مائڪروبيل ايڪولوجي
زرعي شدت کي گھٽائي ٿو مائڪروبيل نيٽورڪ پيچيدگي ۽ جڙڙن ۾ ڪيسٽون ٽيڪسا جي گهڻائي
مڪمل ڊگھائي ايمپليڪون سيڪوئنسنگ (ITS) |PacBio HIFI
نمايان
Aزراعت جي شدت ان جي خراب ماحولياتي اثرن جي ڪري وڌيڪ مسئلو بڻجي وئي آهي جنهن ۾ ناقص غذائيت جي استعمال جي ڪارڪردگي، گائونڊ واٽر eutrophiation، مٽي جي معيار جي خراب ٿيڻ، وغيره. نقصان کي گهٽائڻ لاء متبادل فارمنگ سسٽم شامل آهن، بي-ٽيل ۽ نامياتي فارمنگ وڏي پيماني تي اختيار ڪيا ويا آهن.مائڪروبيل ڪميونٽي زرعي نظام جي پيداوار ۽ استحڪام ۾ هڪ لازمي ڪردار ادا ڪري ٿي.بهرحال، اهو بلڪل واضح ناهي ته ڪئين مختلف فارمنگ سسٽم روٽ مائڪروبيوٽا کي متاثر ڪن ٿا.
تجرباتي ڊيزائن
تجربا
Sتيل ۽ روٽ (DNA) جا نمونا ڪڻڪ جي ٻنيءَ مان 60 زرعي زمينن مان هئا (20 هر هڪ)
Grouping: 1. Convention (with tilage);2. ڪنوينشن (نه پوک)؛3. نامياتي زرعي زمين
Sبرابري واري حڪمت عملي: مڪمل ڊگھائي ايمپليڪن ترتيب (ITS)
Pريمرز: ITS1F-ITS4 (سڄي ITS علائقي کي ھدف ڪرڻ ~ 630 bp)
Sequencing پليٽ فارم: PacBio RS II
بايو انفارميٽڪ تجزيو
نتيجا
On سراسري طور 357 OTUs جي سڃاڻپ ڪئي وئي في سائيٽ ۽ مجموعي طور تي 837 OTUs سڀني 60 سائيٽن مان.روٽ فنگل برادرين جي الفا تنوع ٽن فارمنگ سسٽم ۾ خاص فرق نه ڏيکاريندي هئي.تنهن هوندي به، بيٽا تنوع جي تجزيي ۾ ٽي الڳ ڪلستر ٺاهيا ويا، جن مان ظاهر ٿئي ٿو ته زراعت جي نظام جي روٽ فنگل ڪميونٽي جي جوڙجڪ تي مضبوط اثر.
شڪل 1. الفا تنوع (شينن انڊيڪس ۽ ڪميونٽي جوڙ) ۽ بيٽا تنوع تجزيي (پرنسپل ڪوآرڊينيٽس جو ڪننيڪل تجزيو) روٽ فنگل برادرين تي
Ten Keystone taxa جي وضاحت ڪئي وئي فنگس برادرين جي مجموعي نيٽ ورڪ جي بنياد تي ٽن فارمنگ سسٽم ۾: مٿين 10 نوڊس سان اعلي درجي، سڀ کان وڌيڪ ويجهي مرڪزيت ۽ گهٽ ۾ گهٽ وچولي مرڪزيت کي چونڊيو ويو.انهن مان ستن جو تعلق ميرڪوريزل آرڊر سان هو.
