●Метод профилирования микробного сообщества без выделения и культивирования: Обеспечение секвенирования генетического материала некультивируемых организмов.
●Высокое разрешение: Обнаружение малочисленных видов в пробах окружающей среды.
●Комплексный биоинформатический анализ:Ориентировано не только на таксономическое разнообразие, но и на функциональное разнообразие сообщества.
●Обширный опыт:Имея опыт успешного закрытия нескольких проектов по метагеномике в различных областях исследований и обработки более 200 000 образцов, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект.
Платформа секвенирования | Стратегия последовательности | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
Illumina NovaSeq или DNBSEQ-T7 | ПЭ150 | 6-20Гб | Q30≥85% |
Концентрация (нг/мкл) | Общая сумма (нг) | Объем (мкл) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Почва/ил: 2–3 г.
● Кишечное содержимое животного происхождения: 0,5–2 г.
● Кишечное содержимое насекомых: 0,1-0,25 г.
● Поверхность растения (обогащенный осадок): 0,5–1 г.
● Обогащенный осадок ферментационного бульона): 0,2-0,5 г
● Фекалии (крупные животные): 0,5–2 г.
● Фекалии (мышиные): 3–5 зерен.
● Жидкость для легочного альвеолярного лаважа: фильтровальная бумага.
● Вагинальный мазок: 5-6 мазков.
● Мазок с кожи/половых органов/слюны/мягких тканей полости рта/мазок из глотки/мазок из прямой кишки: 2–3 мазка.
● Поверхностные микроорганизмы: 5-6 мазков.
● Водоем/воздух/биопленка: фильтровальная бумага.
● Эндофиты: 2–3 г.
● Зубной налет: 0,5–1 г.
Включает в себя следующий анализ:
● Контроль качества данных секвенирования.
● Сборка метагенома и предсказание генов.
● Генная аннотация
● Анализ таксономического альфа-разнообразия.
● Функциональный анализ сообщества: биологические функции, метаболизм, устойчивость к антибиотикам.
● Анализ функционального и таксономического разнообразия:
Бета-анализ разнообразия
Межгрупповой анализ
Корреляционный анализ: между факторами окружающей среды, составом и разнообразием OUT
Функциональный анализ: устойчивость CARD к антибиотикам
Дифференциальный анализ метаболических путей KEGG: тепловая карта важных путей
Альфа-разнообразие таксономического распределения: индекс ACE
Бета-разнообразие таксономического распределения: PCoA
Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам BMKGene по секвенированию метагенома совместно с Illumina, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Хай, К. и др. (2023) «Метагеномный и метаболомный анализ изменений содержимого кишечника радужной форели (Oncorhynchus mykiss), зараженной вирусом инфекционного некроза кроветворения, при различных температурах культуральной воды»,Границы микробиологии, 14, с. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Мао, К. и др. (2023) «Микробные сообщества, гены устойчивости и риски резистома в городских озерах разного трофического состояния: внутренние связи и внешние влияния»,Журнал достижений в области опасных материалов, 9, с. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. и др. (2022) «Метагеномный анализ выявил различия в составе и функциях между жидкостными и твердыми микроорганизмами рубца овец»,Границы микробиологии, 13, с. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Инь, Дж. и др. (2023) «Микробиота свиней Нинсян, страдающая ожирением, изменяет метаболизм карнитина, способствуя отложению жирных кислот в мышцах у худых свиней DLY»,Инновации, 4(5), с. 100486. дои: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Чжао, X. и др. (2023) «Метагеномное понимание потенциальных рисков, связанных с типичными биологическими/неразлагаемыми пластиковыми и непластическими отходами в верхнем и нижнем течении устья Хайхэ, Китай»,Наука об общей окружающей среде, 887, с. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.