page_head_bg

Товары

Метагеномное секвенирование (NGS)

Метагеном относится к совокупности всего генетического материала смешанного сообщества организмов, такого как метагеном окружающей среды, метагеном человека и т. Д. Он содержит геномы как культивируемых, так и некультивируемых микроорганизмов.Метагеномное секвенирование - это молекулярный инструмент, используемый для анализа смешанных геномных материалов, извлеченных из образцов окружающей среды, который предоставляет подробную информацию о разнообразии и численности видов, структуре популяции, филогенетических отношениях, функциональных генах и корреляционной сети с факторами окружающей среды.

Платформа:Иллюмина НоваСек6000


Сведения об услуге

Демонстрационные результаты

Тематическое исследование

Преимущества услуги

ØИзоляция и отсутствие культивирования для профилирования микробного сообщества

ØВысокое разрешение при обнаружении малочисленных видов в пробах окружающей среды

ØИдея «мета-» объединяет все биологические особенности на функциональном, видовом и генном уровне, что отражает динамическое представление, более близкое к реальности.

ØBMK накопила огромный опыт работы с различными типами образцов, обработав более 10 000 образцов.

Спецификации услуг

Последовательность действийПлатформа

Библиотека

Рекомендуемый объем данных

Расчетное время оборота

Иллюмина НоваСек 6000

ПЭ250

Теги 50K/100K/300K

30 дней

Биоинформатический анализ

üКонтроль качества исходных данных

üСборка метагенома

üНеизбыточный набор генов и аннотация

üАнализ видового разнообразия

üАнализ разнообразия генетических функций

üМежгрупповой анализ

üАссоциативный анализ с экспериментальными факторами

2

Требования к образцам и доставка

Образец Требования:

ЗаЭкстракты ДНК:

Тип образца

Количество

Концентрация

Чистота

Экстракты ДНК

> 30 нг

> 1 нг/мкл

Внешний диаметр 260/280 = 1,6-2,5

Для проб окружающей среды:

Тип образца

Рекомендуемая процедура отбора проб

Почва

Объем выборки: ок.5 г;Остатки засохшего вещества необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы в стерильных EP-пробирках или криопробирках для резервирования.

Фекалии

Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования.

Содержимое кишечника

Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Вымойте собранную ткань с PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадок в EP-пробирки.

Осадок

Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную пробирку EP или криопробирку для резервирования.

Водоем

Для образца с ограниченным количеством микробов, такого как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр 0,22 мкм, чтобы обогатить микробы на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке.

Кожа

Осторожно соскоблите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите его в стерильную пробирку.

Рекомендуемая доставка образцов

Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при температуре -80 градусов для длительного хранения.Требуется доставка образца с сухим льдом.

Сервисный рабочий процесс

logo_02

Доставка образцов

logo_04

Строительство библиотеки

logo_05

Последовательность действий

logo_06

Анализ данных

logo_07

Послепродажное обслуживание


  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 1.Гистограмма: распределение видов

    3

    2. Функциональные гены, аннотированные к метаболическим путям KEGG.

    4

    3.Тепловая карта: дифференциальные функции, основанные на относительной распространенности генов.54. Circos генов устойчивости к антибиотикам CARD

    6

    Дело БМК

    Распространенность генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в почвенно-корневом континууме мангровых зарослей

    Опубликовано:Журнал опасных материалов, 2021 г.

    Стратегия секвенирования:

    Материалы: экстракты ДНК четырех фрагментов образцов, связанных с корнями мангровых зарослей: незасаженной почвы, ризосферы, эписферы и эндосферы.
    Платформа: Illumina HiSeq 2500
    Цели: Метагеном
    Ген 16S рРНК V3-V4 область

    Ключевые результаты

    Метагеномное секвенирование и профилирование метабаркодирования на почвенно-корневом континууме саженцев мангровых зарослей были обработаны для изучения распространения генов устойчивости к антибиотикам (ARG) из почвы в растения.Метагеномные данные показали, что 91,4% генов устойчивости к антибиотикам обычно идентифицируются во всех четырех упомянутых выше почвенных компартментах, что демонстрирует непрерывный характер.Секвенирование ампликона 16S рРНК дало 29 285 последовательностей, представляющих 346 видов.В сочетании с профилированием видов с помощью секвенирования ампликонов было обнаружено, что это распространение не зависит от корневой микробиоты, однако ему может способствовать мобильность генетических элементов.Это исследование определило поток ARG и патогенов из почвы в растения через взаимосвязанный почвенно-корневой континуум.

    Справка

    Ван К., Ху Р., Стронг П.Дж., Чжуан В. и Шу Л.(2020).Преобладание генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в почвенно-корневом континууме мангровых зарослей.Журнал опасных материалов, 408, 124985.

    получить цитату

    Напишите свое сообщение здесь и отправьте его нам

    Отправьте нам свое сообщение: