Метатранскриптомное секвенирование
Особенности обслуживания
● Истощение рРНК с последующим направленным приготовлением библиотеки мРНК.
● Секвенирование на Illumina NovaSeq.
Преимущества обслуживания
●Изучите изменения сложных микробных сообществ:Это происходит на уровне транскрипции и исследует потенциальные новые гены.
●Объяснение взаимодействия микробного сообщества с хозяином или окружающей средой.
●Комплексный биоинформатический анализ: Это дает представление о таксономическом и функциональном составе сообщества, а также позволяет провести дифференциальный анализ экспрессии генов.
●Расширенная аннотация гена:Использование современных баз данных функций генов для получения информативной информации об экспрессии генов микробных сообществ.
●Послепродажная поддержка:Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и включают трёхмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого периода мы сопровождаем проект, помогаем в устранении неполадок и проводим сессии вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Технические характеристики обслуживания
| Платформа для секвенирования | Стратегия секвенирования | Рекомендованные данные | Контроль качества данных |
| Illumina NovaSeq | ПЭ150 | 12 Гб | Q30≥85% |
Требования к образцам
| Концентрация (нг/мкл) | Общее количество (мкг) | Объем (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | РИН |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образцов
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Включает следующий анализ:
● Контроль качества данных секвенирования
● Сборка транскрипта
● Таксономическая аннотация и численность
● Функциональная аннотация и изобилие
● Количественная оценка выражений и дифференциальный анализ
Таксономическое распределение каждого образца:
Анализ бета-разнообразия: UPGMA
Функциональная аннотация – изобилие GO
Дифференциальное таксономическое обилие – LEFSE
Познакомьтесь с достижениями, достигнутыми благодаря услугам метатранскриптомного секвенирования BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Лу, З. и др. (2023) «Кислотоустойчивость бактерий порядка Bacteroidales, утилизирующих лактат, способствует профилактике ацидоза рубца у коз, адаптированных к высококонцентрированной диете»,Питание животных, 14, стр. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Сонг, З. и др. (2017) «Выявление основной функциональной микробиоты в традиционной твердофазной ферментации с помощью высокопроизводительного ампликона и метатранскриптомного секвенирования»,Границы микробиологии, 8(ИЮЛЬ). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Ван, В. и др. (2022) «Новые миковирусы, обнаруженные в ходе метатранскриптомного исследования фитопатогенного гриба Alternaria»,Вирусы, 14(11), стр. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Вэй, Дж. и др. (2022) «Параллельный метатранскриптомный анализ выявляет деградацию вторичных метаболитов растений жуками и их кишечными симбионтами»,Молекулярный Экология, 31(15), стр. 3999–4016. дои: 10.1111/MEC.16557.
