lncRNA
Длинные некодирующие РНК (lncRNA) — это РНК длиной более 200 нуклеотидов с низким кодирующим потенциалом, но обладающие критически важными регуляторными функциями. Конвейер обработки lncRNA в BMKCloud предназначен для анализа библиотек с дефицитом рРНК с использованием высококачественного, хорошо аннотированного референсного генома путем совместного анализа экспрессии lncRNA и мРНК. После обрезки ридов и контроля качества, риды выравниваются по референсному геному для сборки транскриптов, а последующий анализ структуры генов выявляет альтернативный сплайсинг и новые гены. Транскрипты идентифицируются как мРНК или lncRNA, а анализ дифференциальной экспрессии идентифицирует дифференциально экспрессируемые lncRNA, их мишени и дифференциально экспрессируемые гены (DEGS). Как DEGs, так и мишени дифференциально экспрессируемых lncRNA функционально аннотируются для выявления обогащенных функциональных категорий.
Биоинформатика
