ЯңаТулы озынлыктагы транскриптом эзлеклелеге -PacBio
Хезмәтнең өстенлекләре
ØТулы озынлыктагы cDNA молекуласын турыдан-туры уку 3'- ахырыннан 5'- ахырына кадәр
ØЭзлек структурасында Iso-форма дәрәҗәсе резолюциясе
ØHighгары төгәллек һәм сафлык белән транскрипцияләр
ØВайур төрләренә бик туры килә
Ø4 PacBio Sequel II эзлекле платформа белән җиһазландырылган зур эзлеклелек сыйдырышлыгы
Ø700-дән артык Pacbio нигезендәге РНК эзләү проектлары белән югары тәҗрибәле
ØBMKCloud нигезендә нәтиҗәләр китерү: платформада махсуслаштырылган мәгълүмат казу.
ØСатудан соң хезмәтләр проект тәмамланганнан соң 3 ай дәвам итә
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
Платформа: PacBio Sequel II
Эзләү китапханәсе: Поли белән баетылган mRNA китапханәсе
Тәкъдим ителгән мәгълүматлар: 20 Гб / үрнәк (төрләргә карап)
FLNC （%） ≥ 75%
* FLNC: тулы озынлыктагы химерик булмаган транскрипцияләр
Биоинформатика анализы
üЧимал эшкәртү
üТранскрипция идентификациясе
üЭзләү структурасы
üКүрсәтү күләме
üФункция аннотациясе
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Нуклеотидлар:
| Күләм | Барлыгы ≥ 3 μг;Конц.≥ 300 ng / μl;Том ≥ 10 μл |
| Сафлык | Plantsсемлекләр өчен: RIN ≥ 7.5;Хайваннар өчен: RIN ≥ 8;28S / 18S ≥ 1.0;Чикләнгән яки төп биеклек юк |
| Чисталык | OD260 / 280 ≥ 1.8;OD260 / 230 ≥ 1.0;260 нм |
| Тамга | Протеин яки ДНК пычрануы үлчәүләргә һәм үрнәкләрнең QC дәрәҗәсенә тәэсир итәр. |
Кисем: Авырлык (коры):≥1 г.
* 5 мг-дан кечерәк тукымалар өчен без флэш туңдырылган (сыек азотта) тукымалар үрнәген җибәрергә киңәш итәбез.
Күзәнәкне туктату:Күзәнәкләр саны = 3 × 106- 1 × 107
* Без туңдырылган күзәнәк лизатын җибәрергә киңәш итәбез.Күзәнәк 5 × 105тән кечерәк саналган очракта, сыек азотта туңдырылган флеш тәкъдим ителә, бу микро чыгару өчен өстен.
Кан үрнәкләре:Том күләме 1 мл
Микроорганизм:Масса ≥ 1 г.
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер:
2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Labрнәк маркировкасы: Төркем + кабатлау, мәсәлән, A1, A2, A3;В1, В2, В3 ... ...
Җибәрү:
1. Коры боз: plesрнәкләрне капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
2.РНА тотрыклы трубалар: РНК үрнәкләрен РНК стабилизация трубасында киптерергә һәм бүлмә температурасында җибәрергә мөмкин.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
РНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1.FLNC озынлыкны бүлү
Тулы озынлыктагы химерик булмаган укуның озынлыгы (FLNC) китапханә төзелешендә cDNA озынлыгын күрсәтә.FLNC озынлыгын бүлү китапханә төзелешенең сыйфатын бәяләүдә мөһим күрсәткеч.
FLNC озынлыкны бүлү
2. ОРФ өлкәсенең озынлыгын бүлү
Протеинны кодлау өлкәләрен һәм аминокислота эзлеклелеген прогнозлау өчен TransDecoder кулланабыз, барлык үрнәкләрдә тулы булмаган транскрипция мәгълүматын үз эченә алган уникаль комплектлар булдыру өчен.
ОРФ өлкәсенең озынлыгын бүлү
3.KEGG юлын баету анализы
Дифференциаль рәвештә күрсәтелгән транскрипцияләр (DET) NGS нигезендәге РНК эзләү мәгълүматларын PacBio эзләү мәгълүматлары тудырган тулы озынлыктагы транскрипция комплектларына тигезләү ярдәмендә ачыкланырга мөмкин.Бу DETлар төрле функциональ анализ өчен алга таба эшкәртелә ала, мәсәлән, KEGG юлын баету анализы.
KEGG юлын баету - Нокта сюжеты
BMK Case
Populus тамыр транскриптомының үсеш динамикасы
Басылган: Antсемлек биотехнологиясе журналы, 2019
Эзләү стратегиясе:
Collectionыю үрнәге:төп төбәкләр: апекс, беренче интернод (IN1), икенче интернод (IN2), өченче интернод (IN3), интернод (IN4) һәм Nanlin895 дан интернод (IN5)
NGS-эзлеклелеге:15 кешедән торган РНК бер биологик үрнәк итеп тупланган.NGS эзлеклелеге өчен һәр пунктның өч биологик репликасы эшкәртелде
TGS-эзлеклелеге:Төбәк регионнары өч регионга бүленде, ягъни иң югары, IN1-IN3 һәм IN4-IN5.PacBio дүрт төр китапханә белән PacBio эзлеклелеге өчен эшкәртелде: 0-1 кб, 1-2 кб, 2-3 кб һәм 3-10 кб.
Төп нәтиҗәләр
1. Барлыгы 87150 тулы озынлыктагы транскрипцияләр ачыкланды, аларда 2081 роман изоформасы һәм 62058 роман альтернатив бүленгән изоформалар ачыкланды.
2.1187 lncRNA һәм 356 кушылу гены ачыкланган.
3. Беренчел үсештән икенчел үсешкә кадәр, 998 дифференциаль рәвештә күрсәтелгән геннардан 15838 дифференциаль рәвештә күрсәтелгән транскрипцияләр ачыкланды.Барлык DEG-ларда 1216 транскрипция факторы иде, аларның күбесе әле хәбәр ителмәгән.
4.ГОны баету анализы күзәнәк бүленешенең һәм беренчел һәм икенчел үсештә оксидлашу-киметү процессының мөһимлеген күрсәтте.
Альтернатив бүленү вакыйгалары һәм төрле изоформалар
WGCNA транскрипция факторларына анализ
Сылтама
Чао С, Гао ЗФ, Чжан Д, һ.б.Populus тамыр транскриптомының үсеш динамикасы.Завод биотехнол Дж. 2019; 17 (1): 206-219.doi: 10.1111 / pbi.12958
