Метагеномное секвенирование-нанопоры
Преимущества сервиса
● Высококачественная сборка. Повышение точности идентификации видов и предсказания функциональных генов.
● Закрытое выделение бактериального генома.
● Более мощное и надежное применение в различных областях, например, для обнаружения патогенных микроорганизмов или генов, связанных с устойчивостью к антибиотикам.
● Сравнительный метагеномный анализ.
Технические характеристики услуги
| Платформа | Последовательность действий | Рекомендуемые данные | Время оборота |
| Нанопор | ОНТ | 6 г/10 г | 65 рабочих дней |
Биоинформатический анализ
● Контроль качества исходных данных.
● Сборка метагенома.
● Неизбыточный набор генов и аннотации.
● Анализ видового разнообразия.
● Анализ разнообразия генетических функций.
● Межгрупповой анализ
● Анализ ассоциаций с экспериментальными факторами.
Требования к образцам и доставка
Требования к образцам и поставка
Образец требований:
Дляэкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| экстракты ДНК | 1-1,5 мкг | > 20 нг/мкл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
Для образцов окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Земля | Объем выборки: ок.5 г;Оставшееся засохшее вещество необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы помещают в стерильные EP-пробирки или пробирки для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильные EP-пробирки или криопробирки для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Промойте собранную ткань PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадитель в EP-пробирки. |
| шлам | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для проб с ограниченным количеством микробов, таких как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр 0,22 мкм для обогащения микробов на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно очистите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите ее в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при -80 градусах для длительного хранения.Требуется доставка образцов с сухим льдом.
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1.Тепловая карта: кластеризация видового богатства.
2. Функциональные гены, связанные с метаболическими путями KEGG.
3. Сеть корреляции видов.
4. Цирк генов устойчивости к антибиотикам CARD.
Дело БМК
Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальных инфекций нижних дыхательных путей.
Опубликовано:Природная биотехнология, 2019
Технические характеристики
Секвенирование: Nanopore MinION
Клиническая метагеномика, биоинформатика: истощение ДНК хозяина, анализ WIMP и ARMA.
Быстрое обнаружение: 6 часов
Высокая чувствительность: 96,6%
Ключевые результаты
В 2006 году инфекция нижних дыхательных путей (LR) стала причиной смерти 3 миллионов человек во всем мире.Типичным методом обнаружения патогена LR1 является культивирование, которое имеет низкую чувствительность, длительный период обработки и отсутствие рекомендаций по ранней антибиотикотерапии.Быстрая и точная микробиологическая диагностика уже давно является острой необходимостью.Доктор Джастин из Университета Восточной Англии и его партнеры успешно разработали метагеномный метод на основе нанопор для обнаружения патогенов.Согласно их рабочему процессу, 99,99% ДНК хозяина может быть истощено.Обнаружение патогенов и генов устойчивости к антибиотикам может быть завершено за 6 часов.
Ссылка
Харалампус Т., Кей Г.Л., Ричардсон Х., Айдин А. и О'Грейди Дж.(2019).Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальных инфекций нижних дыхательных путей.Природная биотехнология, 37(7), 1.
