Pasinerkite į laukinių tiriamųjų rūšių įvairovę tyrinėjant potencialą, kaip pavyzdys yra pagrindinis BMKGENE klientų atvejis.Neseniai šių metų „Plant Biotechnology Journal“ leidime paskelbtas straipsnis „Chromosomų lygio laukinis Hevea brasiliensis genomas: genomo pagalba skatinamo veisimo įgalinimas ir gyvybiškai svarbių lokusų atradimas siekiant padidinti gumos derlių“ yra vertinga nuoroda.
Brazilijos kaučiuko medis (Hevea brasiliensis) yra pagrindinis natūralaus kaučiuko šaltinis.Per praėjusį šimtmetį tradicinės veisimo metodikos paskatino šešis kartus padidinti gumos gamybą.Tačiau pagrindinė genetinė uoliena, atsakinga už galimą gumos derlingumo padidėjimą, išlieka mįslinga.
Šiame tyrime buvo pradėtas kurti laukinio kaučiuko medžio chromosomų lygio genomas, naudojant Nanopore ilgai skaityto sekos, Illumina NGS sekos ir Hi-C technologijos sinergiją.
Lygiagrečiai, naudojant Illumina platformą, buvo surinkta 147 gemalo plazmos išteklių, apimančių didelio derlingumo variacijas, laukines padermes ir susijusias rūšis, kolekcija, skirta visapusiškam viso genomo pakartotiniam sekvenavimui (WGS).Gautiems sekos duomenims buvo atlikta griežta populiacijos genetikos analizė, leidžianti išsklaidyti populiacijos struktūrą, įvairovę ir ryšių disbalansą.Ši analizė atskleidė prijaukinimo skirtumus įvairiose populiacijose.
Tolesni tyrimai apėmė analizę, apimančią Fst, π, Tajima D ir LD, siekiant atskleisti atrankos signalus, kylančius dėl pagerėjusio latekso derlingumo, ypač sutelkiant dėmesį į Wickham klonus.
Pasibaigus genomo masto asociacijos analizei (GWAS), buvo tiksliai nustatyti žymenys, susiję su derliaus savybėmis ir vėliau su derliumi susijusiais genais.Pradinis patvirtinimas atskleidė išskirtinę transkripcijos veiklą skirtinguose dviejų ERF genų mutantuose, suteikdama išankstinį žvilgsnį į jų funkcinę reikšmę.Tolesnis patvirtinimas numatytas būsimuose tyrimuose.
BMKGENE didžiuojasi prisidėjusi prie plataus šios didelės populiacijos viso genomo pakartotinio sekos nustatymo, taip pat svarbaus vaidmens bioinformatikos analizėje.Mūsų didžiulė patirtis apima NGS / TGS sekos nustatymą ir multiomikos bioinformatikos analizę, apimančią daugiau nei 1000 rūšių.Tikimės, kad būsimuose projektuose galėsime bendradarbiauti su jumis.
Spustelėkite čia norėdamisužinoti daugiau apie šį tyrimą
Paskelbimo laikas: 2023-08-29