Погрузитесь в потенциал изучения дикого разнообразия исследовательских видов, примером которого является ключевой случай, полученный от клиентов BMKGENE.Недавно опубликованная в выпуске «Журнала биотехнологии растений» за этот год статья под названием «Геном дикой гевеи бразильской на уровне хромосом: расширение возможностей геномной селекции и обнаружение жизненно важных локусов для повышения выхода каучука» является ценным справочным материалом.
Бразильское каучуковое дерево (Hevea brasiliensis) является основным источником натурального каучука.За последнее столетие традиционные методы селекции привели к шестикратному росту производства каучука.Тем не менее, лежащая в основе генетическая основа, ответственная за потенциальное повышение урожайности каучука, остается загадочной.
В рамках данного исследования было создано геном дикого каучукового дерева на уровне хромосом с использованием синергии длинносчитываемого секвенирования Nanopore, секвенирования NGS Illumina и технологии Hi-C.
Параллельно с этим была собрана коллекция из 147 ресурсов зародышевой плазмы, включающая высокопродуктивные вариации, дикие штаммы и родственные виды, для комплексного полногеномного ресеквенирования (WGS) с использованием платформы Illumina.Последующие данные секвенирования подверглись тщательному анализу популяционной генетики, что позволило проанализировать популяционную структуру, разнообразие и неравновесие по сцеплению.Этот анализ пролил свет на различия в одомашнивании разных популяций.
Дальнейшие исследования включали анализ, включающий Fst, π, Tajima D и LD, с целью выявить сигналы селекции, возникающие в результате улучшения выхода латекса, особенно с упором на клоны Уикхема.
В результате полногеномного ассоциативного анализа (GWAS) были выявлены маркеры, связанные с признаками урожайности, а затем и гены, связанные с урожайностью.Первоначальная проверка выявила различную транскрипционную активность у разных мутантов двух генов ERF, что дало предварительное представление об их функциональном значении.Дальнейшее подтверждение запланировано в рамках предстоящих исследований.
BMKGENE гордится тем, что вносит свой вклад в масштабное полногеномное секвенирование этой значительной популяции, а также играет важную роль в биоинформатическом анализе.Наш обширный опыт охватывает секвенирование NGS/TGS и мультиомный биоинформатический анализ более 1000 видов.Мы с нетерпением ждем возможности сотрудничать с вами в ваших предстоящих проектах.
Нажмите здесь, чтобыузнать больше об этом исследовании
Время публикации: 29 августа 2023 г.