Сәлам-С нигезендә Геном Ассамблеясы
Хезмәтнең өстенлекләре
Hi-C турында гомуми күзәтү
(Либерман-Эйден Е һ.б.,Фән, 2009)
ØКонтиг анкоринг өчен генетик халыкны төзергә кирәкми
ØMarkгары маркер тыгызлыгы 90% тан югары контигларга якорь коэффициентына китерә.
ØХәзерге геном җыелышларына бәя бирергә һәм төзәтергә мөмкинлек бирә;
ØГеном җыюда төгәллек белән кыска әйләнеш вакыты;
Ø500-дән артык төр өчен төзелгән 1000-дән артык Hi-C китапханәсе белән мул тәҗрибә;
Ø760-тан артык тупланган актуаль фактор белән 100-дән артык уңышлы очрак.
ØПолиплоидлы геном өчен Hi-C нигезендәге геном җыю, алдагы проектта 100% якорь дәрәҗәсе ирешелгән.
ØHi-C экспериментлары һәм мәгълүмат анализы өчен өйдәге патентлар һәм программа авторлык хокуклары
ØDataз-үзеңне эшләгән визуальләштерелгән мәгълүмат көйләү программасы, кул белән блокны хәрәкәт итү, кире кайтару, кире кагу һәм яңадан эшкәртү мөмкинлеген бирә.
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| ЭзләүПлатформа | Китапханә | Тәкъдим ителгән тирәнлек | Фаразланган әйләнү вакыты | Ассамблея |
| Иллумина | 300-350 б | Гади геном ≥ 100 × Катлаулы геном ≥ 150 × | 3 ай (Төрләргә карап) | Анкоринг коэффициенты ≥ 90% (Төрләргә карап) |
Биоинформатика анализы
üЧимал мәгълүматларының сыйфатын контрольдә тоту
üСәлам-С китапханәсенең сыйфатын контрольдә тоту
üСәлам-С нигезендә геном җыю
üAssemblyыюдан соң бәяләү
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Хайваннар өчен:
1.Мускул (туңдырылган): ≥ 2 г;
2.Бер кан (туңдырылмаган): ml 2 мл (3 китапханә өчен)
Plantsсемлекләр өчен:
1. Орлыклар (мәсәлән, орлыклардан үстерелгән яшь үсентеләр, тукымалар культурасы орлыклары һ.б.): барлык яфракларны һәм яшь сабакларны җыялар;
2. atureитлеккән үсемлек: сабак очын һәм беренче 1 яки 2 яңа яфракны туплагыз.
* Eachәрбер үрнәк өчен тәкъдим ителгән күләм ≥ 4 г.(Китапханә төзелеше өчен теоретик куллану китапханәгә 1 г).
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер: 2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Күпчелек үрнәкләр өчен без этанолда сакламаска киңәш итәбез.
Ampleрнәк маркировкасы: үрнәкләр ачык маркировкаланырга һәм тапшырылган үрнәк мәгълүмат формасына охшаш булырга тиеш.
Тапшыру: Коры боз: plesрнәкләрне башта капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
Сәлам-С эксперименты
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
*Монда күрсәтелгән демо нәтиҗәләре барысы да Biomarker Technologies белән бастырылган геномнардан
1.Hi-C үзара бәйләнеш җылылык картасыКамптотека акуминатагеном.Картада күрсәтелгәнчә, үзара бәйләнешнең интенсивлыгы сызыклы дистанция белән тискәре бәйләнештә тора, бу бик төгәл хромосома дәрәҗәсен җыюны күрсәтә.(Анкоринг коэффициенты: 96.03%)
Канг М һ.б.,Табигать элемтәләре, 2021
2.Hi-C арасындагы инверсияне тикшерүне җиңеләйттеGossypium hirsutumЛ. ТМ-1 А06 һәмГ. арборумChr06
Янг З һ.б.,Табигать элемтәләре, 2019
3. SC205 касава геномын җыю һәм биаллелик дифференциацияләү.Сәлам-С җылылык картасы гомологик хромосомаларда ачык бүленүне күрсәтте.
Ху Вт һ.б.,Молекуляр үсемлек, 2021
4. Ике Ficus төренең геном җыюында Hi-C җылылык картасы:Ficicrocarpa(якорь коэффициенты: 99,3%) һәмФ.Хиспида (якорь коэффициенты: 99,7%)
Чжан X һәм башкалар.,Күзәнәк, 2020
BMK Case
Ботак агачының геномнары һәм полинатор чүпрәкләре инҗир-чүпрәк коеволюциясе турында мәгълүмат бирә
Басылган: Күзәнәк, 2020
Эзләү стратегиясе:
Ф. микрокарпагеном: якынча.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
Ф. Хиспидагеном: якынча.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataгеном: якынча.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Төп нәтиҗәләр
1. Ике ботак агач геномы һәм бер полинатор чүпрәк геномы PacBio эзлеклелеге, Hi-C һәм бәйләнеш картасы ярдәмендә төзелгән.
(1)Ф. микрокарпагеном: 426 Мб җыелмасы (фаразланган геном зурлыгының 97,7%) 908 Кб N50, BUSCO балл 95,6% белән төзелгән.Барлыгы 423 Мб эзлеклелеге Hi-C тарафыннан 13 хромосомага бәйләнгән.Геном аннотациясе 29,416 белок-кодлы ген китерде.
(2)Ф. Хиспидагеном: 360 Мб җыелмасы (фаразланган геномның 97,3%) 492 Кб N50 һәм BUSCO балл 97,4% белән уңыш китерде.Барлыгы 359 Мб эзлеклелеге 14 хромосомби Hi-C белән бәйләнгән һәм югары тыгызлыктагы бәйләнеш картасына бик охшаган.
(3)Eupristina verticillataгеном: 387 Мб җыелмасы (фаразланган геном размеры: 382 Мб) N50 контиг белән 3,1 Мб һәм BUSCO балл 97,7% тәшкил итте.
2. Чагыштырма геномика анализы ике арада структур үзгәрешләрнең күплеген күрсәттеФикусадаптив эволюция тикшеренүләре өчен кыйммәтле генетик ресурс биргән геномнар.Бу тикшеренү, беренче тапкыр, геномик дәрәҗәдә фигуралы коеволюция турында мәгълүмат бирде.
 Икесенең геномик үзенчәлекләре буенча цирк схемасыФикусгеномнар, шул исәптән хромосомалар, сегменталь кабатлау (SD), транспосоннар (LTR, TEs, DNA TEs), ген экспрессиясе һәм синтения. |  Y хромосомасын һәм кандидатны билгеләү генын ачыклау |
Чжан, X., һ.б."Банян агачы геномнары һәм полинатор чүпрәкләре инҗир-вас коеволюциясе турында мәгълүмат бирә."183.4 шакмак (2020).
