Продукты

Секвенирование одноядерной РНК

Достижения в области захвата отдельных клеток и техники создания индивидуальных библиотек в сочетании с высокопроизводительным секвенированием позволяют изучать экспрессию генов на поклеточной основе.Это позволяет проводить более глубокий и полный системный анализ сложных популяций клеток, при этом в значительной степени избегая маскировки их гетерогенности путем взятия среднего значения всех клеток.

Однако некоторые клетки непригодны для приготовления одноклеточной суспензии, поэтому необходимы другие методы подготовки проб – экстракция ядра из тканей, то есть ядро непосредственно извлекается из тканей или клеток и готовится в одноядерную суспензию для одноядерной суспензии. секвенирование клеток.

BMK предоставляет 10-кратную услугу секвенирования одноклеточной РНК на основе Genomics Chromium™.Эта услуга широко использовалась в исследованиях, связанных с заболеваниями, такими как дифференцировка иммунных клеток, гетерогенность опухолей, развитие тканей и т. д.

Чип пространственного транскриптома: 10× Геномика

Платформа: Платформа Illumina NovaSeq

Связаться с нами

Детали услуги

Биоинформатика

Демонстрационные результаты

Технический принцип

Изоляция ядер достигается с помощью 10× Genomics ChromiumTM, который представляет собой восьмиканальную микрофлюидную систему с двойными пересечениями.В этой системе шарики геля со штрих-кодами и праймером, ферментами и одним ядром инкапсулируются в каплю масла размером нанолитр, образуя гель-шарики в эмульсии (GEM).После формирования GEM в каждом GEM происходит лизис клеток и высвобождение штрих-кодов.мРНК подвергаются обратной транскрипции в молекулы кДНК со штрих-кодами 10× и UMI, которые в дальнейшем подлежат созданию стандартной библиотеки секвенирования.

Ткань не подходит для приготовления суспензии отдельных клеток.

Клетка/Ткань	Причина
Несвежая замороженная ткань	Невозможно получить свежие или давно сохраненные организации
Мышечная клетка, мегакариоцит, жировая…	Диаметр ячейки слишком велик для входа в инструмент.
Печень…	Слишком хрупкий, чтобы сломаться, неспособен различить отдельные клетки.
Нейронная клетка, Мозг…	Более чувствителен, легко подвержен стрессу, изменит результаты секвенирования.
Поджелудочная железа, щитовидная железа…	Богат эндогенными ферментами, влияющими на выработку суспензии отдельных клеток.

Одноядерное против одноклеточного

Одноядерный	Одноклеточный
Неограниченный диаметр ячейки	Диаметр клеток: 10-40 мкм.
Материалом может быть замороженная ткань.	Материал должен быть свежей тканью.
Низкий стресс замороженных клеток	Лечение ферментами может вызвать реакцию клеточного стресса
Никакие эритроциты не нужно удалять	Эритроциты необходимо удалить
Ядерное выражение выражает биоинформацию	Вся клетка выражает биоинформацию