Метагеномное секвенирование -NGS
Преимущества сервиса
● Отсутствие изоляции и культивирования для составления профиля микробного сообщества.
● Высокое разрешение при обнаружении малочисленных видов в пробах окружающей среды.
● Идея «мета-» объединяет все биологические особенности на функциональном, видовом и генном уровне, что отражает динамический взгляд, более близкий к реальности.
● Компания BMK накопила огромный опыт работы с различными типами проб: было обработано более 10 000 проб.
Технические характеристики услуги
| Платформа | Последовательность действий | Рекомендуемые данные | Время оборота |
| Иллюмина НоваСек 6000 | ПЭ150 | 6 г/10 г/20 г | 45 рабочих дней |
Биоинформатический анализ
● Контроль качества исходных данных.
● Сборка метагенома.
● Неизбыточный набор генов и аннотации.
● Анализ видового разнообразия.
● Анализ разнообразия генетических функций.
● Межгрупповой анализ
● Анализ ассоциаций с экспериментальными факторами.
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Дляэкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
Для образцов окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Земля | Объем выборки: ок.5 г;Оставшееся засохшее вещество необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы помещают в стерильные EP-пробирки или пробирки для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильные EP-пробирки или криопробирки для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Промойте собранную ткань PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадитель в EP-пробирки. |
| шлам | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для проб с ограниченным количеством микробов, таких как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр с размером пор 0,22 мкм для обогащения микробов на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно очистите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите ее в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при -80 градусах для длительного хранения.Требуется доставка образцов с сухим льдом.
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1. Гистограмма: Распространение видов.
2. Функциональные гены, связанные с метаболическими путями KEGG.
3. Тепловая карта: дифференциальные функции, основанные на относительном обилии генов.
4. Цирк генов устойчивости к антибиотикам CARD.
Дело БМК
Распространенность генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в континууме почва-корни мангровых деревьев
Опубликовано:Журнал опасных материалов, 2021 г.
Стратегия секвенирования:
Материалы: экстракты ДНК четырех фрагментов корней мангровых деревьев, связанных с образцами: незасаженная почва, ризосфера, эписфера и эндосфера.
Платформа: Illumina HiSeq 2500.
Цели: Метагеном
Область V3-V4 гена 16S рРНК
Ключевые результаты
Метагеномное секвенирование и профилирование метабаркодирования почвенно-корневого континуума саженцев мангровых деревьев были обработаны с целью изучения распространения генов устойчивости к антибиотикам (ARG) из почвы в растения.Метагеномные данные показали, что 91,4% генов устойчивости к антибиотикам обычно идентифицируются во всех четырех упомянутых выше компартментах почвы, что демонстрирует непрерывный характер.Секвенирование ампликона 16S рРНК позволило получить 29 285 последовательностей, представляющих 346 видов.В сочетании с профилированием видов путем секвенирования ампликонов было обнаружено, что это распространение не зависит от микробиоты, связанной с корнями, однако ему может способствовать мобильность генетических элементов.Это исследование выявило поток ARG и патогенов из почвы в растения через взаимосвязанный почвенно-корневой континуум.
Ссылка
Ван К., Ху Р., Стронг П.Дж., Чжуан В. и Шу Л.(2020).Распространенность генов устойчивости к антибиотикам и бактериальных патогенов в континууме почва-корни мангровых зарослей.Журнал опасных материалов, 408, 124985.