شڪل 2. ٽن فارمنگ سسٽم جي روٽ فنگل برادرين تي مجموعي نيٽ ورڪ
Fآرمنگ-سسٽم مخصوص نيٽ ورڪ نامياتي نيٽ ورڪ ۾ ٻه ڀيرا وڌيڪ ڪنارن سان ۽ وڌيڪ ڳنڍيل نوڊس جي ڀيٽ ۾ نه-ٽيل ۽ روايتي نيٽ ورڪ جي ڀيٽ ۾ گهڻو وڌيڪ رابطي جو اشارو ڪيو.ان کان علاوه، نامياتي فارمنگ نيٽ ورڪ باقي جي ڀيٽ ۾ تمام گهڻو وڌيڪ ڪيسٽون ٽيڪسا (هيرا) کي محفوظ ڪيو، جيڪو ان جي پيچيدگي ۽ رابطي جي حمايت ڪئي.
شڪل 3. فارمنگ سسٽم-مخصوص روٽ فنگل نيٽ ورڪ
Aزرعي شدت ۽ روٽ فنگل نيٽ ورڪ رابطي جي وچ ۾ مضبوط منفي ايسوسيئيشن ڏٺو ويو.بي ترتيب جنگل جي تجزيي کي ظاهر ڪيو ويو آهي مکيه ڊرائيور ڪيسٽون ٽيڪسا: مٽي فاسفورس، بلڪ ڊينسٽي، پي ايڇ ۽ ميڪوريزل ڪالونائيزيشن.
شڪل 4. زراعت جي شدت ۽ نيٽ ورڪ رابطي ٽن فارمنگ سسٽم (A ۽ B) ۾؛بي ترتيب ٻيلو تجزيو (سي) ۽ زرعي شدت ۽ AMF نوآبادياتي (ڊي) جي وچ ۾ تعلق
ٽيڪنالاجي
مڪمل ڊگھائي ايمپليڪن جي ترتيب
As ”ٽي جنريشن سيڪوئنسنگ“ اسٽيج تي اچي رهيو آهي، حدف ٿيل علائقن ۾ حدون ۽ ڊي نوو اسيمبليءَ ۾ مشڪلاتون دور ٿي ويون آهن.Pacific Bioscience (PacBio) ڪاميابيءَ سان ترتيبن جي پڙھڻ کي ڏھن ڪلو بيس تائين وڌايو آھي، جيڪي اسان کي بيڪٽيريا ۾ 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) يا 18S rRNA (1,500 bp-2) ۽ 1,500 bp-2000 بي پي جي مڪمل ڊگھائي پڙھڻ جي اجازت ڏين ٿا. علائقا (400 bp-900 bp) eukaryotics ۾.جينياتي فيلڊ جي وسيع نظر کي نسلن جي تشريح ۽ فنڪشنل جين جي قرارداد کي تمام گهڻو وڌايو.بنيادي درستگي تي ڊگهو لاڳاپيل مسئلو PacBio CCS خود سڌاري ذريعي حل ڪيو ويو آهي، جيڪو HIFI پڙهي ٿو 99٪ کان وڌيڪ پڙهڻ جي درستگي سان.
OTU تشريح ۾ ڪارڪردگي
Tٻنهي ڊگھي پڙهڻ ۽ اعليٰ ذريعي جي فائدن کي حاصل ڪندي، تشريح جي درستگي کي ڊرامائي طور تي وڌائي سگھجي ٿو ۽ مائڪروبيل شناخت ۾ ”اسپيسيز-سطح“ ريزوليوشن حاصل ڪري سگھجي ٿو.
حوالو
بنرجي، سميران، وغيره."زرعي شدت کي گھٽائي ٿو مائڪروبيل نيٽورڪ پيچيدگي ۽ جڙڙن ۾ ڪيسٽون ٽيڪسا جي گهڻائي."ISME جرنل (2019).
ٽيڪنالاجي ۽ نمايان مختلف ريسرچ ميدان ۾ مختلف اعليٰ ذريعي جي ترتيب واري ٽيڪنالاجيز جي تمام تازي ڪامياب ايپليڪيشن کي شيئر ڪرڻ ۽ تجرباتي ڊيزائن ۽ ڊيٽا مائننگ ۾ شاندار خيالن جي حصيداري ڪرڻ جو مقصد آهي.
پوسٽ ٽائيم: جنوري-08-2022