مڪمل ڊگھائي mRNA تسلسل-نانوپور
سروس فائدا
● گھٽ تسلسل تعصب
● مڪمل ڊگھي سي ڊي اين اي ماليڪيولز کي ظاهر ڪرڻ
● گھٽ ڊيٽا گھربل آھي ساڳئي نمبر نقلن کي ڍڪڻ لاءِ
● في جين جي ڪيترن ئي isoforms جي سڃاڻپ
● isoform سطح ۾ اظهار quantification
خدمت جي وضاحت
| لائبريري | پليٽ فارم | تجويز ڪيل ڊيٽا جي پيداوار (Gb) | معيار تي ضابطو |
| cDNA-PCR (Poly-A enriched) | نانوپور PromethION P48 | 6 Gb/نموني (منحصر جنس تي) | مڪمل ڊگھائي تناسب> 70٪ سراسري معيار جو نمبر: Q10
|
بايو انفارميٽڪس تجزيا
●خام ڊيٽا پروسيسنگ
● نقل جي سڃاڻپ
● متبادل splicing
● جين ليول ۽ آئسفارم ليول ۾ اظهار جي مقدار
● اختلافي اظهار جو تجزيو
● فنڪشن تشريح ۽ افزودگي (DEGs ۽ DETs)
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
نيوڪليوٽائيڊس:
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥7.0؛ جانورن لاءِ: RIN≥7.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
ٽشو: وزن (خشڪ): ≥1 گ
*5 mg کان ننڍي ٽشوز لاءِ، اسان تجويز ڪريون ٿا ته فليش منجمد (مائع نائٽروجن ۾) ٽشو نموني موڪلڻ لاءِ.
سيل معطلي: سيل ڳڻپ = 3 × 106- 1 × 107
* اسان منجهيل سيل ليسٽ کي موڪلڻ جي صلاح ڏيو ٿا.ان صورت ۾ ته سيل 5 × 10 کان ننڍو ٿئي ٿو5, فليش منجمد مائع نائٽروجن ۾ سفارش ڪئي وئي آهي، جيڪا مائڪرو ڪڍڻ لاء بهتر آهي.
رت جا نمونا: حجم ≥1 ml
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
ترسيل: 2، خشڪ برف: نمونن کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
- آر اين اي اسٽيبل ٽيوب: آر اين اي جا نمونا آر اين اي اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ٿي سگهن ٿا ۽ ڪمري جي حرارت تي موڪليا وڃن ٿا.
سروس ڪم فلو
نيوڪليوٽائيڊس:
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
سروس ڪم فلو
ٽشو:
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
آر اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
1.اختلافي اظهار جو تجزيو - آتش فشاني پلاٽ
اختلافي اظهار جي تجزيي تي عمل ڪري سگهجي ٿو ٻنهي جين جي سطحن ۾ مختلف طور تي ظاهر ڪيل جينز (DEGs) جي سڃاڻپ ڪرڻ لاءِ ۽ isoform سطح ۾ فرق جي سڃاڻپ ڪرڻ لاءِ
ظاهر ڪيل نقل (DETs)
2.درجه بندي ڪلسٽرنگ گرمي جو نقشو
3. متبادل splicing جي سڃاڻپ ۽ درجه بندي
Astalavista پاران پنج قسم جي متبادل ورهائڻ واري واقعن جي اڳڪٿي ڪري سگهجي ٿي.
4.متبادل پولي-ايڊينيليشن (APA) واقعن جي سڃاڻپ ۽ نقشو پولي-اي جي 50 بي پي اپ اسٽريم تي
BMK ڪيس
نانوپور مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪروم جي ترتيب سان متبادل ڌار ڌار سڃاڻپ ۽ isoform-سطح جي مقدار
شايع ٿيل:فطرت مواصلات، 2020
حڪمت عملي جي ترتيب:
گروهه بندي: 1. CLL-SF3B1(WT)؛2. CLL-SF3B1 (K700E ميوٽيشن)؛3. عام بي سيلز
ترتيب ڏيڻ واري حڪمت عملي: MinION 2D لائبريري جي ترتيب، PromethION 1D لائبريري جي ترتيب؛ساڳئي نموني مان مختصر پڙهڻ واري ڊيٽا
تسلسل پليٽ فارم: Nanopore MinION؛نانوپور PromethION؛
اهم نتيجا
1.Isoform-سطح متبادل splicing جي سڃاڻپ
ڊگھي-پڙھيل ترتيبون ميوٽيٽ SF3B1 جي سڃاڻپ کي طاقت ڏئي ٿيK700E-Isoform-سطح تي splice سائيٽن کي تبديل ڪيو.35 متبادل 3′SSs ۽ 10 متبادل 5′SSs مليا ويا آهن خاص طور تي SF3B1 جي وچ ۾ ورهايل آهن.K700E۽ SF3B1WT.33 مان 35 تبديليون ڊگھي-پڙھيل ترتيبن پاران نوان دريافت ڪيا ويا.
2.Isoform-سطح متبادل Splicing quantification
SF3B1 ۾ intron برقرار رکڻ (IR) isoforms جو اظهارK700E۽ SF3B1WTنانوپور جي ترتيبن جي بنياد تي مقدار جو اندازو لڳايو ويو، SF3B1 ۾ IR isoforms جي عالمي سطح تي ضابطي کي ظاهر ڪندي.K700E.
حوالو
تانگ AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.مڪمل ڊگھي ٽرانسڪرپٽ خصوصيت SF3B1 ميوٽيشن جي دائمي لففيڪيٽڪ ليوڪيميا ۾ ظاهر ڪري ٿي برقرار رکيل اندرين جي گهٽتائي [J].فطرت مواصلات.
