Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-PacBio
Преимущества сервиса
● Лонгриды, раскрывающие полную последовательность 16S/18S/ITS.
● Высокоточный вызов баз с помощью секвенирования в режиме PacBio CCS.
● Разрешение на уровне вида в аннотации OTU/ASV.
● Новейший поток анализа QIIME2 с разнообразным анализом с точки зрения базы данных, аннотаций, OTU/ASV.
● Применимо к разнообразным исследованиям микробного сообщества.
● BMK обладает обширным опытом работы с более чем 100 000 проб в год, включая почву, воду, газ, ил, фекалии, кишечник, кожу, ферментационный бульон, насекомых, растения и т. д.
● BMKCloud упрощает интерпретацию данных, содержащая 45 персонализированных инструментов анализа.
Технические характеристики услуги
| Последовательность действийПлатформа | Библиотека | Рекомендуемые данные | Время оборота |
| ПакБио Продолжение II | SMRT-звонок | Теги 5K/10K/20K | 44 рабочих дня |
Биоинформатический анализ
● Контроль качества исходных данных.
● Кластеризация OTU/подавление шума (ASV).
● аннотация OTU.
● Альфа-разнообразие
● Бета-разнообразие
● Межгрупповой анализ
● Анализ ассоциаций с экспериментальными факторами.
● Предсказание функции гена
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Дляэкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| экстракты ДНК | > 1 мкг | > 20 нг/мкл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
Для образцов окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Земля | Объем выборки: ок.5 г;Оставшееся засохшее вещество необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы помещают в стерильные EP-пробирки или пробирки для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильные EP-пробирки или криопробирки для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Промойте собранную ткань PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадитель в EP-пробирки. |
| шлам | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для проб с ограниченным количеством микробов, таких как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр с размером пор 0,22 мкм для обогащения микробов на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно очистите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите ее в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при -80 градусах для длительного хранения.Требуется доставка образцов с сухим льдом.
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1. Частота аннотаций профилирования микробного сообщества на основе V3 + V4 (Illumina) по сравнению с полноразмерным профилированием (PacBio).
(Для статистики были использованы данные 30 случайно выбранных проектов)
2. Частота аннотаций полноразмерного секвенирования ампликонов на видовом уровне в различных типах образцов.
3. Распространение видов.
4.Филогенетическое древо.
Дело БМК
Воздействие мышьяка вызывает повреждение кишечного барьера и последующую активацию оси кишечник-печень, что приводит к воспалению и пироптозу печени у уток.
Опубликовано:Наука об общей окружающей среде,2021 год
Стратегия секвенирования:
Образцы: контрольная группа по сравнению с группой, подвергшейся воздействию АТО в дозе 8 мг/кг.
Выход данных секвенирования: всего 102 583 необработанных последовательностей CCS.
Контроль: 54 518 ± 747 эффективных CCS
Воздействие ATO: 45 050 ± 1 675 эффективных CCS
Ключевые результаты
Альфа-разнообразие:Воздействие АТО значительно изменило микробное богатство и разнообразие кишечника уток.
Метастатический анализ:
На уровне типа: 2 типа бактерий обнаружены только в контрольных группах.
На уровне рода: обнаружено 6 родов, значительно различающихся по относительной численности.
На видовом уровне: всего выявлено 36 видов, из них 6 существенно различаются по относительной численности.
Ссылка
Тингхольм, Л.Б. и др.«Люди, страдающие ожирением, с диабетом 2 типа и без него, демонстрируют различную функциональную способность и состав кишечных микробов».Клетка-хозяин и микроб26.2(2019).
