Тепловая карта
Файл матричных данных используется для построения тепловой карты, которая может фильтровать, нормализовать и кластеризовать данные матрицы.В основном он используется для кластерного анализа уровня экспрессии генов между различными образцами.
Генная аннотация
Аннотация функции гена выполняется путем сопоставления последовательностей в файле FASTA с различными базами данных.
Генная аннотация
Базовый инструмент поиска локального выравнивания
CDS_UTR_Prediction
Этот инструмент предназначен для прогнозирования кодирующих областей (CDS) и некодирующих областей (UTR) в заданных последовательностях транскриптов на основе анализа известных баз данных белков и прогнозирования ORF.
Манхэттенский участок
Манхэттенский график позволяет отображать данные с большим количеством точек данных.Он обычно используется в полногеномных исследованиях ассоциаций (GWAS).
Цирки
Диаграмма CIRCOS позволяет напрямую представить распределения SNP, InDeL, SV, CNV в геноме.
GO_Обогащение
TopGO — инструмент, предназначенный для функционального обогащения.Пакет TopGO-Bioconductor включает дифференциальный анализ экспрессии, анализ обогащения ГО и визуализацию результатов.Он создаст папку с выходными данными под названием «График», содержащую результаты для topGO_BP, topGO_CC и topGO_MF.
ВГКНА
WGCNA — это широко используемый метод интеллектуального анализа данных для обнаружения модулей совместной экспрессии генов.Он применим к различным наборам данных экспрессии, включая данные микрочипов и данные экспрессии генов, полученные в результате секвенирования следующего поколения.
ИнтерПроСкан
Анализ и классификация белковых последовательностей InterPro
GO_KEGG_Обогащение
Этот инструмент предназначен для создания гистограммы обогащения GO, гистограммы обогащения KEGG и пути обогащения KEGG на основе предоставленного набора генов и соответствующей аннотации.