharana mahomby farany indrindra amin'ny teknolojia filaharana avo lenta amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany ary koa ny hevitra mamirapiratra amin'ny famolavolana andrana sy ny fitrandrahana angona.
Fotoana fandefasana: Jan-08-2022