Метагеномное секвенирование (NGS)
Преимущества услуги
ØИзоляция и отсутствие культивирования для профилирования микробного сообщества
ØВысокое разрешение при обнаружении малочисленных видов в пробах окружающей среды
ØИдея «мета-» объединяет все биологические особенности на функциональном, видовом и генном уровне, что отражает динамическое представление, более близкое к реальности.
ØBMK накопила огромный опыт работы с различными типами образцов, обработав более 10 000 образцов.
Спецификации услуг
| Последовательность действийПлатформа | Библиотека | Рекомендуемый объем данных | Расчетное время оборота |
| Иллюмина НоваСек 6000 | ПЭ250 | Теги 50K/100K/300K | 30 дней |
Биоинформатический анализ
üКонтроль качества исходных данных
üСборка метагенома
üНеизбыточный набор генов и аннотация
üАнализ видового разнообразия
üАнализ разнообразия генетических функций
üМежгрупповой анализ
üАссоциативный анализ с экспериментальными факторами
Требования к образцам и доставка
Образец Требования:
ЗаЭкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| Экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | Внешний диаметр 260/280 = 1,6-2,5 |
Для проб окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Почва | Объем выборки: ок.5 г;Остатки засохшего вещества необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы в стерильных EP-пробирках или криопробирках для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Вымойте собранную ткань с PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадок в EP-пробирки. |
| Осадок | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную пробирку EP или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для образца с ограниченным количеством микробов, такого как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр 0,22 мкм, чтобы обогатить микробы на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно соскоблите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите его в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при температуре -80 градусов для длительного хранения.Требуется доставка образца с сухим льдом.
Сервисный рабочий процесс
Доставка образцов
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1.Гистограмма: распределение видов
2. Функциональные гены, аннотированные к метаболическим путям KEGG.
3.Тепловая карта: дифференциальные функции, основанные на относительной распространенности генов.
4. Circos генов устойчивости к антибиотикам CARD
Дело БМК
Распространенность генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в почвенно-корневом континууме мангровых зарослей
Опубликовано:Журнал опасных материалов, 2021 г.
Стратегия секвенирования:
Материалы: экстракты ДНК четырех фрагментов образцов, связанных с корнями мангровых зарослей: незасаженной почвы, ризосферы, эписферы и эндосферы.
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Цели: Метагеном
Ген 16S рРНК V3-V4 область
Ключевые результаты
Метагеномное секвенирование и профилирование метабаркодирования на почвенно-корневом континууме саженцев мангровых зарослей были обработаны для изучения распространения генов устойчивости к антибиотикам (ARG) из почвы в растения.Метагеномные данные показали, что 91,4% генов устойчивости к антибиотикам обычно идентифицируются во всех четырех упомянутых выше почвенных компартментах, что демонстрирует непрерывный характер.Секвенирование ампликона 16S рРНК дало 29 285 последовательностей, представляющих 346 видов.В сочетании с профилированием видов с помощью секвенирования ампликонов было обнаружено, что это распространение не зависит от корневой микробиоты, однако ему может способствовать мобильность генетических элементов.Это исследование определило поток ARG и патогенов из почвы в растения через взаимосвязанный почвенно-корневой континуум.
Справка
Ван К., Ху Р., Стронг П.Дж., Чжуан В. и Шу Л.(2020).Преобладание генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в почвенно-корневом континууме мангровых зарослей.Журнал опасных материалов, 408, 124985.
