page_head_bg

Товары

Метагеномное секвенирование-нанопоры

Метагеномика - это молекулярный инструмент, используемый для анализа смешанных геномных материалов, извлеченных из образцов окружающей среды, который предоставляет подробную информацию о разнообразии и численности видов, структуре популяции, филогенетических отношениях, функциональных генах и корреляционной сети с факторами окружающей среды и т. д. Недавно были представлены платформы для секвенирования нанопор. к метагеномным исследованиям.Его выдающиеся характеристики по длине считывания значительно улучшили последующий метагеномный анализ, особенно сборку метагенома.Используя преимущества длины считывания, метагеномное исследование на основе Nanopore способно обеспечить более непрерывную сборку по сравнению с метагеномикой дробовика.Было опубликовано, что метагеномика на основе нанопор успешно генерировала полные и закрытые бактериальные геномы из микробиомов (Moss, EL, et. al.,Природа биотехнологии, 2020)

Платформа:Нанопор Прометион P48


Сведения об услуге

Демонстрационные результаты

Дело БМК

Преимущества услуги

ØВысококачественная сборка — повышение точности идентификации видов и прогнозирования функциональных генов

ØВыделение закрытого бактериального генома

ØБолее мощное и надежное приложение в различных областях, например, обнаружение патогенных микроорганизмов или генов, связанных с устойчивостью к антибиотикам.

ØСравнительный метагеномный анализ

Спецификации услуг

Последовательность действийПлатформа

Библиотека

Рекомендуемый объем данных

Расчетное время оборота

Иллюмина НоваСек 6000

ПЭ250

Теги 50K/100K/300K

30 дней

Биоинформатический анализ

üКонтроль качества исходных данных

üСборка метагенома

üНеизбыточный набор генов и аннотация

üАнализ видового разнообразия

üАнализ разнообразия генетических функций

üМежгрупповой анализ

üАссоциативный анализ с экспериментальными факторами

2

Требования к образцам и доставка

Требования к образцам и доставка

Образец Требования:   

ЗаЭкстракты ДНК:

Тип образца

Количество

Концентрация

Чистота

Экстракты ДНК

> 30 нг

> 1 нг/мкл

Внешний диаметр 260/280 = 1,6-2,5

Для проб окружающей среды:

Тип образца

Рекомендуемая процедура отбора проб

Почва

Объем выборки: ок.5 г;Остатки засохшего вещества необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы в стерильных EP-пробирках или криопробирках для резервирования.

Фекалии

Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования.

Содержимое кишечника

Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Вымойте собранную ткань с PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадок в EP-пробирки.

Осадок

Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную пробирку EP или криопробирку для резервирования.

Водоем

Для образца с ограниченным количеством микробов, такого как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр 0,22 мкм, чтобы обогатить микробы на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке.

Кожа

Осторожно соскоблите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите его в стерильную пробирку.

Рекомендуемая доставка образцов

Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при температуре -80 градусов для длительного хранения.Требуется доставка образца с сухим льдом.

Сервисный рабочий процесс

logo_02

Доставка образцов

logo_04

Строительство библиотеки

logo_05

Последовательность действий

logo_06

Анализ данных

logo_07

Послепродажное обслуживание


  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 1.Тепловая карта: кластеризация видового богатства32. Функциональные гены, аннотированные к метаболическим путям KEGG.43. Корреляционная сеть видов54. Circos генов устойчивости к антибиотикам CARD
    6

    Дело БМК

    Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальной инфекции нижних дыхательных путей

    Опубликовано:Природная биотехнология, 2019

    Технические особенности
    Секвенирование: Nanopore MinION
    Клиническая метагеномика, биоинформатика: истощение ДНК хозяина, анализ WIMP и ARMA
    Быстрое обнаружение: 6 часов
    Высокая чувствительность: 96,6%

    Ключевые результаты

    В 2006 году инфекция нижних дыхательных путей (LR) унесла жизни 3 миллионов человек во всем мире.Типичным методом обнаружения возбудителя LR1 является культивирование, которое имеет низкую чувствительность, длительное время обработки и отсутствие рекомендаций по ранней антибактериальной терапии.Быстрая и точная микробная диагностика уже давно является острой необходимостью.Доктор Джастин из Университета Восточной Англии и его партнеры успешно разработали основанный на нанопорах метагеномный метод обнаружения патогенов.Согласно их рабочему процессу, 99,99% ДНК хозяина может быть истощено.Обнаружение патогенов и генов, устойчивых к антибиотикам, можно завершить за 6 часов.

    Справка
    Харалампус, Т., Кей, Г.Л., Ричардсон, Х., Айдин, А., и О'Грейди, Дж.(2019).Метагеномика нанопор обеспечивает быструю клиническую диагностику бактериальной инфекции нижних дыхательных путей.Природная биотехнология, 37(7), 1.

    получить цитату

    Напишите свое сообщение здесь и отправьте его нам

    Отправьте нам свое сообщение: