ØБольшой опыт: в BMK было обработано более 200 000 образцов, охватывающих различные типы образцов, включая культуры клеток, ткани, биологические жидкости и т. д., и более 7 000 проектов mRNA-Seq, охватывающих различные области исследований.
ØСтрогая система контроля качества: основные точки контроля качества на всех этапах, включая подготовку образцов, подготовку библиотек, секвенирование и биоинформатику, находятся под пристальным наблюдением для получения высококачественных результатов.
ØДоступны несколько баз данных для аннотирования функций и дополнительных исследований для достижения различных исследовательских целей.
ØПослепродажное обслуживание: послепродажное обслуживание действует в течение 3 месяцев после завершения проекта, включая последующее сопровождение проекта, устранение неполадок, вопросы и ответы по результатам и т. д.
Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
поли А обогащенный | Иллюмина ПЭ150 | 6 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиды:
Чистота | Честность | Количество |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5На геле показано ограниченное или отсутствующее загрязнение белком или ДНК. | Для растений: RIN ≥ 6,5; Для животных: RIN ≥ 7; 28S/18S ≥ 1,0; ограниченное повышение исходного уровня или его отсутствие | Конц.≥30 нг/мкл;Объем ≥ 10 мкл;Всего ≥ 1,5 мкг |
Ткань: Вес (сухой):≥1 г
*Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять мгновенно замороженные (в жидком азоте) образцы тканей.
Клеточная суспензия:Количество клеток = 3 × 106- 1×107
*Мы рекомендуем отправлять лизат замороженных клеток.В случае, если число клеток меньше 5×105, рекомендуется мгновенное замораживание в жидком азоте, что предпочтительнее для микроэкстракции.
Образцы крови:Объем≥1 мл
Микроорганизм:Масса ≥ 1 г
Контейнер: центрифужная пробирка 2 мл (оловянная фольга не рекомендуется)
Маркировка образцов: группа + повтор, например, A1, A2, A3;В1, В2, В3... ...
Отгрузка:
Биоинформатика
эукариотический Рабочий процесс анализа секвенирования мРНК
Биоинформатика
ØКонтроль качества исходных данных
ØВыравнивание эталонного генома
ØАнализ структуры транскрипта
ØКоличественная оценка экспрессии
ØДифференциальный экспрессионный анализ
ØАннотации функций и обогащение
1.Кривая насыщения данных мРНК
2.Дифференциальный анализ экспрессии - график вулкана
3.KEGG аннотация на ДЭГ
4.Классификация ГО на ДЭГ