条形banner-03

Продукты

Метагеномное секвенирование -NGS

фото 62

Метагеном — это совокупность всего генетического материала смешанного сообщества организмов, такого как метагеномы окружающей среды и человека. Он содержит геномы как культивируемых, так и некультивируемых микроорганизмов. Метагеномное секвенирование с помощью дробовика с помощью NGS позволяет изучать эти сложные геномные ландшафты, встроенные в образцы окружающей среды, обеспечивая больше, чем просто таксономическое профилирование, давая также детальное представление о разнообразии видов, динамике численности и сложных популяционных структурах. Помимо таксономических исследований, метагеномика дробовика также предлагает перспективу функциональной геномики, позволяющую исследовать закодированные гены и их предполагаемую роль в экологических процессах. Наконец, установление корреляционных сетей между генетическими элементами и факторами окружающей среды способствует целостному пониманию сложного взаимодействия между микробными сообществами и их экологическим фоном. В заключение отметим, что метагеномное секвенирование является ключевым инструментом для разгадки геномных сложностей различных микробных сообществ, освещая многогранные отношения между генетикой и экологией в этих сложных экосистемах.

Платформы: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7.


Детали услуги

Биоинформатика

Демонстрационные результаты

Рекомендуемые публикации

Преимущества сервиса

Метод профилирования микробного сообщества без выделения и культивирования: Обеспечение секвенирования генетического материала некультивируемых организмов.

Высокое разрешение: Обнаружение малочисленных видов в пробах окружающей среды.

Комплексный биоинформатический анализ:Ориентировано не только на таксономическое разнообразие, но и на функциональное разнообразие сообщества.

Обширный опыт:Имея опыт успешного закрытия нескольких проектов по метагеномике в различных областях исследований и обработки более 200 000 образцов, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект.

Технические характеристики услуги

Платформа секвенирования

Стратегия последовательности

Рекомендуемые данные

Контроль качества

Illumina NovaSeq или DNBSEQ-T7

ПЭ150

6-20Гб

Q30≥85%

Требования к обслуживанию

Концентрация (нг/мкл)

Общая сумма (нг)

Объем (мкл)

≥1

≥30

≥20

● Почва/ил: 2–3 г.
● Кишечное содержимое животного происхождения: 0,5–2 г.
● Кишечное содержимое насекомых: 0,1-0,25 г.
● Поверхность растения (обогащенный осадок): 0,5–1 г.
● Обогащенный осадок ферментационного бульона): 0,2-0,5 г
● Фекалии (крупные животные): 0,5–2 г.
● Фекалии (мышиные): 3–5 зерен.
● Жидкость для легочного альвеолярного лаважа: фильтровальная бумага.
● Вагинальный мазок: 5-6 мазков.
● Мазок с кожи/половых органов/слюны/мягких тканей полости рта/мазок из глотки/мазок из прямой кишки: 2–3 мазка.
● Поверхностные микроорганизмы: 5-6 мазков.
● Водоем/воздух/биопленка: фильтровальная бумага.
● Эндофиты: 2–3 г.
● Зубной налет: 0,5–1 г.

Рабочий процесс обслуживания

доставка образца

Доставка образца

Подготовка библиотеки

Строительство библиотеки

Секвенирование

Секвенирование

Анализ данных

Анализ данных

Послепродажное обслуживание

Послепродажное обслуживание


  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 流程图 贝贝第三版-01

    Включает в себя следующий анализ:

    ● Контроль качества данных секвенирования.

    ● Сборка метагенома и предсказание генов.

    ● Генная аннотация

    ● Анализ таксономического альфа-разнообразия.

    ● Функциональный анализ сообщества: биологические функции, метаболизм, устойчивость к антибиотикам.

    ● Анализ функционального и таксономического разнообразия:

    Бета-анализ разнообразия

    Межгрупповой анализ

    Корреляционный анализ: между факторами окружающей среды, составом и разнообразием OUT

    Функциональный анализ: устойчивость CARD к антибиотикам

    фото 63

    Дифференциальный анализ метаболических путей KEGG: тепловая карта важных путей

     

    фото 64

     Альфа-разнообразие таксономического распределения: индекс ACE

    фото 65

     

    Бета-разнообразие таксономического распределения: PCoA

    фото 66

    Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам BMKGene по секвенированию метагенома совместно с Illumina, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.

    Хай, К. и др. (2023) «Метагеномный и метаболомный анализ изменений содержимого кишечника радужной форели (Oncorhynchus mykiss), зараженной вирусом инфекционного некроза кроветворения, при различных температурах культуральной воды»,Границы микробиологии, 14, с. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.

    Мао, К. и др. (2023) «Микробные сообщества, гены устойчивости и риски резистома в городских озерах разного трофического состояния: внутренние связи и внешние влияния»,Журнал достижений в области опасных материалов, 9, с. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.

    Су, М. и др. (2022) «Метагеномный анализ выявил различия в составе и функциях между жидкостными и твердыми микроорганизмами рубца овец»,Границы микробиологии, 13, с. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.

    Инь, Дж. и др. (2023) «Микробиота свиней Нинсян, страдающая ожирением, изменяет метаболизм карнитина, способствуя отложению жирных кислот в мышцах у худых свиней DLY»,Инновации, 4(5), с. 100486. дои: 10.1016/J.XINN.2023.100486.

    Чжао, X. и др. (2023) «Метагеномное понимание потенциальных рисков, связанных с типичными биологическими/неразлагаемыми пластиковыми и непластическими отходами в верхнем и нижнем течении устья Хайхэ, Китай»,Наука об общей окружающей среде, 887, с. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.

    получить предложение

    Напишите здесь свое сообщение и отправьте его нам

    Отправьте нам сообщение: