MIKROBIAL EKOLOGI .A
Oba hojalygyny güýçlendirmek mikrob torunyň çylşyrymlylygyny we kökdäki açar taksanyň bollygyny peseldýär
Doly uzynlykdaky Amplikon yzygiderliligi (ITS) |PacBio HIFI
Iň esasy pursatlar
Aekerançylyga zyýanly täsir etmek, ýerasty suwlaryň ewtrofiýasy, topragyň hiliniň peselmegi we ş.m. ýaly daşky gurşawa ýaramaz täsirleri sebäpli ekerançylygyň güýçlenmegi barha kynlaşýar.Mikrob jemgyýeti agroekosistemanyň öndürijiliginde we dowamlylygynda aýrylmaz rol oýnaýar.Şeýle-de bolsa, dürli ekerançylyk ulgamlarynyň kök mikrobiotasyna nähili täsir edýändigi düşnüksiz.
Synag dizaýny
Synaglar
Sýag we kök (DNK) nusgalary 60 oba hojalygynyň ekin meýdanlaryndan bugdaý meýdanlaryndan (hersi 20)
Gaýlaw: 1. Konwensiýa (ekin meýdanlary bilen);2. Konwensiýa (ekin meýdanlary ýok);3. Organiki ekerançylyk ýerleri
Sdeňleme strategiýasy: Doly uzynlykdaky amplikon yzygiderliligi (ITS)
Pçapyksuwarlar: ITS1F-ITS4 (tutuş ITS sebitini nyşana alýar ~ 630 bp)
Sdeňleme platformasy: PacBio RS II
Bioinformatiki derňew
Netijeler
On bir saýtda ortaça 357 OTU we 60 sahypanyň jemi 837 OTU kesgitlenildi.Kök kömelek jemgyýetleriniň alfa dürlüligi üç ekerançylyk ulgamynyň arasynda düýpli tapawudy görkezmeýärdi.Şeýle-de bolsa, beta dürlüligiň derňewinde üç dürli topar döredilip, ekerançylyk ulgamynyň kök kömelek jemgyýetiniň gurluşyna güýçli täsirini görkezýär.
Surat 1. Alfa dürlüligi (Şannon indeksi we jemgyýetiň düzümi) we kök kömelek jemgyýetlerinde beta dürlüligiň derňewi (esasy koordinatlaryň kanoniki derňewi)
Ten açar taksa üç ekerançylyk ulgamyndaky kömelek jemgyýetleriniň umumy ulgamyna esaslanyp kesgitlenildi: iň ýokary dereje, iň ýakynlyk merkezi we iň pes aralyk merkezi iň gowy 10 düwün saýlandy.Olaryň ýedisi mikrohizal sargytlaryna degişlidir.
Surat 2. Üç ekerançylyk ulgamynyň kök kömelek jemgyýetlerinde umumy ulgam
Fýaraglandyryş ulgamynyň aýratyn ulgamlary organiki torda iki esse gyrasy we birleşdirilen düwünleri bilen işlemeýän we adaty tora garanyňda has ýokary baglanyşygy görkezýär.Mundan başga-da, organiki ekerançylyk ulgamy, çylşyrymlylygyny we baglanyşygyny goldaýan galanlar bilen deňeşdirilende has möhüm taksa (göwher) saklaýar.
Surat 3. Ekerançylyk ulgamyna mahsus kök kömelek torlary
AOba hojalygynyň intensiwligi bilen kök kömelek torunyň baglanyşygynyň arasynda güýçli negatiw birleşme hasaba alyndy.Tötänleýin tokaý derňewi, esasy daş taksasynyň esasy hereketlendirijilerini ýüze çykardy: toprak fosfor, köp dykyzlyk, pH we mikrohizal kolonizasiýa.
Surat 4. Üç ekerançylyk ulgamy (A we B) boýunça oba hojalygynyň intensiwligi we tor baglanyşygy;Tötänleýin tokaý derňewi (C) we oba hojalygynyň intensiwligi bilen AMF kolonizasiýasynyň arasyndaky baglanyşyk (D)
Tehnologiýa
Doly uzynlykdaky amplikon yzygiderliligi
A“Üçünji nesil yzygiderliligi” sahna çykýar, maksatly sebitlerdäki çäklendirmeler we täze ýygnakda ýüze çykýan kynçylyklar ýeňildi.Pacific Bioscience (PacBio) yzygiderliligi okamagy onlarça kilobaza çenli üstünlikli giňeltdi, bu bolsa bakteriýalarda ýa-da 18S rRNA (1500 bp-2000 bp) we ITS-de 16s rRNA (1000 bp-1500 bp) doly okamaga mümkinçilik berýär. eukariotikada sebitler (400 bp-900 bp).Genetiki meýdanyň giň görnüşi görnüşleriň düşündirişiniň we funksional genleriň çözgüdini ep-esli ýokarlandyrdy.Esasy takyklyk barada köpden bäri aladalanýan mesele, 99% -den gowrak okalýan takyklyk bilen HIFI okalmagyny döredýän PacBio CCS öz-özüni düzetmek arkaly çözüldi.
OTU düşündirişindäki çykyş
TUzyn okalýan we ýokary okalýan artykmaçlyklardan peýdalanyp, düşündirişiň takyklygy ep-esli ýokarlandyrylyp, mikroblary kesgitlemekde “görnüşler derejesine” ýetip bolýar.
Salgylanma
Banerji, Samiran we ş.m."Oba hojalygyny güýçlendirmek, mikrob ulgamynyň çylşyrymlylygyny we kökdäki taksa taksasynyň bollygyny peseldýär."ISME Journalurnaly (2019).
Tehnologiýa we esasy pursatlar Dürli gözleg meýdançasynda dürli ýokary geçişli yzygiderli tehnologiýalaryň iň üstünlikli ulanylyşyny, şeýle hem eksperimental dizaýnda we maglumatlary gazyp almakda ajaýyp pikirleri paýlaşmagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-08-2022