Tauchen Sie ein in das Potenzial der Untersuchung der wilden Vielfalt von Forschungsarten, beispielhaft dargestellt durch einen entscheidenden Fall von BMKGENE-Kunden.Der kürzlich in der diesjährigen Ausgabe des Plant Biotechnology Journal veröffentlichte Artikel mit dem Titel „Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield“ ist eine wertvolle Referenz.
Der brasilianische Kautschukbaum (Hevea brasiliensis) ist eine wichtige Naturkautschukquelle.Im Laufe des letzten Jahrhunderts führten traditionelle Züchtungsmethoden zu einem bemerkenswerten sechsfachen Anstieg der Kautschukproduktion.Dennoch bleibt das zugrunde liegende genetische Fundament, das für eine mögliche Steigerung des Kautschukertrags verantwortlich ist, rätselhaft.
Diese Studie begann mit der Konstruktion eines Genoms auf Chromosomenebene für den wilden Kautschukbaum und nutzte dabei eine Synergie aus Nanopore-Long-Read-Sequenzierung, Illumina-NGS-Sequenzierung und Hi-C-Technologie.
Parallel dazu wurde mithilfe der Illumina-Plattform eine Sammlung von 147 Keimplasma-Ressourcen zusammengestellt, die ertragreiche Variationen, Wildstämme und verwandte Arten für eine umfassende Gesamtgenom-Resequenzierung (WGS) umfassen.Die daraus resultierenden Sequenzierungsdaten wurden einer strengen populationsgenetischen Analyse unterzogen, die die Analyse der Populationsstruktur, der Diversität und des Verknüpfungsungleichgewichts ermöglichte.Diese Analyse beleuchtet die Domestikationsunterschiede zwischen Populationen.
Weitere Untersuchungen umfassten Analysen von Fst, π, Tajima's D und LD mit dem Ziel, Selektionssignale aufzudecken, die sich aus einer verbesserten Latexausbeute ergeben, wobei der Schwerpunkt insbesondere auf Wickham-Klonen lag.
Als Abschluss einer genomweiten Assoziationsanalyse (GWAS) wurden Marker identifiziert, die mit Ertragsmerkmalen und anschließend ertragsbezogenen Genen verknüpft sind.Die erste Validierung enthüllte unterschiedliche Transkriptionsaktivitäten zwischen verschiedenen Mutanten für zwei ERF-Gene und gab einen ersten Einblick in deren funktionelle Bedeutung.Weitere Bestätigungen sind im Rahmen der kommenden Forschung geplant.
BMKGENE ist stolz darauf, zur umfassenden Neusequenzierung des gesamten Genoms dieser großen Population beizutragen und eine wesentliche Rolle bei der bioinformatischen Analyse zu spielen.Unsere umfangreiche Erfahrung umfasst NGS/TGS-Sequenzierung und Multiomics-Bioinformatikanalyse für eine Reihe von über 1000 Arten.Wir freuen uns auf die Aussicht, mit Ihnen bei Ihren kommenden Projekten zusammenzuarbeiten.
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Zeitpunkt der Veröffentlichung: 29. August 2023