Секвенирование мРНК эукариот – Illumina
Преимущества
● Большой опыт: в BMK было обработано более 200 000 образцов, охватывающих различные типы образцов, включая клеточные культуры, ткани, жидкости организма и т. д., а также закрыто более 7 000 проектов секвенирования мРНК, охватывающих различные области исследований.
● Строгая система контроля качества: основные точки контроля качества на всех этапах, включая подготовку образцов, подготовку библиотек, секвенирование и биоинформатику, находятся под пристальным контролем для обеспечения высококачественных результатов.
● Доступно множество баз данных для аннотаций функций и исследований по их дополнению для достижения различных исследовательских целей.
● Послепродажное обслуживание: послепродажное обслуживание действительно в течение 3 месяцев после завершения проекта, включая отслеживание проекта, устранение неполадок, вопросы и ответы по результатам и т. д.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
| Поли А обогащенный | Иллюмина PE150 | 6 ГБ | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц.(нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥6,5; Для животных: РИН≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
Ткань: Вес (сухой):≥1 г
*Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять быстрозамороженные (в жидком азоте) образцы тканей.
Клеточная суспензия:Количество ячеек = 3×106- 1×107
*Мы рекомендуем отправлять замороженный лизат клеток.Если число ячеек меньше 5×105.
Образцы крови:Объем≥1 мл
Микроорганизм:Масса ≥ 1 г
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
- Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
- Пробирки RNAstable: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
Эукариотический Рабочий процесс анализа секвенирования мРНК
Биоинформатика
ØКонтроль качества исходных данных
ØВыравнивание эталонного генома
ØАнализ структуры транскрипта
ØКоличественная оценка экспрессии
ØДифференциальный экспрессионный анализ
ØАннотация и обогащение функций
1.Кривая насыщения данных мРНК
2.Дифференциальный экспрессионный анализ – график вулкана
3.Аннотация KEGG к DEG
4.Классификация ГО по ДЭГ
