BMKCloud لاگ ان ٿيو
1

mRNA-seq (NGS) حوالي جينوم سان

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) حوالي جينوم سان

آر اين اي-سيڪ زندگي ۽ فصلن جي سائنس ۾ هڪ معياري اوزار آهي، جيڪو جينومز ۽ پروٽيومز جي وچ ۾ فرق کي ختم ڪري ٿو. ان جي طاقت نئين ٽرانسڪرپٽ کي دريافت ڪرڻ ۽ هڪ امتحان ۾ انهن جي اظهار جي مقدار کي طئي ڪرڻ ۾ آهي. اهو وڏي پيماني تي تقابلي ٽرانسڪرپٽوميڪ مطالعي لاءِ استعمال ڪيو ويندو آهي، مختلف خاصيتن يا فينوٽائپس سان لاڳاپيل جين تي روشني وجهڻ، جهڙوڪ ميوٽنٽ کي جهنگلي قسمن سان مقابلو ڪرڻ يا مخصوص حالتن هيٺ جين اظهار کي ظاهر ڪرڻ. BMKCloud mRNA (حوالو) APP اظهار جي مقدار، فرق جي اظهار جي تجزيي (DEG)، ۽ ترتيب جي جوڙجڪ جي تجزين کي mRNA-seq (NGS) بايو انفارميٽڪس پائپ لائن ۾ ضم ڪري ٿو ۽ ساڳئي سافٽ ويئر جي طاقت کي ضم ڪري ٿو، سهولت ۽ صارف دوستي کي يقيني بڻائي ٿو. استعمال ڪندڙ پنهنجي RNA-سيڪ ڊيٽا کي ڪلائوڊ تي اپلوڊ ڪري سگهن ٿا، جتي ايپ هڪ جامع، هڪ اسٽاپ بايو انفارميٽڪ تجزيو حل پيش ڪري ٿي. اضافي طور تي، اهو گراهڪ جي تجربي کي ترجيح ڏئي ٿو، صارفين جي مخصوص ضرورتن مطابق ذاتي آپريشن پيش ڪري ٿو. استعمال ڪندڙ پيرا ميٽر سيٽ ڪري سگھن ٿا ۽ پاڻ پائپ لائن مشن جمع ڪرائي سگھن ٿا، انٽرايڪٽو رپورٽ چيڪ ڪري سگھن ٿا، ڊيٽا/ڊاگرام ڏسي سگھن ٿا ۽ ڊيٽا مائننگ مڪمل ڪري سگھن ٿا، جھڙوڪ: ٽارگيٽ جين چونڊ، فنڪشنل ڪلسٽرنگ، ڊاگرامنگ، وغيره.

ڊيمو نتيجا
ڊيٽا مائننگ
درآمد جي گهرج
مکيه تجزيو
حوالي
ڊيمو نتيجا

ڊيٽا مائننگ

درآمد جي گهرج

پليٽ فارم:ايلومينيا، ايم جي آءِ
حڪمت عملي:آر اين اي-سيڪ
لي آئوٽ: صاف ٿيل، ڊيٽا صاف ڪريو.
لائبريري جو قسم:fr-unstranded، fr-firststrand يا fr-secondstrand
پڙهڻ جي ڊيگهه:150 بي پي
فائل جو قسم:*.fastq، *.fq، *.fastq.gz يا *.fq.gz. سسٽم ڪندوخودڪار طريقي سان .fastq فائلن کي انهن جي فائل نالن مطابق جوڙيو،مثال طور *_1.fastq کي *._2.fastq سان جوڙيو ويو آهي.
نمونن جو تعداد:تعداد تي ڪابه پابندي ناهينمونن جو، پر تجزيو جو وقت وڌندو جيئن تعداد وڌندونمونا وڌندا آهن.
تجويز ڪيل ڊيٽا جي مقدار:6G في نمونو

مکيه تجزيو
mRNA-seq جا مکيه تجزيو ۽ بايو انفارميٽڪ اوزار (حوالو)پائپ لائن هن ريت آهي:
1. خام ڊيٽا ڪوالٽي ڪنٽرول:
•گهٽ معيار جي ترتيبن کي ختم ڪرڻ، اڊاپٽر ترتيبن کي،وغيره؛
•اوزار: گھر ۾ ترقي يافته پائپ لائن؛
2. هڪ ريفرنس جينوم سان ڊيٽا جي ترتيب:
• پڙهڻ کي هڪ اسپلائس-آگاهي الگورتھم سان ترتيب ڏيڻ جي خلافحوالو جينوم.
•اوزار:HISAT2, سام ٽولز
3. لائبريري جي معيار جو تجزيو:
• ڊيگهه جو تجزيو داخل ڪريو، تسلسل جي سنترپتي جو تجزيو، وغيره؛
•اوزار:سام ٽولز;
4. تسلسل جي جوڙجڪ جو تجزيو:
•متبادل اسپلائسنگ تجزيو، جين جي جوڙجڪ جي اصلاح،نئين جين جي اڳڪٿي، وغيره؛
•اوزار:اسٽرنگ ٽائي, جي ايف ايف مقابلو ڪريو, گيٽڪ،هيرا, انٽر پرو اسڪين، ۽ايڇ ايم ايم اي آر.
5. تفريقي اظهار جو تجزيو:
•ڊي اي جي اسڪريننگ، ڪو-ريليشنشپ تجزيو، فنڪشنلافزودگي؛
مختلف بصري نتيجا;
Rسانايس اي جي سيڪ, ڊي سيڪ 2, جي جي پلاٽ 2, ڊي ايڪس سيڪ
حوالي
1. ڪِم، ديهوان ۽ ٻيا. "گراف تي ٻڌل جينوم الائنمينٽ ۽HISAT2 ۽ HISAT-جينوٽائپ سان جينوٽائپنگ.فطرتبايو ٽيڪنالاجي37 (2019): 907 - 915.
2. ميڪينا، آرون ۽ ٻيا. "جينوم تجزيي ٽول ڪٽ: هڪايندڙ نسل جي ڊي اين اي جي تجزيي لاءِ ميپ ريڊيس فريم ورڪڊيٽا جي ترتيب.جينوم جي تحقيق20 9 (2010): 1297-303.
3. لي، هينگ ۽ ٻيا. "ترتيب جي ترتيب/نقشي جي شڪل ۽ايس اي ايم ٽولز.بايو انفارميٽڪس25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea، Mihaela et al. "StringTie کي بهتر بڻائي ٿوآر اين اي-سيڪ ريڊز مان ٽرانسڪرپٽوم جي ٻيهر تعمير."فطرتبايو ٽيڪنالاجي33 (2015): 290-295.
5. لو، مائيڪل آءِ. وغيره. "ڦُٽڻ جي تبديلي جو معتدل اندازو ۽"DESeq2 سان RNA-seq ڊيٽا لاءِ ڊسڪشن.جينومحياتيات15 (2014): صفحو.
6. ايڊي، شان آر.. "تيز پروفائل ايڇ ايم ايم سرچز."پي ايل او ايس ڪمپيوٽيشنل بائيولاجي7 (2011): صفحو.

اقتباس حاصل ڪريو

پنهنجو پيغام هتي لکو ۽ اسان ڏانهن موڪليو

اسان ڏانهن پنهنجو پيغام موڪليو: