ລະບົບນິເວດຈຸລິນຊີ
ການກະສິກໍາທີ່ເຂັ້ມແຂງຫຼຸດຜ່ອນຄວາມສັບສົນຂອງເຄືອຂ່າຍຈຸລິນຊີແລະອຸດົມສົມບູນຂອງ keystone taxa ໃນຮາກ
ລຳດັບ Amplicon ເຕັມຄວາມຍາວ (ITS) |PacBio HIFI
ຈຸດເດັ່ນ
Aການຫັນເປັນກະສິກຳນັບມື້ນັບມີບັນຫາຍ້ອນຜົນກະທົບທາງລົບຕໍ່ສິ່ງແວດລ້ອມ ລວມທັງປະສິດທິພາບການນຳໃຊ້ທາດອາຫານທີ່ບໍ່ດີ, ການລະບາຍນ້ຳໃນໜ້າດິນ, ການເຊື່ອມໂຊມຂອງຄຸນນະພາບຂອງດິນ ແລະ ອື່ນໆ. ລະບົບການປູກຝັງທາງເລືອກລວມທັງການປູກຝັງແບບບໍ່ປູກຝັງ ແລະ ກະສິກຳປອດສານພິດໄດ້ຖືກນຳໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຄວາມເສຍຫາຍ.ຊຸມຊົນຈຸລິນຊີມີບົດບາດທີ່ຂາດບໍ່ໄດ້ໃນການຜະລິດ ແລະ ຄວາມຍືນຍົງຂອງລະບົບນິເວດກະສິກຳ.ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມັນຍັງບໍ່ຊັດເຈນວ່າລະບົບກະສິກໍາທີ່ແຕກຕ່າງກັນມີຜົນກະທົບຕໍ່ microbiota ຮາກແນວໃດ.
ການອອກແບບທົດລອງ
ການທົດລອງ
Sຕົວຢ່າງນ້ຳມັນ ແລະ ຮາກ (DNA) ແມ່ນມາຈາກທົ່ງສາລີຈາກສວນກະເສດ 60 ແຫ່ງ (ແຕ່ລະບ່ອນ 20)
Grouping: 1. ສົນທິສັນຍາ (ມີ tillage);2. ສົນທິສັນຍາ (ຫ້າມປູກຝັງ);3. ທີ່ດິນກະສິກຳອິນຊີ
Sຍຸດທະສາດການຈັດລຽງລຳດັບ: ລຳດັບ amplicon ເຕັມຄວາມຍາວ (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (ກໍານົດເປົ້າຫມາຍຂອງພາກພື້ນ ITS ທັງຫມົດ ~ 630 bp)
Sເວທີການຮຽງລໍາດັບ: PacBio RS II
ການວິເຄາະທາງຊີວະພາບ
ຜົນໄດ້ຮັບ
On ໂດຍສະເລ່ຍຂອງ 357 OTUs ໄດ້ຖືກລະບຸຕໍ່ສະຖານທີ່ແລະຈໍານວນທັງຫມົດ 837 OTU ຂອງທັງຫມົດ 60 ສະຖານທີ່.ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາຂອງຊຸມຊົນເຊື້ອເຫັດຮາກບໍ່ໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ສໍາຄັນລະຫວ່າງສາມລະບົບກະສິກໍາ.ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ສາມກຸ່ມທີ່ແຕກຕ່າງກັນໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນໃນການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ, ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຜົນກະທົບທີ່ເຂັ້ມແຂງຂອງລະບົບກະສິກໍາຕໍ່ໂຄງສ້າງຊຸມຊົນທີ່ມີເຊື້ອເຫັດ.
ຮູບທີ 1. ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Alpha (ດັດຊະນີ Shannon ແລະອົງປະກອບຂອງຊຸມຊົນ ) ແລະການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ (ການວິເຄາະ canonical ຂອງການປະສານງານຕົ້ນຕໍ) ກ່ຽວກັບຊຸມຊົນເຊື້ອເຫັດຮາກ.
Ten keystone taxa ໄດ້ຖືກກໍານົດໂດຍອີງໃສ່ເຄືອຂ່າຍລວມຂອງຊຸມຊົນເຊື້ອເຫັດໃນທົ່ວສາມລະບົບກະສິກໍາ: 10 ສູງສຸດທີ່ມີລະດັບສູງສຸດ, ສູນກາງຄວາມໃກ້ຊິດສູງສຸດແລະສູນກາງລະຫວ່າງຕ່ໍາສຸດໄດ້ຖືກຄັດເລືອກ.ເຈັດຂອງພວກເຂົາເປັນຄໍາສັ່ງ mycorrhizal.
ຮູບທີ 2. ເຄືອຂ່າຍລວມຂອງຊຸມຊົນທີ່ມີເຊື້ອເຫັດຂອງສາມລະບົບກະສິກຳ
Fເຄືອຂ່າຍສະເພາະຂອງລະບົບ arming-system ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງການເຊື່ອມຕໍ່ທີ່ສູງຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນເຄືອຂ່າຍອິນຊີທີ່ມີຂອບຫຼາຍກວ່າສອງເທົ່າ ແລະ nodes ເຊື່ອມຕໍ່ຫຼາຍກວ່າ no-till ແລະເຄືອຂ່າຍທໍາມະດາ.ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ເຄືອຂ່າຍກະສິກຳປອດສານພິດໄດ້ເກັບກຳຂໍ້ມູນເພີ່ມຂຶ້ນຫຼາຍກວ່າທີ່ສຸດ (ເພັດ) ເມື່ອທຽບໃສ່ສິ່ງທີ່ເຫຼືອ, ເຊິ່ງສະຫນັບສະຫນູນຄວາມສັບສົນແລະການເຊື່ອມຕໍ່ຂອງຕົນ.
ຮູບທີ 3. ເຄືອຂ່າຍເຊື້ອເຫັດຮາກຕາມລະບົບການປູກຝັງ
Aການພົວພັນທາງລົບທີ່ເຂັ້ມແຂງລະຫວ່າງຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງກະສິກໍາແລະການເຊື່ອມຕໍ່ເຄືອຂ່າຍເຊື້ອເຫັດຮາກໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນ.ການວິເຄາະປ່າໄມ້ແບບສຸ່ມໄດ້ເປີດເຜີຍຕົວຂັບເຄື່ອນຕົ້ນຕໍຂອງ keystone taxa: phosphorus ຂອງດິນ, ຄວາມຫນາແຫນ້ນ, pH ແລະ mycorrhizal colonization.
ຮູບທີ 4. ຄວາມເຂັ້ມງວດທາງດ້ານກະສິກໍາ ແລະ ການເຊື່ອມຕໍ່ເຄືອຂ່າຍໃນທົ່ວສາມລະບົບກະສິກໍາ (A ແລະ B);ການວິເຄາະປ່າໄມ້ແບບສຸ່ມ (C) ແລະຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງກະສິກໍາແລະການເປັນອານານິຄົມ AMF (D)
ເຕັກໂນໂລຊີ
ລຳດັບ amplicon ເຕັມຄວາມຍາວ
A"ການຈັດລໍາດັບຮຸ່ນທີສາມ" ມາຮອດເວທີ, ຂໍ້ຈໍາກັດໃນພາກພື້ນເປົ້າຫມາຍແລະບັນຫາໃນການຊຸມນຸມ de novo ໄດ້ຖືກເອົາຊະນະ.Pacific Bioscience (PacBio) ໄດ້ສຳເລັດການຂະຫຍາຍການອ່ານລຳດັບໄປເປັນຫຼາຍສິບກິໂລຖານ, ເຊິ່ງຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາໄດ້ຮັບການອ່ານເຕັມຄວາມຍາວຂອງ 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) ໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ຫຼື 18S rRNA (1,500 bp-2,000) ແລະ 1,500 bp-2,000. ພາກພື້ນ (400 bp-900 bp) ໃນ eukaryotics.ທັດສະນະທີ່ກວ້າງຂວາງຂອງພາກສະຫນາມພັນທຸກໍາໄດ້ປັບປຸງຄວາມລະອຽດຂອງຄໍາບັນຍາຍຂອງຊະນິດພັນແລະພັນທຸກໍາທີ່ມີປະໂຫຍດຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ.ບັນຫາຄວາມກັງວົນທີ່ຍາວນານກ່ຽວກັບຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງພື້ນຖານໄດ້ຖືກແກ້ໄຂໂດຍ PacBio CCS ການແກ້ໄຂດ້ວຍຕົນເອງ, ເຊິ່ງສ້າງການອ່ານ HIFI ດ້ວຍຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງການອ່ານຫຼາຍກວ່າ 99%.
ປະສິດທິພາບໃນ OTU annotation
Tໂດຍໄດ້ຮັບຂໍ້ໄດ້ປຽບຂອງທັງການອ່ານຍາວແລະການສົ່ງຂໍ້ມູນສູງ, ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຄໍາບັນຍາຍສາມາດເພີ່ມຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍແລະບັນລຸຄວາມລະອຽດ "ລະດັບຊະນິດ" ໃນການກໍານົດຈຸລິນຊີ.
ອ້າງອິງ
Banerjee, Samiran, et al."ການຊຸກຍູ້ການກະສິກໍາຫຼຸດຜ່ອນຄວາມສັບສົນຂອງເຄືອຂ່າຍຈຸລິນຊີແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງ keystone taxa ໃນຮາກ."ວາລະສານ ISME (2019).
ເທັກໂນໂລຍີ ແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນການ ນຳ ໃຊ້ທີ່ປະສົບຜົນ ສຳ ເລັດໃນມໍ່ໆນີ້ຂອງເຕັກໂນໂລຢີການຈັດລໍາດັບທີ່ມີລະດັບສູງທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນສະ ໜາມ ການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆເຊັ່ນດຽວກັນກັບແນວຄວາມຄິດທີ່ສະຫຼາດໃນການອອກແບບທົດລອງແລະການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນ.
ເວລາປະກາດ: 08-08-2022