Метагеномное секвенирование-нанопоры
Преимущества услуги
ØВысококачественная сборка — повышение точности идентификации видов и прогнозирования функциональных генов
ØВыделение закрытого бактериального генома
ØБолее мощное и надежное приложение в различных областях, например, обнаружение патогенных микроорганизмов или генов, связанных с устойчивостью к антибиотикам.
ØСравнительный метагеномный анализ
Спецификации услуг
| Последовательность действийПлатформа | Библиотека | Рекомендуемый объем данных | Расчетное время оборота |
| Иллюмина НоваСек 6000 | ПЭ250 | Теги 50K/100K/300K | 30 дней |
Биоинформатический анализ
üКонтроль качества исходных данных
üСборка метагенома
üНеизбыточный набор генов и аннотация
üАнализ видового разнообразия
üАнализ разнообразия генетических функций
üМежгрупповой анализ
üАссоциативный анализ с экспериментальными факторами
Требования к образцам и доставка
Требования к образцам и доставка
Образец Требования:
ЗаЭкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| Экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | Внешний диаметр 260/280 = 1,6-2,5 |
Для проб окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Почва | Объем выборки: ок.5 г;Остатки засохшего вещества необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы в стерильных EP-пробирках или криопробирках для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Вымойте собранную ткань с PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадок в EP-пробирки. |
| Осадок | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную пробирку EP или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для образца с ограниченным количеством микробов, такого как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр 0,22 мкм, чтобы обогатить микробы на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно соскоблите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите его в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при температуре -80 градусов для длительного хранения.Требуется доставка образца с сухим льдом.
Сервисный рабочий процесс
Доставка образцов
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1.Тепловая карта: кластеризация видового богатства
2. Функциональные гены, аннотированные к метаболическим путям KEGG.
3. Корреляционная сеть видов
4. Circos генов устойчивости к антибиотикам CARD
Дело БМК
Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальной инфекции нижних дыхательных путей
Опубликовано:Природная биотехнология, 2019
Технические особенности
Секвенирование: Nanopore MinION
Клиническая метагеномика, биоинформатика: истощение ДНК хозяина, анализ WIMP и ARMA
Быстрое обнаружение: 6 часов
Высокая чувствительность: 96,6%
Ключевые результаты
В 2006 году инфекция нижних дыхательных путей (LR) унесла жизни 3 миллионов человек во всем мире.Типичным методом обнаружения возбудителя LR1 является культивирование, которое имеет низкую чувствительность, длительное время обработки и отсутствие рекомендаций по ранней антибактериальной терапии.Быстрая и точная микробная диагностика уже давно является острой необходимостью.Доктор Джастин из Университета Восточной Англии и его партнеры успешно разработали основанный на нанопорах метагеномный метод обнаружения патогенов.Согласно их рабочему процессу, 99,99% ДНК хозяина может быть истощено.Обнаружение патогенов и генов, устойчивых к антибиотикам, можно завершить за 6 часов.
Справка
Харалампус, Т., Кей, Г.Л., Ричардсон, Х., Айдин, А., и О'Грейди, Дж.(2019).Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальной инфекции нижних дыхательных путей.Природная биотехнология, 37(7), 1.
