ارتقائي جينياتي
سروس فائدا
Takagi et al.,پلانٽ جرنل، 2013
● نيوڪليوٽائيڊ ۽ امينو اسيد جي سطح تي تبديلين جي بنياد تي نسلن جي فرق جي وقت ۽ رفتار جو اندازو لڳائڻ
● نسلن جي وچ ۾ وڌيڪ قابل اعتماد phylogenetic لاڳاپن کي ظاهر ڪرڻ سان گڏ ڪنورجنٽ ارتقاء ۽ متوازي ارتقاء جي گهٽ ۾ گهٽ اثر سان
● جينياتي تبديلين ۽ فينوٽائپس جي وچ ۾ ڳنڍڻ جي تعمير ڪرڻ خاص طور تي لاڳاپيل جين کي ظاهر ڪرڻ لاء
● جينياتي تنوع جو اندازو لڳائڻ، جيڪو نسلن جي ارتقائي صلاحيت کي ظاهر ڪري ٿو
● تيز ٽرنارائونڊ وقت
● وسيع تجربو: BMK 12 سالن کان وڌيڪ عرصي تائين آبادي ۽ ارتقائي لاڳاپيل منصوبن ۾ وسيع تجربو گڏ ڪري چڪو آهي، جنهن ۾ سوين نسلن وغيره شامل آهن ۽ 80 کان وڌيڪ اعليٰ سطحي منصوبن ۾ حصو ورتو آهي جيڪي نيچر ڪميونيڪيشن، ماليڪيولر پلانٽس، پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي جرنل وغيره ۾ شايع ٿيل آهن.
خدمت جي وضاحت
مواد:
عام طور تي، گھٽ ۾ گھٽ ٽي ذيلي آبادي (مثال طور ذيلي جنس يا strains) جي سفارش ڪئي وئي آھي.هر ذيلي آبادي ۾ 10 ماڻهن کان گهٽ نه هجڻ گهرجي (ٻوٽا ＞ 15، نادر نسلن لاءِ گهٽجي سگهن ٿا).
حڪمت عملي جي ترتيب:
* WGS کي اعليٰ معيار جي ريفرنس جينوم وارن نسلن لاءِ استعمال ڪري سگهجي ٿو، جڏهن ته SLAF-Seq جنسن تي لاڳو ٿئي ٿو يا ته ريفرنس جينوم سان يا ان کان سواءِ، يا خراب معيار جي ريفرنس جينوم سان.
| جينوم سائيز تي لاڳو | WGS | SLAF-ٽيگ (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/انفرادي | WGS وڌيڪ سفارش ڪئي وئي آهي |
| 500 ايم بي - 1 جي بي | 10 | |
| 1 جي بي - 2 جي بي | 20 | |
| ≥2 جي بي | 30 |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● ارتقائي تجزيو
● چونڊيل ڇڪڻ
● جين جو وهڪرو
● ڊيموگرافڪ تاريخ
● تفاوت جو وقت
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
| نسل | ٽشو | WGS-NGS | SLAF |
| حيوان
| ويسرل بافتو |
0.5 ~ 1 گرام
|
0.5 گرام
|
| عضلتون | |||
| ممالين جو رت | 1.5 ملي ليٽر
| 1.5 ملي ليٽر
| |
| مرغي/ مڇي جو رت | |||
| ٻوٽو
| تازو پنو | 1 ~ 2 جي | 0.5 ~ 1 گرام |
| پنکڙي/ اسٽيم | |||
| جڙ/ ٻج | |||
| سيلون | ثقافتي سيل |
| جي ڊي اين اي | توجهه | رقم (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
*هتي ڏيکاريل ڊيمو نتيجا سڀ BMKGENE سان شايع ٿيل جينوم مان آهن
1. ارتقاء جي تجزيي ۾ phylogenetic وڻ جي تعمير، آبادي جي جوڙجڪ ۽ جينياتي تبديلين جي بنياد تي PCA شامل آهن.
Phylogenetic وڻ عام ابن ڏاڏن سان نسلن جي وچ ۾ ٽيڪسونومي ۽ ارتقائي رشتن جي نمائندگي ڪري ٿو.
PCA جو مقصد ذيلي آبادي جي وچ ۾ ويجهڙائي کي ڏسڻ آهي.
آبادي جي جوڙجڪ جينياتي طور تي مختلف ذيلي آبادي جي موجودگي کي ظاهر ڪري ٿو ايللي تعدد جي لحاظ کان.
