Метагеномика (NGS)

Метагеномика из дробовика с Illumina является популярным инструментом для изучения микробиомов путем непосредственного секвенирования ДНК из сложных образцов, что позволяет изучить как таксономическое, так и функциональное разнообразие. Метагеномный трубопровод BMKCloud (NGS) начинается с контроля качества и сборки метагеномов, из которого гены прогнозируются и кластерируются в не избыточные наборы данных, которые аннотируются для функции и таксономии с использованием нескольких баз данных. Эта информация используется для анализа таксономического разнообразия внутри выборки (альфа-разнообразие) и разнообразия выборки (бета-разнообразие). Дифференциальный анализ между группами обнаруживает OTU и биологические функции, которые различаются между двумя группами, используя как параметрические, так и непараметрические тесты, в то время как анализ корреляции связывает эти различия с факторами окружающей среды.