Секвенирование фрагментов, амплифицированных в конкретном локусе (SLAF-Seq)
Рабочий процесс
Данная услуга включает в себя предварительное проектирование с помощью компьютерного моделирования, гарантирующее оптимальный выбор ферментов при подготовке библиотеки.
Техническая схема
Функции сервиса
● Секвенирование на приборе NovaSeq с использованием платформы PE150.
● Подготовка библиотеки с использованием двойного штрихкодирования, позволяющая объединять более 1000 образцов.
● Не зависит от референсного генома:
С использованием референсного генома: обнаружение однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и инсерций/делеций
Без референсного генома: кластеризация образцов и обнаружение SNP.
● Вin-silicoНа этапе предварительного проектирования проводится скрининг множества комбинаций рестрикционных ферментов для поиска тех, которые обеспечивают равномерное распределение SLAF-меток по всему геному.
● В ходе предварительного эксперимента были протестированы три комбинации ферментов на 3 образцах для создания 9 библиотек SLAF, и эта информация была использована для выбора оптимальной комбинации рестрикционных ферментов для проекта.
Преимущества сервиса
●Высокоэффективное обнаружение генетических маркеровМы используем высокопроизводительную систему двойного штрихкодирования, позволяющую одновременно секвенировать большие популяции, и амплификацию, специфичную для локуса, что повышает эффективность и гарантирует соответствие количества меток разнообразным требованиям различных исследовательских задач.
● Низкая зависимость от геномаЭтот метод может применяться к видам, имеющим или не имеющим референсный геном.
●Гибкая схема проектированияДля решения различных исследовательских задач или при работе с разными видами животных можно выбрать одноферментное, двухферментное, многоферментное расщепление, а также различные типы ферментов.
● Высокая эффективность ферментативного расщепленияПроведениеin-silicoПредварительное проектирование и предварительный эксперимент гарантируют оптимальную конструкцию с равномерным распределением SLAF-тегов на хромосоме (1 SLAF-тег/4 кб) и уменьшением количества повторяющихся последовательностей (<5%).
●Обширный опытМы привносим богатый опыт в каждый проект, имея за плечами более 5000 завершенных проектов SLAF-Seq по сотням видов, включая растения, млекопитающих, птиц, насекомых и водных организмов.
● Разработанный нами биоинформатический рабочий процессМы разработали интегрированный биоинформатический рабочий процесс для SLAF-Seq, чтобы обеспечить надежность и точность конечного результата.
Технические характеристики услуги
| Тип анализа | Рекомендуемый масштаб численности населения | Стратегия секвенирования | |
| Глубина секвенирования тегов | Номер метки | ||
| Генетические карты | 2 родителя и более 150 потомков | Родители: 20-кратное полногеномное секвенирование Потомство: 10x | Размер генома: <400 Мб: рекомендуется полногеномное секвенирование (WGS). <1 Гб: 100 тыс. тегов 1-2 Гб:: 200 тыс. тегов >2 Гб: 300 тыс. тегов Максимальное количество тегов: 500 тыс. |
| Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) | ≥200 образцов | 10x | |
| Генетическая эволюция | ≥30 образцов, из каждой подгруппы более 10 образцов. | 10x | |
Требования к обслуживанию
Концентрация ≥ 5 нг/мкл
Общее количество ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Агарозный гель: отсутствие или минимальное разрушение или загрязнение.
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл.
(Для большинства образцов мы рекомендуем не хранить их в этаноле)
Маркировка образцов: Образцы должны быть четко обозначены и идентичны информации, указанной в предоставленной форме с данными об образцах.
Отправка: Сухой лед: Образцы необходимо предварительно упаковать в пакеты и засыпать сухим льдом.
Рабочий процесс обслуживания
Образец контроля качества
Пилотный эксперимент
SLAF-эксперимент
Подготовка библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Наш биоинформатический анализ включает в себя:
Контроль качества данных и обрезка данных для удаления богатых азотом прочтений, прочтений с адаптерами или прочтений низкого качества.
