Күпчелек сегрегант анализ
Хезмәтнең өстенлекләре
Такаги һ.б.,Завод журналы, 2013
ØТөгәл локализация: фон тавышын киметү өчен күпчелекне 30 + 30 - 200 + 200 кеше белән катнаштыру;синоним булмаган мутацияләр нигезендә кандидат өлкәсен фаразлау.
ØКомплекслы анализ: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG һ.б. кебек кандидатларның ген функциясен тирәнтен аңлату.
ØТизрәк әйләнү вакыты: 45 эш көне эчендә тиз ген локализациясе.
ØЗур тәҗрибә: БМК меңләгән үзенчәлекләрне локализацияләүдә үз өлешен кертте, культуралар, су продуктлары, урман, чәчәкләр, җимешләр һ.б.
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
Халык:
Каршы фенотиплар белән ата-аналар нәселен аеру.
мәсәлән, F2 токымы, Арткы кроссинг (б. э.
Катнаш бассейн
Сыйфатлы сыйфатлар өчен: 30 - 50 кеше (минимум 20) / күпчелек
Санлы тратис өчен: иң яхшы 5% - 10% шәхесләр, яисә бөтен халыкта экстремаль фенотиплар (минимум 30 + 30).
Тәкъдим ителгән эзлеклелек тирәнлеге
Ким дигәндә 20X / ата-аналар һәм 1X / токымлы шәхесләр (мәсәлән, 30 + 30 индивидуаль токымлы катнашу бассейны өчен, эзлеклелектә тирәнлек 30X булыр)
Биоинформатика анализы
üБөтен геном реквизенциясе
üМәгълүмат эшкәртү
üSNP / Индел шалтыраты
üКандидат өлкәсен тикшерү
üКандидат ген функциясе аннотациясе
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
| gDNA үрнәге | Кисем үрнәге |
| Концентрация: ng30 ng / μl | Tsсемлекләр: 1-2 г. |
| Күләм: ≥2 μг (Том ≥15 μл) | Хайваннар: 0,5-1 г. |
| Чисталык: OD260 / 280 = 1,6-2.5 | Бөтен кан: 1,5 мл |
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1. Кандидат өлкәсен ачыклау өчен Евклид дистанциясендә ассоциация анализ базасы.Киләсе рәсемдә
X күчәре: Хромосома саны;Eachәр нокта SNPның ED кыйммәтен күрсәтә.Кара сызык урнаштырылган ED кыйммәтенә туры килә.EDгары ED бәясе сайт белән фенотип арасында мөһимрәк ассоциацияне күрсәтә.Кызыл сызык сызыгы мөһим ассоциация бусагасын күрсәтә.
2. SNP-индексы булмаган ассоциация анализы
X күчәре: Хромосома саны;Eachәр нокта SNP-индекс кыйммәтен күрсәтә.Кара сызык SNP-индекс бәясен урнаштыра.Кыйммәт никадәр зур булса, ассоциация шулкадәр мөһим.
BMK Case
Fnl7.1 төп эффектлы санлы үзенчәлек локусы кыярда җимеш муен озынлыгы белән бәйле булган эмбриогенезның мул протеинын кодлый.
Басылган: Antсемлек биотехнологиясе журналы, 2020
Эзләү стратегиясе:
Ата-аналар (Jin5-508, YN): 34 × һәм 20 for өчен бөтен геном реквизенциясе.
ДНК бассейннары (50 Озын муенлы һәм 50 кыска муенлы): 61 × һәм 52 for өчен реквизиция
Төп нәтиҗәләр
Бу тикшеренүдә халыкны аеру (F2 һәм F2: 3) озын муенлы кыяр сызыгы Jin5-508 һәм кыска муенлы YN аша барлыкка килде.Ике ДНК бассейны 50 экстремаль озын муенлы һәм 50 экстремаль кыска муенлы кеше тарафыннан төзелгән.Төп эффект QTL Chr07 буенча BSA анализы һәм традицион QTL картасы белән билгеләнде.Кандидат өлкәсе нечкә картография, ген экспрессиясе күләме һәм трансгеник экспериментлар ярдәмендә кыскарды, бу муен озынлыгын контрольдә тоту өчен төп генны ачты, CsFnl7.1.Моннан тыш, CsFnl7.1 промоутер өлкәсендә полиморфизм тиешле белдерү белән бәйләнгән дип табылды.Алга таба филогенетик анализ Fnl7.1 бүлегенең Indiaиндстаннан килеп чыгу ихтималын күрсәтте.
 Кыяр муен озынлыгы белән бәйле кандидат өлкәсен ачыклау өчен BSA анализында QTL-картасы |  Chr07-да билгеләнгән кыяр муен озынлыгында QODL LOD профильләре |
Сю, X., һ.б."Fnl7.1 төп эффектлы санлы үзенчәлек локусы кыярда җимеш муен озынлыгы белән бәйле булган эмбриогенезның күп протеинын кодлый."7семлек биотехнологиясе журналы 18.7 (2020).
