-
Полногеномный анализ ассоциации
Полногеномное ассоциативное исследование (GWAS) направлено на выявление генетических вариантов (генотипов), связанных с определенными признаками (фенотипами).Исследование GWAS исследует генетические маркеры, пересекающие весь геном большого количества людей, и прогнозирует ассоциации генотип-фенотип с помощью статистического анализа на уровне популяции.Он широко применяется в исследованиях болезней человека и функционального анализа генов сложных признаков животных или растений.
-
Секвенирование одноядерной РНК
Прогресс в методах захвата отдельных клеток и создания отдельных библиотек в сочетании с высокопроизводительным секвенированием позволяет проводить исследования экспрессии генов в каждой клетке.Это позволяет проводить более глубокий и полный системный анализ сложных клеточных популяций, в котором он в значительной степени избегает маскировки их гетерогенности, взяв среднее значение по всем клеткам.
Однако некоторые клетки не подходят для превращения в одноклеточную суспензию, поэтому необходимы другие методы подготовки образцов – экстракция ядер из тканей, то есть ядра извлекаются непосредственно из тканей или клеток и готовятся в виде одноядерной суспензии для однократного исследования. секвенирование клеток.
BMK предоставляет услугу секвенирования одноклеточной РНК 10× Genomics ChromiumTM.Этот сервис широко используется в исследованиях, связанных с заболеваниями, такими как дифференцировка иммунных клеток, гетерогенность опухоли, развитие тканей и т. д.
Чип пространственного транскриптома: 10× Genomics
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Полногеномное секвенирование растений/животных
Повторное секвенирование всего генома, также известное как WGS, позволяет выявить как распространенные, так и редкие мутации во всем геноме, включая однонуклеотидный полиморфизм (SNP), инсерционную делецию (InDel), структурную вариацию (SV) и вариацию числа копий (CNV). ).SV составляют большую часть вариационной базы, чем SNP, и оказывают большее влияние на геном, что оказывает существенное влияние на живые организмы.Секвенирование с длинным чтением позволяет более точно идентифицировать большие фрагменты и сложные вариации, поскольку длинные чтения значительно облегчают хромосомный кроссинг по сложным областям, таким как тандемные повторы, области, богатые GC/AT, и гипервариабельные области.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Пространственный транскриптом
Пространственная организация клеток играет жизненно важную роль в различных биологических процессах, таких как иммунная инфильтрация, развитие эмбриона и т. д. Пространственное секвенирование транскриптома, которое указывает на профилирование экспрессии генов при сохранении информации о пространственном положении, дает глубокое понимание архитектуры тканей на уровне транскриптома.С развитием технологий морфология сверхчистой ткани и реальная структурная разница пространственной молекулярной экспрессии должны быть изучены с более высоким разрешением.BMKGENE предоставляет комплексную универсальную услугу пространственного секвенирования транскриптома от образцов до биологических идей.
Технологии пространственной транскриптомики открыли новые перспективы в различных областях исследований, разрешив профиль экспрессии генов с пространственным содержанием в гетерогенных образцах.
Чип пространственного транскриптома: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Пространственный транскриптом Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression — это основная технология секвенирования пространственного транскриптома для классификации тканей на основе суммарной мРНК.Сопоставьте весь транскриптом с морфологическим контекстом, чтобы открыть для себя новое понимание нормального развития, патологии заболеваний и клинических трансляционных исследований.BMKGENE предоставляет комплексную универсальную услугу пространственного секвенирования транскриптома от образцов до биологических идей.
Технологии пространственной транскриптомики открыли новые перспективы в различных областях исследований, разрешив профиль экспрессии генов с пространственным содержанием в гетерогенных образцах..
Чип пространственного транскриптома: 10x Genomics Visium
Платформа:Иллюмина НоваСек 6000
-
Полноразмерное секвенирование мРНК-Nanopore
Секвенирование РНК было бесценным инструментом для всестороннего анализа транскриптома.Несомненно, традиционная секвенирование с коротким чтением достигла здесь многих важных результатов.Тем не менее, он часто сталкивается с ограничениями в идентификации полноразмерных изоформ, количественном определении, смещении ПЦР.
Секвенирование с нанопорами отличается от других платформ секвенирования тем, что нуклеотиды считываются напрямую без синтеза ДНК и генерируются длинные считывания в десятки тысяч пар оснований.Это позволяет напрямую считывать полноразмерные транскрипты и решать проблемы в исследованиях на уровне изоформ.
Платформа：Нанопор Прометион
Библиотека:кДНК-ПЦР
-
Полноразмерное секвенирование мРНК — PacBio
De novoполноразмерное секвенирование транскриптома, также известное какDe novoIso-Seq использует преимущества секвенатора PacBio в отношении длины считывания, что позволяет секвенировать полноразмерные молекулы кДНК без каких-либо разрывов.Это полностью исключает любые ошибки, возникающие на этапах сборки транскриптов, и создает наборы унигенов с разрешением на уровне изоформ.Этот набор унигенов предоставляет мощную генетическую информацию в виде «эталонного генома» на уровне транскриптома.Кроме того, в сочетании с данными секвенирования следующего поколения эта услуга позволяет проводить точную количественную оценку экспрессии на уровне изоформ.
Платформа: PacBio Sequel IIБиблиотека: библиотека SMRT bell -
Секвенирование эукариотической мРНК-Illumina
Секвенирование мРНК позволяет профилировать все мРНК, транскрибированные из клеток в определенных условиях.Это мощная технология для выявления профиля экспрессии генов, структур генов и молекулярных механизмов определенных биологических процессов.На сегодняшний день секвенирование мРНК широко используется в фундаментальных исследованиях, клинической диагностике, разработке лекарств и т. д.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Нереференсное секвенирование мРНК-Illumina
Секвенирование мРНК использует технику секвенирования следующего поколения (NGS) для захвата информационной РНК (мРНК) эукариот в определенный период, когда активируются некоторые специальные функции.Самый длинный сплайсированный транскрипт был назван «Unigene» и использовался в качестве эталонной последовательности для последующего анализа, что является эффективным средством изучения молекулярного механизма и регуляторной сети видов без эталона.
После сборки данных транскриптома и функциональной аннотации унигена
(1) Анализ SSR, предсказание CDS и структура гена будут предварительно сформированы.
(2) Будет проведена количественная оценка экспрессии унигена в каждом образце.
(3) Дифференциально выраженные унигены между образцами (или группами) будут обнаружены на основе экспрессии унигенов.
(4) Будет проведена кластеризация, функциональная аннотация и анализ обогащения дифференциально экспрессирующихся генов.
-
Длинное секвенирование без кодирования — Illumina
Длинные некодирующие РНК (днРНК) — тип молекул РНК длиной более 200 н., которые характеризуются крайне низким кодирующим потенциалом.LncRNA, как ключевой член некодирующих РНК, в основном находится в ядре и плазме.Развитие технологии секвенирования и биоинформатики позволяет идентифицировать многочисленные новые днРНК и связывать их с биологическими функциями.Накопленные данные свидетельствуют о том, что lncRNA широко вовлечена в эпигенетическую регуляцию, регуляцию транскрипции и посттранскрипционную регуляцию.
