Metagenomic تسلسل - NGS
سروس فائدا
● مائڪروبيل ڪميونٽي پروفائلنگ لاءِ آئسوليشن ۽ پوکڻ کان سواءِ
● ماحولياتي نموني ۾ گهٽ-گهڻا نسلن کي ڳولڻ ۾ اعلي قرارداد
● "ميٽا-" جو خيال سڀني حياتياتي خاصيتن کي فنڪشنل سطح، نسلن جي سطح ۽ جين جي سطح تي ضم ڪري ٿو، جيڪو هڪ متحرڪ نظر کي ظاهر ڪري ٿو جيڪو حقيقت جي ويجهو آهي.
● BMK 10,000 کان وڌيڪ نمونن جي پروسيس ٿيل مختلف نمونن جي قسمن ۾ وسيع تجربو گڏ ڪري ٿو.
خدمت جي وضاحت
| پليٽ فارم | تسلسل | سفارش ٿيل ڊيٽا | موٽڻ جو وقت |
| Illumina NovaSeq 6000 | پي 150 | 6 جي / 10 جي / 20 جي | 45 ڪم ڏينهن |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
● Metagenome اسيمبلي
● غير فالتو جين سيٽ ۽ تشريح
● نسلن جي تنوع جو تجزيو
● جينياتي فنڪشن تنوع تجزيو
● بين الاقوامي گروپ تجزيو
● تجرباتي عوامل جي خلاف انجمن جو تجزيو
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
لاءِڊي اين اي ڪڍڻ:
| نموني جو قسم | رقم | توجهه | پاڪائي |
| ڊي اين اي ڪڍڻ | > 100 اين | > 1 اين جي / μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
ماحولياتي نموني لاء:
| نموني جو قسم | تجويز ڪيل نموني جي طريقيڪار |
| مٽي | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛باقي سڪل مادي کي سطح تان هٽائڻ جي ضرورت آهي؛وڏن ٽڪرن کي پيس ۽ 2 ملي ايم فلٽر ذريعي گذريو؛محفوظ ڪرڻ لاءِ sterile EP-tube يا cyrotube ۾ عليڪوٽ جا نمونا. |
| وات | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot جا نمونا sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاءِ. |
| آنت جو مواد | نمونن تي عمل ڪرڻ جي ضرورت آهي aseptic حالت ۾.گڏ ٿيل ٽشو کي PBS سان ڌوئڻ؛PBS کي سينٽريفيوج ڪريو ۽ EP-ٽيوب ۾ اڳڪٿي ڪندڙ گڏ ڪريو. |
| ڪچرو | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot سلج جو نمونو sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاء |
| پاڻي وارو | مائڪروبيل جي محدود مقدار سان نموني لاءِ، جهڙوڪ نل جو پاڻي، کوهه جو پاڻي، وغيره، گهٽ ۾ گهٽ 1 L پاڻي گڏ ڪريو ۽ 0.22 μm فلٽر ذريعي لنگهيو ته جيئن جھلي تي مائڪروبيل کي بهتر بڻائي سگهجي.جھلي کي sterile ٽيوب ۾ ذخيرو ڪريو. |
| چمڙي | احتياط سان چمڙي جي مٿاڇري کي جراثيم کان پاڪ ڪپهه جي سواب يا جراحي بليڊ سان ڇڪيو ۽ ان کي جراثيم کان پاڪ ٽيوب ۾ رکو. |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
نموني کي 3-4 ڪلاڪن لاء مائع نائٽروجن ۾ منجمد ڪريو ۽ مائع نائيٽروجن يا -80 درجا ڊگھي مدت تائين محفوظ ڪريو.خشڪ برف سان نموني جي ترسيل گهربل آهي.
سروس ڪم فلو
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
1. هسٽوگرام: نسلن جي ورڇ
2. فنڪشنل جينز KEGG ميٽابولڪ رستن تي بيان ڪيل
3. گرمي جو نقشو: تعلقي جين جي گهڻائي جي بنياد تي مختلف ڪم
4.Circos of CARD اينٽي بايوٽڪ مزاحمتي جينز
BMK ڪيس
اينٽي بائيوٽڪ مزاحمتي جينز ۽ بيڪٽيريا جي جراثيم جي پکيڙ مٽي-مينگروو روٽ تسلسل سان گڏ
شايع ٿيل:خطرناڪ مواد جو جرنل، 2021
حڪمت عملي جي ترتيب:
مواد: مينگروو روٽ سان لاڳاپيل نمونن جي چئن ٽڪرن جا ڊي اين اي نڪتا: اڻ پوکيل مٽي، رائيزوسفيئر، ايپي اسفيئر ۽ انڊوسفيئر جا حصا
پليٽ فارم: Illumina HiSeq 2500
ھدف: Metagenome
16S rRNA جين V3-V4 علائقو
اهم نتيجا
مٽيءَ مان ٻوٽن ۾ اينٽي بائيوٽڪ مزاحمتي جينز (ARGs) جي ورهاست جو مطالعو ڪرڻ لاءِ مينگروو ٻوٽن جي مٽي جي جڙ جي تسلسل تي ميٽاجينومڪ ترتيب ۽ ميٽابارڪوڊنگ پروفائلنگ تي عمل ڪيو ويو.Metagenomic ڊيٽا انڪشاف ڪيو ته اينٽي بايوٽڪ مزاحمتي جينز جو 91.4٪ عام طور تي مٿي ذڪر ڪيل چئن مٽي جي حصن ۾ عام طور تي سڃاڻپ ڪئي وئي هئي، جيڪو هڪ مسلسل فيشن ڏيکاري ٿو.16S rRNA amplicon sequencing 29,285 sequences ٺاهيا، 346 جنس جي نمائندگي ڪن ٿا.amplicon جي ترتيب سان نسلن جي پروفائيلنگ سان گڏ، هي ورهاست روٽ سان لاڳاپيل مائڪرو بائيوٽا کان آزاد محسوس ڪيو ويو، جڏهن ته، جينياتي عناصر جي موبائيل ذريعي سهولت ٿي سگهي ٿي.هن مطالعي جي سڃاڻپ ڪئي ARGs ۽ پيٿوجنز جي وهڪري کي مٽي مان ٻوٽن ۾ هڪ ٻئي سان ڳنڍيل مٽي-روٽ تسلسل ذريعي.
حوالو
وانگ، سي، هو، آر، اسٽرانگ، پي جي، زوانگ، ڊبليو، ۽ شو، ايل.(2020).مٽي سان گڏ اينٽي بايوٽڪ مزاحمتي جينز ۽ بيڪٽيريا جي جراثيم جي پکيڙ- مينگروو روٽ تسلسل.خطرناڪ مواد جو جرنل، 408، 124985.
