EKOLOGY MICROBIAL
Imudara iṣẹ-ogbin dinku idiju nẹtiwọọki makirobia ati opo ti taxa keystone ninu awọn gbongbo
Kikun-ipari Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Awọn ifojusi
AImudara iṣẹ-ogbin ti di iṣoro ti o pọ si nitori awọn ipa ayika ti o buruju pẹlu ṣiṣe ṣiṣe ti ko dara ti ounjẹ, eutrophiation omi goundwater, ibajẹ ti didara ile, bblAgbegbe makirobia ṣe ipa pataki ninu iṣelọpọ ati iduroṣinṣin ti agroecosystem.Sibẹsibẹ, o jẹ kuku koyewa pe bii awọn ọna ṣiṣe agbe ti o yatọ ṣe ni ipa lori microbiota root.
Apẹrẹ adanwo
Awọn idanwo
Sepo ati root (DNA) awọn ayẹwo jẹ lati awọn aaye alikama lati ilẹ oko 60 (20 kọọkan)
Grouping: 1. Adehun (pẹlu tillage);2. Adehun (ko si-tillage);3. Organic oko
SIlana equencing: Ampili ti o ni gigun ni kikun (ITS)
PRimers: ITS1F-ITS4 (ifojusi gbogbo agbegbe ITS ~ 630 bp)
Sequencing Syeed: PacBio RS II
Bioinformatic Analysis
Esi
On apapọ 357 OTU ti a damo fun ojula ati apapọ 837 OTU ti gbogbo 60 ojula.Oniruuru Alpha ti awọn agbegbe olu gbongbo ko ṣe afihan iyatọ nla laarin eto agbe mẹta.Bibẹẹkọ, awọn iṣupọ ọtọtọ mẹta ni a ṣẹda ni itupalẹ oniruuru beta, nfihan awọn ipa to lagbara ti eto agbe lori eto agbegbe olu gbongbo.
Nọmba 1. Oniruuru Alpha (Atọka Shannon ati akopọ agbegbe) ati itupalẹ oniruuru beta (itupalẹ ilana ti awọn ipoidojuko akọkọ) lori awọn agbegbe olu gbongbo.
Ten keystone taxa won telẹ da lori ìwò nẹtiwọki ti olu agbegbe kọja mẹta ogbin eto: oke 10 apa pẹlu ga ìyí, ga closeness centrality ati ni asuwon ti laarin laarin awọn aarin ti a ti yan.Meje ninu wọn jẹ ti awọn aṣẹ mycorrhizal.
Nọmba 2. Nẹtiwọọki apapọ lori awọn agbegbe olu gbongbo ti awọn eto ogbin mẹta
Fihamọra-eto awọn nẹtiwọọki kan pato tọka si Asopọmọra ti o ga pupọ ni nẹtiwọọki Organic pẹlu awọn egbegbe lẹmeji diẹ sii ati awọn apa asopọ diẹ sii ju ti kii-till ati nẹtiwọọki aṣa.Pẹlupẹlu, nẹtiwọọki ogbin Organic ni aabo pupọ diẹ sii taxa keystone (diamond) ni akawe si iyoku, eyiti o ṣe atilẹyin idiju ati isopọmọ rẹ.
olusin 3. Ogbin eto-kan pato root olu nẹtiwọki
AAsopọ odi ti o lagbara laarin kikankikan ogbin ati asopọ nẹtiwọọki olu root ni a ṣe akiyesi.Itupalẹ igbo laileto ṣafihan awọn awakọ akọkọ ti taxa keystone: irawọ owurọ ile, iwuwo olopobobo, pH ati imunisin mycorrhizal.
Ṣe nọmba 4. Agbara ogbin ati asopọ nẹtiwọki kọja awọn ọna ṣiṣe agbe mẹta (A ati B);Itupalẹ igbo ID (C) ati Ibasepo laarin kikankikan ogbin ati imunisin AMF (D)
Imọ ọna ẹrọ
Ampili ti o ni kikun ipari
As "Ibi-ara Kẹta Sequencing" ti nbọ si ipele, awọn idiwọn ni awọn agbegbe ti a fojusi ati awọn iṣoro ni apejọ de novo ti bori.Pacific Bioscience (PacBio) ti ni aṣeyọri faagun kika awọn ilana si awọn mewa ti kilobases, eyiti o gba wa laaye lati gba awọn kika ipari gigun ti 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) ninu kokoro arun tabi 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) ati ITS awọn agbegbe (400 bp-900 bp) ni eukaryotics.Wiwo ti o gbooro ti aaye jiini ṣe alekun ipinnu ti asọye eya ati awọn Jiini iṣẹ.Ọrọ ti o ni ifiyesi gigun lori iṣedede ipilẹ ni a ti yanju nipasẹ atunṣe ara-ẹni PacBio CCS, eyiti o ṣe agbekalẹ awọn kika HIFI pẹlu deede kika 99%.
Iṣe ni akọsilẹ OTU
Tawọn anfani ti awọn kika kika gigun ati giga-giga, išedede ti akọsilẹ le pọsi ni iyalẹnu ati iyọrisi ipinnu “awọn iru-ipele” ipinnu ni idanimọ makirobia.
Itọkasi
Banerjee, Samiran, et al.“Imudara iṣẹ-ogbin dinku idiju nẹtiwọọki makirobia ati opo ti taxa bọtini ni awọn gbongbo.”Iwe akọọlẹ ISME (2019).
Tekinoloji ati Ifojusi ṣe ifọkansi ni pinpin ohun elo aṣeyọri aipẹ julọ ti awọn oriṣiriṣi awọn imọ-ẹrọ ipasẹ ọna giga ni ọpọlọpọ awọn aaye iwadii ati awọn imọran didan ni apẹrẹ idanwo ati iwakusa data.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-08-2022