چن، وغيره.ال.،PNAS، 2020
2. چونڊيل ڇڪڻ
سليڪٽي سوئيپ ان عمل ڏانهن اشارو ڪري ٿو جنهن جي ذريعي هڪ فائدي واري سائيٽ کي چونڊيو وڃي ٿو ۽ ڳنڍيل غير جانبدار سائيٽن جي تعدد کي وڌايو وڃي ٿو ۽ اڻ ڳنڍيل سائيٽن جي گهٽتائي ڪئي وئي آهي، نتيجي ۾ علائقائي گهٽتائي.
جينوم-وائڊ ڊڪشنريشن سلائيڊنگ ونڊو (100 Kb) جي اندر مخصوص قدم (10 Kb) جي اندر سڀني SNPs جي آبادي جينياتي انڊيڪس (π، Fst، Tajima's D) جي حساب سان عمل ڪيو ويندو آهي.
نيوڪليوٽائيڊ تنوع (π)
تاجيما جي ڊي
فڪسيشن انڊيڪس (Fst)
وو، وغيره.ال.،ماليڪيولر پلانٽ، 2018
3. جين جو وهڪرو
وو، وغيره.ال.،ماليڪيولر پلانٽ، 2018
4. ڊيموگرافڪ تاريخ
ژانگ، وغيره.ال.،فطرت ماحوليات ۽ ارتقا، 2021
5. تفاوت جو وقت
ژانگ، وغيره.ال.،فطرت ماحوليات ۽ ارتقا، 2021
BMK ڪيس
هڪ جينوميڪ ويريشن نقشو بهار جي چيني گوبي جي جينياتي بنيادن ۾ بصيرت مهيا ڪري ٿو
شايع ٿيل: ماليڪيولر پلانٽ، 2018
حڪمت عملي جي ترتيب:
ترتيب ڏيڻ: تسلسل جي کوٽائي: 10 ×
اهم نتيجا
هن مطالعي ۾، 194 چيني گوبي کي ٻيهر ترتيب ڏيڻ لاءِ پروسيس ڪيو ويو 10× جي سراسري کوٽائي سان، جنهن مان 1,208,499 SNPs ۽ 416,070 InDels حاصل ڪيا ويا.انهن 194 لائينن تي Phylogenetic تجزيو ڏيکاريو ويو آهي ته انهن لائينن کي ٽن ماحوليات ۾ ورهائي سگهجي ٿو، بهار، اونهاري ۽ سرء.ان کان علاوه، آبادي جي جوڙجڪ ۽ پي سي اي جي تجزيي ظاهر ڪئي آهي ته بهار جي چيني گوبي جي شروعات شنڊونگ، چين ۾ هڪ خزاں گوبي مان ڪئي وئي هئي.اهي بعد ۾ ڪوريا ۽ جپان ۾ متعارف ڪرايا ويا، مقامي لائينن سان ڪراس ڪيا ويا ۽ انهن مان ڪجهه دير سان بولڻ واري قسم کي واپس چين ۾ متعارف ڪرايو ويو ۽ آخر ۾ بهار چيني گوبي بڻجي ويو.
جينوم-وائڊ اسڪيننگ تي بهار جي چيني گوباج ۽ خزاں جي گوبج تي چونڊ تي 23 جينومڪ لوسي ظاهر ڪيا ويا جيڪي مضبوط چونڊ مان گذريا آهن، جن مان ٻه QTL-ميپنگ جي بنياد تي بولٽنگ-ٽائم ڪنٽرولنگ علائقي سان اوورليپ ڪيا ويا.انهن ٻن علائقن ۾ اهم جينز مليا ويا جيڪي گلن کي منظم ڪن ٿا، BrVIN3.1 ۽ BrFLC1.انهن ٻن جينز کي وڌيڪ تصديق ڪئي وئي ته ٽرانسڪروم مطالعي ۽ ٽرانسجنڪ تجربن جي ذريعي بولٽنگ وقت ۾ ملوث هجڻ جي.
 چيني گوبي تي آبادي جي جوڙجڪ جو تجزيو |  چيني گوبي جي چونڊ تي جينياتي معلومات |
Tongbing, et al."هڪ جينوميڪ ويريشن نقشو بهار جي چيني گوبي جي جينياتي بنيادن ۾ بصيرت مهيا ڪري ٿو (براسيڪا ريپا ssp.pekinensis) چونڊ."ماليڪيولر ٻوٽا،11 (2018): 1360-1376.
