Метагеномик эзләү-Нанопор
Хезмәтнең өстенлекләре
ØSpeciesгары сыйфатлы җыю-Төрләрне ачыклау һәм функциональ ген фаразлау төгәллеген арттыру
ØЯбык бактерияле геном изоляциясе
ØТөрле өлкәләрдә көчлерәк һәм ышанычлы куллану, мәсәлән, патогеник микроорганизмнарны яки антибиотик каршылыклы геннарны ачыклау
ØЧагыштырма метагеном анализы
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| ЭзләүПлатформа | Китапханә | Тәкъдим ителгән мәгълүмат бирү | Фаразланган әйләнү вакыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50К / 100К / 300К Тэглар | 30 көн |
Биоинформатика анализы
üЧимал мәгълүматларының сыйфатын контрольдә тоту
üМетагеном җыю
üКирәк булмаган ген җыелмасы һәм аннотация
üТөрлелек анализы
üГенетик функция төрлелеген анализлау
üТөркемара анализ
üЭксперименталь факторларга каршы ассоциация анализы
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirementsрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
ӨченДНК экстрактлары:
| Ampleрнәк төре | Күләм | Концентрация | Чисталык |
| ДНК экстрактлары | ＞ 30 нг | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2.5 |
Экологик үрнәкләр өчен:
| Ampleрнәк төре | Тәкъдим ителгән сайлау процедурасы |
| Туфрак | Сайлау күләме: якынча.5 г;Калган матдәләрне өслектән чыгарырга кирәк;Зур кисәкләрне тарттырыгыз һәм 2 мм фильтр аша узыгыз;Алтикот үрнәкләре стериль EP-трубада яки резервация өчен циротубта. |
| Зәңгәрлек | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта үрнәкләр җыеп аликот. |
| Эчәк эчтәлеге | Samрнәкләрне асептик шартларда эшкәртергә кирәк.Collectedыелган тукыманы ПБС белән юыгыз;ПБСны центрифугага салыгыз һәм EP-трубаларда явым-төшем туплагыз. |
| Чүп | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта балчык үрнәген җыеп аликот |
| Су кешесе | Чикләнгән су, кое суы һ.б кебек чикләнгән микробиаль үрнәк өчен ким дигәндә 1 Л су җыеп, мембранада микробиаль баету өчен 0,22 мм фильтр аша узыгыз.Мембрананы стериль трубада саклагыз. |
| Тере | Тере өслеген стериль мамык яки хирургик пычак белән яхшылап кырыгыз һәм аны стериль трубага урнаштырыгыз. |
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Сыек азоттагы үрнәкләрне 3-4 сәгатькә туңдырыгыз һәм сыек азотта яки -80 градуска озак саклагыз.Коры боз белән үрнәк җибәрү кирәк.
Хезмәт эше
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1. atылылык картасы: байлык кластеры
2.Функциональ геннар KEGG метаболик юлларына аңлатма бирәләр
3. Корреляция челтәре
4. КАРТ антибиотик каршылык геннары цирклары
BMK Case
Нанопор метагеномикасы бактерияләрнең түбән сулыш инфекциясенә тиз клиник диагностикалау мөмкинлеген бирә
Басылган:Табигать биотехнологиясе, 2019
Техник күренешләр
Эзләү: Nanopore MinION
Клиник метагеномика биоинформатика: ДНКның бетүе, WIMP һәм ARMA анализы
Тиз ачыклау: 6 сәгать
Sensгары сизгерлек: 96,6%
Төп нәтиҗәләр
2006 елда, түбән сулыш инфекциясе (LR) бөтен дөнья буенча 3 миллион кешенең үлеменә китерде.LR1 патогенын ачыклауның типик ысулы - начар сизгерлеккә ия, озак вакыт борылышлы һәм антибиотик терапиядә җитәкчелек җитмәгән культураны эшкәртү.Тиз һәм төгәл микробиаль диагностика күптәннән актуаль ихтыяҗ булып тора.Көнчыгыш Англия Университеты докторы Джастин һәм аның партнерлары патоген табу өчен Нанопорда метагеномик ысулны уңышлы эшләделәр.Аларның эш процессы буенча, ДНКның 99,99% бетергә мөмкин.Патогеннарны һәм антибиотикка каршы торучы геннарны ачыклау 6 сәгать эчендә тәмамланырга мөмкин.
Сылтама
Чаралампус, Т., Кей, Г.Л., Ричардсон, Х., Айдин, А., О'Гради Дж.(2019).Нанопор метагеномикасы бактерияләрнең түбән сулыш инфекциясенә тиз клиник диагностикалау мөмкинлеген бирә.Табигать биотехнологиясе, 37 (7), 1.