Второй этап контроля качества очищенных прочтений включает проверку распределения оснований, качества последовательности и оценку данных, а также проверку эффективности расщепления и полученных вставок.
После проверки результатов чтения есть два варианта:
- Картирование на референсный геном
- Без референсного генома: кластеризация
После этого анализ SLAF-тегов используется для выявления вариантов, помогающих в обнаружении маркеров: SNP, InDel, SNV, CV и их аннотирование.
Распределение SLAF-меток на хромосомах:
Распределение однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) по хромосомам:
Аннотация SNP
Цзян С., Ли С., Ло Дж., Ван С. и Ши С. (2023) Картирование QTL и транскриптомный анализ содержания сахара в процессе созревания плодовPyrus pyrifolia.Фронт. Наука о растениях.14:1137104. дои: 10.3389/fpls.2023.1137104
Ли, Дж., Чжан, Ю., Ма, Р., Хуан, В., Хоу, Дж., Фан, Ч., и Сунь, Л. (2022). Идентификация st1 выявляет селекцию, включающую в себя «попутное» изменение морфологии семян и содержания масла в процессе одомашнивания сои.Журнал биотехнологии растений, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сюй П., Чжан Х., Ван Х.и др.Последовательность генома и генетическое разнообразие обыкновенного карпа.Cyprinus carpio.Нат Генет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Чжуан В., Чен Х., Ян М.и др.Геном культивируемого арахиса позволяет получить представление о кариотипах бобовых, эволюции полиплоидии и одомашнивании сельскохозяйственных культур.Нат Генет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Год | Журнал | IF | Заголовок | Приложения |
| 2022 | Nature Communications | 17.694 | Геномная основа гига-хромосом и гига-генома древовидного пиона Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Новый фитолог | 7.433 | Следы одомашнивания закрепляют в геноме регионы, имеющие важное агрономическое значение. соевые бобы | SLAF-GWAS |
| 2022 | Журнал передовых исследований | 12.822 | Искусственная интрогрессия генома Gossypium barbadense в G. hirsutum выявление оптимальных локусов для одновременного улучшения качества и урожайности хлопкового волокна черты | SLAF — Эволюционная генетика |
| 2019 | Молекулярное растение | 10.81 | Популяционный геномный анализ и сборка de novo позволяют выявить происхождение сорняка. Рис как эволюционная игра | SLAF — Эволюционная генетика |
| 2019 | Природа генетики | 31.616 | Последовательность генома и генетическое разнообразие обыкновенного карпа (Cyprinus carpio). | Карта транспортного сообщения ВВС Шри-Ланки |
| 2014 | Природа генетики | 25.455 | Геном культивируемого арахиса позволяет получить представление о кариотипах бобовых, в частности, о полиплоидных формах. эволюция и одомашнивание сельскохозяйственных культур. | Карта транспортного сообщения ВВС Шри-Ланки |
| 2022 | Журнал биотехнологии растений | 9.803 | Идентификация ST1 выявляет селекцию, включающую эффект «попутного» изменения морфологии семян. и содержание масла в процессе одомашнивания сои. | Разработка маркера ВВС Шри-Ланки |
| 2022 | Международный журнал молекулярных наук | 6.208 | Идентификация и разработка ДНК-маркеров для 2Ns (2D) пшеницы Leymus mollis Дисомная замена хромосом | Разработка маркера ВВС Шри-Ланки |
| Год | Журнал | IF | Заголовок | Приложения |
| 2023 | Границы науки о растениях | 6.735 | Картирование QTL и транскриптомный анализ содержания сахара в процессе созревания плодов Pyrus pyrifolia | Генетическая карта |
| 2022 | Журнал биотехнологии растений | 8.154 | Идентификация ST1 выявляет селекцию, включающую «цепочку» изменений морфологии семян и содержания масла в процессе одомашнивания сои.
| ШНП звонит |
| 2022 | Границы науки о растениях | 6.623 | Полногеномное ассоциативное картирование фенотипов ячменя без оболочки в условиях засухи.
| GWAS |
