Чагыштырма геномика
Хезмәтнең өстенлекләре
ØКомплекслы анализлар пакеты, иң кирәкле сигез анализны үз эченә ала
ØАнализда югары ышанычлылык, нәтиҗәләрне җентекләп һәм аңлаешлы аңлату
ØЯхшы эшләнгән фигуралар
ØSkilledгары квалификацияле биоинформатика командасы төрле персональләштерелгән анализ таләпләрен үти
ØАнализда югары төгәллек белән кыска борылыш вакыты;
Ø900-дән артык тупланган басма эффект факторы белән 90-тан артык уңышлы очраклар белән мул тәҗрибә;
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| Фаразланган әйләнү вакыты | Төрләр саны | Анализ |
| 30 эш көне | 6 - 12 | Ген гаилә кластеры Ген гаиләсенең киңәюе һәм кысылуы Филогенетик агач төзелеше Дивергенция вакытын бәяләү (Фоссил калибрлау кирәк) LTR кертү вакыты (үсемлекләр өчен) Бөтен геномны кабатлау (үсемлекләр өчен) Сайланма басым Синтезия анализы |
Биоинформатика анализы
üГен гаиләсе
üФилогенетика
üАерылу вакыты
üСайланма басым
üСинтезия анализы
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Геном эзлеклелеге һәм җыю өчен тукымалар яки ДНК
Хайваннар өчен:
Мускул (туңдырылган): ≥ 2 г;
Бөтен кан (туңдырылмаган): ml 2 мл (3 китапханә өчен)
Plantsсемлекләр өчен:
1. Орлыклар (мәсәлән, орлыклардан үстерелгән яшь үсентеләр, тукымалар культурасы орлыклары һ.б.): барлык яфракларны һәм яшь сабакларны җыялар;
2. atureитлеккән үсемлек: сабак очын һәм беренче 1 яки 2 яңа яфракны туплагыз.
* Eachәрбер үрнәк өчен тәкъдим ителгән күләм ≥ 4 г.(Китапханә төзелеше өчен теоретик куллану китапханәгә 1 г).
ДНК өчен:
| Платформа | Күләм | Концентрация | Чисталык |
| Нанопор | ≥10 μг | ≥ 150 ng / μL | OD260 / 280 = 1.6-2.5 Чиста ачык чишелеш Оль-гель: чикләнгән деградация һәм пычрану белән чистарту. |
| PacBio (CCS) | ≥15 μг | ≥ 90 ng / μL |
Мәгълүмат
Геном эзлеклелеге файллары (.fasta) һәм тыгыз бәйләнешле төрләрнең аннотация файллары (.gff3)
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
*Монда күрсәтелгән демо нәтиҗәләре барысы да Biomarker Technologies белән бастырылган геномнардан
1.ЛТР вакыт сметасын кертү: Рәсемдә башка төрләр белән чагыштырганда, Вайнинг арыш геномына LTR-RT кертү вакытында уникаль бимодаль бүленеш күрсәтелде.Соңгы иң югары нокта якынча 0,5 миллион ел элек барлыкка килгән.
Ли Гуанг һ.б.,Табигать генетикасы, 2021
2. Чайотка филогения һәм геннар гаиләсе анализы (Sechium edule): Чайотаны һәм геннар гаиләсендәге 13 төрне анализлап, Чайот елан үләне белән тыгыз бәйләнештә булган (Trichosanthes anguina).27-45 Мя тирәсендә елан бөртегеннән алынган шайот һәм бөтен геномны кабатлау (WGD) 25 ± 4 Мяда шайотта күзәтелде, бу кукуибитасейда өченче WGD вакыйгасы.
Фу А һ.б.,Бакчачылыкны тикшерү, 2021
3.Синтений анализы: җимеш үсешендә фитохормоннар белән бәйле кайбер геннар шайот, елан үләне һәм кабакта табылды.Чайот белән кабак арасындагы корреляция шайот белән елан үләне арасындагы чагыштырмача югарырак.
Фу А һ.б.,Бакчачылыкны тикшерү, 2021
4.Ген гаилә анализы: Г.Турбери һәм Г.давидсонии геномнарында геннар гаиләсен киңәйтү һәм кысылу буенча KEGG баету стероид биосинтезы һәм брассиностероид биосинтезы белән бәйле геннарның киңәюен күрсәтте.
Янг З һ.б.,BMC Biology, 2021
5.Бер геномны кабатлау анализы: 4DTV һәм Ks тарату анализы бөтен геномны кабатлау вакыйгасын күрсәттеләр.Күчерелешнең иң югары ноктасы кабатлау вакыйгаларын күрсәтте.Чыгышларның иң югары нокталары спецификация вакыйгаларын күрсәттеләр.Анализ күрсәткәнчә, тыгыз бәйләнгән башка өч төр белән чагыштырганда, O. europaea күптән түгел зур масштаблы ген кабатлау аша үткән.
Рао Г һ.б.,Бакчачылыкны тикшерү, 2021
BMK Case
Роза чәчмә: дым адаптациясе белән бәйләнгән геномик төшенчәләр
Басылган: Милли фәнгә күзәтү, 2021
Эзләү стратегиясе:
'БасьеЧәнечсез'(Р.Вичурайнан) геном:
Якынча.93 X PacBio + якынча.90 X Нанопор + 267 X Иллумина
Төп нәтиҗәләр
1.Wгары сыйфатлы Р.вичурайана геномы 530.07 Мб җыюны китерә торган озын укылган эзләү техникасы ярдәмендә төзелгән (фаразланган геномның күләме цитометрия буенча якынча 525,9 Мб, геном тикшерүе буенча 525,5 ； Гетерозигозия 1,03% тирәсе).BUSCO фаразлаган балл 93,9% иде."Иске кызару" (haploOB) белән чагыштырганда, бу геномның сыйфаты һәм тулылыгы төп база төгәллеге һәм LTR җыю индексы белән расланды (LAI = 20.03).Р.вичурайана геномында 32,674 белок кодлау гены бар.
2. Чагыштырма геномикадан, транскриптомикадан, генетик халыкка QTL анализыннан торган Мульти-Омик уртак анализ Р.Вичурайана һәм Роза Чиненсисы арасында мөһим спецификацияне ачты.Шулай ук, QTL-дагы бәйләнешле геннарның экспрессия вариациясе, мөгаен, төпчекләр белән бәйле булырга мөмкин.
Басье белән чагыштырма геномика анайсисы, Торнсыз һәм Роза чиненсисы, шул исәптән синтения анализы, геннар кластеры, киңәю һәм кысылу анализы, розалардагы мөһим сыйфатлар белән бәйле күп төрле үзгәрешләрне ачыклады.NAC һәм FAR1 / FRS геннар гаиләсендә уникаль киңәю, мөгаен, кара тапка каршы тору белән бәйле булырга мөмкин.
BT һәм haploOB геномнары арасында чагыштырма геномика анализы.
Чжун, М., һ.б."Роза чәчмә: дым адаптациясе белән бәйле геномик төшенчәләр"Милли фәнгә күзәтү, 2021;, nwab092.
