BMKGENE'nin müşterilerinden alınan çok önemli bir vakayla örneklendirilen yabani araştırma türlerini inceleme potansiyelini keşfedin.Bitki Biyoteknolojisi Dergisi'nin bu yılki sayısında yakın zamanda yayınlanan "Kromozom Düzeyinde Yabani Hevea brasiliensis Genomu: Genomik Destekli Yetiştiriciliğin Güçlendirilmesi ve Yükseltilmiş Kauçuk Verimi için Hayati Loci'lerin Ortaya Çıkarılması" başlıklı makale değerli bir referans olarak duruyor.
Brezilya kauçuk ağacı (Hevea brasiliensis) çok önemli bir doğal kauçuk kaynağı olarak dimdik ayakta duruyor.Geçtiğimiz yüzyıl boyunca geleneksel yetiştirme metodolojileri, kauçuk üretiminde altı katlık dikkate değer bir artışı tetikledi.Ancak potansiyel kauçuk verimi artışından sorumlu olan altta yatan genetik temel hala esrarengiz olmaya devam ediyor.
Bu çalışma, Nanopore uzun okumalı dizileme, Illumina NGS dizileme ve Hi-C teknolojisinin sinerjisini kullanarak yabani kauçuk ağacı için kromozom düzeyinde bir genom oluşturmaya başladı.
Buna paralel olarak, yüksek verimli varyasyonları, yabani türleri ve ilgili türleri kapsayan 147 germplazma kaynağından oluşan bir hazine, Illumina platformunu kullanarak kapsamlı tüm genom yeniden dizilemesi (WGS) için bir araya getirildi.Elde edilen sıralama verileri, popülasyon yapısının, çeşitliliğin ve bağlantı dengesizliğinin incelenmesine olanak tanıyan sıkı bir popülasyon genetiği analizine tabi tutuldu.Bu analiz, popülasyonlar arasındaki evcilleştirme farklılıklarına ışık tutuyor.
Daha ileri araştırmalar Fst, π, Tajima'nın D ve LD'sini kapsayan ve özellikle Wickham klonlarına odaklanan gelişmiş lateks veriminden kaynaklanan seçim sinyallerini açığa çıkarmayı amaçlayan analizleri içeriyordu.
Genom çapında birleşim analizi (GWAS) ile sonuçlanan verim özelliklerine ve ardından verimle ilgili genlere bağlı işaretleyiciler belirlendi.İlk doğrulama, iki ERF geni için farklı mutantlar arasında ayırt edici transkripsiyonel aktiviteleri ortaya çıkardı ve bunların işlevsel önemine dair bir ön bakış sağladı.Gelecek araştırmalarda daha fazla doğrulama yapılması planlanıyor.
BMKGENE, biyoinformatik analizde önemli bir rol oynamanın yanı sıra, bu büyük popülasyonun kapsamlı tüm genom yeniden dizilenmesine katkıda bulunmaktan gurur duymaktadır.Engin deneyimimiz, 1000'den fazla türden oluşan bir dizide NGS/TGS dizilimini ve multiomik biyoenformatik analizini kapsar.Gelecek projelerinizde sizinle ortak olma ihtimalini sabırsızlıkla bekliyoruz.
Buraya TIKLAYINIZBu çalışma hakkında daha fazla bilgi edinin
Gönderim zamanı: Ağu-29-2023