EKOLOGI MIKROBYEN
Entansifikasyon agrikòl diminye konpleksite rezo mikwòb ak abondans takso kle nan rasin yo
Full-length Amplicon Sequencing (ITS) |PacBio HIFI
Pwen esansyèl
Aentansifikasyon agrikiltirèl te vin de pli zan pli pwoblèm akòz efè negatif anviwònman li yo ki gen ladan move efikasite nan itilizasyon eleman nitritif, etwofyasyon dlo anba tè, degradasyon nan bon jan kalite tè, elatriye. Sistèm agrikilti altènatif ki gen ladan agrikilti san lakou ak agrikilti òganik yo te lajman adopte pou diminye mal la.Kominote mikwòb jwe yon wòl endispansab nan pwodiktivite ak dirab agroekosistèm.Sepandan, li pito klè ki jan diferan sistèm agrikilti afekte mikrobyota rasin.
Konsepsyon eksperimantal
Eksperyans
Sechantiyon lwil oliv ak rasin (ADN) te soti nan jaden ble ki soti nan 60 tè agrikòl (20 chak)
Grouping: 1. Konvansyon (ak labouraj);2. Konvansyon (pa gen labouraj);3. Tè agrikòl òganik
Sestrateji sekans: sekans anplikon plen longè (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (ki vize tout rejyon ITS la ~ 630 bp)
Splatfòm sekans: PacBio RS II
Analiz byoenfòmatik
Rezilta yo
On mwayèn 357 OTU yo te idantifye pou chak sit ak yon total de 837 OTU nan tout 60 sit.Alpha divèsite nan kominote chanpiyon rasin yo pa t 'montre diferans enpòtan nan mitan twa sistèm agrikilti.Sepandan, twa gwoup diferan yo te fòme nan analiz divèsite beta, ki endike yon efè fò nan sistèm agrikilti sou estrikti kominote rasin chanpiyon.
Figi 1. Divèsite alfa (endèks Shannon ak konpozisyon kominote a) ak analiz divèsite beta (analiz kanonik kowòdone prensipal yo) sou kominote chanpiyon rasin yo
Ten keystone taxes yo te defini baze sou rezo jeneral kominote chanpiyon atravè twa sistèm agrikilti: 10 nœuds pi wo ak pi wo degre, pi gwo santralite pwoksimite ak pi ba santralite ant yo te chwazi.Sèt nan yo te fè pati lòd mycorhizal.
Figi 2. Rezo jeneral sou kominote chanpiyon rasin twa sistèm agrikilti
Frezo espesifik ame-sistèm endike yon koneksyon konsiderableman pi wo nan rezo òganik ak de fwa plis bor ak plis nœuds konekte pase rezo san-till ak konvansyonèl yo.Anplis, rezo agrikilti òganik la te genyen anpil plis takson kle (dyaman) konpare ak rès la, ki te sipòte konpleksite li yo ak koneksyon.
Figi 3. Agrikilti sistèm-espesifik rezo chanpiyon rasin
Afò asosyasyon negatif ant entansite agrikòl ak koneksyon rezo chanpiyon rasin yo te obsève.Analiz forè o aza revele prensipal chofè takson kle yo: fosfò tè a, dansite esansyèl, pH ak kolonizasyon mikoriz.
Figi 4. Entansite agrikilti ak koneksyon rezo atravè twa sistèm agrikilti (A ak B);Analiz forè o aza (C) ak relasyon ant entansite agrikòl ak kolonizasyon AMF (D)
Teknoloji
Sekans anplikon plen longè
As "Twazyèm Jenerasyon Sekans" vini sou sèn nan, limit yo nan rejyon vize yo ak pwoblèm nan asanble de novo yo te simonte.Pacific Bioscience (PacBio) te byen pwolonje lekti sekans yo pou plizyè dizèn kilobaz, ki pèmèt nou jwenn lekti tout longè 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) nan bakteri oswa 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) ak ITS. rejyon yo (400 bp-900 bp) nan ekaryotik.Vizyon an elaji nan jaden jenetik anpil amelyore rezolisyon an nan espès anotasyon ak jèn fonksyonèl.Pwoblèm ki konsène depi lontan sou presizyon baz yo te rezoud pa PacBio CCS pwòp tèt ou koreksyon, ki jenere lekti HIFI ak plis pase 99% presizyon lekti.
Pèfòmans nan anotasyon OTU
TAk avantaj nan tou de lekti long ak gwo-debi, presizyon nan anotasyon ka dramatikman ogmante epi reyalize yon rezolisyon "nivo espès" nan idantifikasyon mikwòb.
Referans
Banerjee, Samiran, et al."Entansifikasyon agrikòl diminye konpleksite rezo mikwòb ak abondans takso kle nan rasin yo."Jounal ISME (2019).
Teknoloji ak Pwen esansyèl vize nan pataje aplikasyon ki pi resan siksè nan diferan teknoloji sekans segondè-debi nan divès tèren rechèch kòm byen ke lide briyan nan konsepsyon eksperimantal ak done min.
Tan poste: Jan-08-2022