MICROBIALIS ECOLOGIA
Intensio agriculturae reducit complexionem retis microbialem et abundantiam taxae in radicibus
Amplicon Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Quisque ornare
Aintensio griculturalis magis magisque problematica facta est propter adversas circumscriptiones suas inclusas efficientiam nutrimenti-usum pauperum, goundorum eutrophiationem, deiectionem soli qualitatis, etc. Systemata rustica alterna quae possidet non-donec et organica agricultura late recepta sunt ad nocumentum reducendum.Communitas Microbialis pernecessaria munus gerit in fructibus et sustinendis agroecosystematis.Sed magis obscurum est quomodo systemata agriculturae varia microbiota radicem afficiat.
Design Experimentalis
Experimenta
Soleum et radix (DNA) exempla erant ex agris triticeis ex 60 arvis agriculturae (20 each)
Grouping: 1. Monasterium (cum novalibus);2. Monasterium (ne-cullage) ;3. Organicum arvum
Sevencing consili: Plena longitudo amplicon sequencing (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (targeting the whole its region ~630 bp)
Ssuggestum exprimens: PacBio RS II
Bioinformatic Analysis
Proventus
On mediocris inter 357 OTUs per situs signata sunt et summa 837 OTUs omnium 60 situum.Alpha diversitas communitatum radicum fungalorum non significans differentiam inter tres systematis agriculturae ostendebat.Attamen tres racemi distincti in analysi betae diversitatis formatae sunt, significantes validos effectus agriculturae systematis in structura communitatis radicis fungalis.
Figura 1. Alpha diversitas (Shannon index et compositio communitatis) et beta analysis diversitas (analysis canonicae coordinatarum principalium) in communitatibus radicibus fungalis.
Ten taxa angularis definita sunt in altiore retis communitatum fungalalium trans tres systematis agriculturae: suprema 10 nodi summa cum gradu, summa propinquitas centralis et infima inter praecipuum medium delecti sunt.Septem illorum ordines mycorrhizales pertinebant.
Figura 2. Super retiacula in radix fungalis communitates trium systemata agriculturae
Farmatura retiacula specifica indicaverunt connectivity aliquantum altiores in retis organicis cum bis marginibus et nodis magis connexis quam retis nullo modo et conventionali.Praeterea, network organici agriculturae multo magis angularis taxa(ias) receptacula ceteris comparata, quae eius complexionem et connexionem sustinebat.
Figure 3. Rustica ratio specialium radix fungal retiacula
Avalida consociatio negativa inter intensionem agriculturae et retis fungali radix connectivity observata est.Analysis silvae passim revelatae sunt principales agitatores taxae lapideae: phosphori soli, densitatis mole, pH et coloniae mycorrhizales.
Figure 4. Agriculture intensio et retis connectivity trans tria systemata agricultura (A et B);Random analysis silvae (C) et Relatio inter intensionem agriculturae et coloniam AMF (D)
Technology
Plena longitudo amplicon sequencing
As "Tertia generatio Sequencing" in scenam veniens, limitationes in regionibus iaculis et molestiis in de novo conventu superati sunt.Pacificus Bioscience (PacBio) feliciter legendam sequentiarum ad decem chiliobases extendit, quae nobis permittit ut plenam longitudinis lectionem 16s rRNA obtinere (1,000 bp-1,500 bp) in bacteria vel 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) et EJUS regiones (400 bp-900 bp) in eukaryoticis.Lata visio campi genetici resolutionem speciei annotationis et generum functionis valde auxit.Longa quaestio quaestionis de basi accurationis solutum est a PacBio CCS correctione propria, quae HIFI generantia cum accuratione 99% legit.
Euismod in OTU annotation
Tcommoda utriusque temporis longi perlegi et alto throughput agendo, subtiliter annotationis dramatically augeri et consequi resolutionem "species-gradus" in identitate microbiali potest.
Reference
Banerjee, Samiran, et al."Intensio agriculturae reducit complexionem retis microbialem et abundantiam taxae angularis in radicibus."ISME Acta (2019).
Tech et volutpat intendit communicare recentissimas prosperos applicationes diversorum summus perputans technologias in varia reseach arena, necnon notiones egregie in consilio experimentali et fodiendarum notitiarum.
Post tempus: Jan-08-2022