Էուկարիոտիկ mRNA հաջորդականություն-Illumina
Առավելությունները
ØԲարձր փորձառությամբ. ավելի քան 200,000 նմուշներ մշակվել են BMK-ում, որոնք ընդգրկում են տարբեր նմուշների տեսակներ, ներառյալ բջիջների մշակույթը, հյուսվածքը, մարմնի հեղուկը և այլն, և ավելի քան 7,000 mRNA-Seq նախագծեր, որոնք ընդգրկում են տարբեր հետազոտական տարածքներ:
ØՈրակի վերահսկման խիստ համակարգ. Որակի վերահսկման հիմնական կետերը բոլոր քայլերով, ներառյալ նմուշի պատրաստումը, գրադարանի պատրաստումը, հաջորդականությունը և բիոինֆորմատիկան, գտնվում են սերտ մոնիտորինգի ներքո՝ բարձրորակ արդյունքներ ապահովելու համար:
ØԲազմաթիվ տվյալների բազաներ, որոնք հասանելի են գործառույթների անոտացիայի և հարստացման ուսումնասիրությունների համար՝ տարբեր հետազոտական նպատակներ իրականացնելու համար:
ØՎաճառքից հետո ծառայություններ. Վաճառքից հետո ծառայությունները վավեր են ծրագրի ավարտից հետո 3 ամիս, ներառյալ նախագծերի հետևում, խնդիրների վերացում, արդյունքների հարցուպատասխան և այլն:
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հերթականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի հսկողություն |
| Poly A հարստացված | Illumina PE150 | 6 Գբ | Q30≥85% |
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ:
| Մաքրություն | Անարատություն | Գումարը |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսերի համար՝ RIN≥6.5;Կենդանիների համար՝ RIN≥7;28S/18S≥1.0;սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության | Համառ.≥30 նգ/մլ;Ծավալը ≥ 10 μl;Ընդհանուր ≥ 1,5 մկգ |
Հյուսվածք՝ Քաշ (չոր):≥1 գ
*5 մգ-ից փոքր հյուսվածքի համար խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել ֆլեշ սառեցված (հեղուկ ազոտի մեջ) հյուսվածքի նմուշ:
Բջջային կասեցում.Բջիջների քանակը = 3×106- 1×107
*Խորհուրդ ենք տալիս առաքել սառեցված բջիջների լիզատ:Այն դեպքում, երբ այդ բջիջը 5×105-ից փոքր է, խորհուրդ է տրվում սառեցված հեղուկ ազոտի մեջ, որը նախընտրելի է միկրո արդյունահանման համար:
Արյան նմուշներ.Ծավալը≥1 մլ
Միկրոօրգանիզմ:Զանգվածը ≥ 1 գ
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ. 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Բարձում:
- Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
- ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Կենսաինֆորմատիկա
Էվկարիոտիկ mRNA հաջորդականության վերլուծության աշխատանքային հոսք
Կենսաինֆորմատիկա
ØՀում տվյալների որակի վերահսկում
ØՀղում գենոմի հավասարեցում
ØՍղագրության կառուցվածքի վերլուծություն
ØԱրտահայտման քանակականացում
ØԴիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն
ØԳործառույթների անոտացիա և հարստացում
1.mRNA Տվյալների հագեցվածության կորը
2.Դիֆերենցիալ արտահայտության վերլուծություն-Հրաբխային սյուժե
3.KEGG անոտացիա DEG-ների վրա
4.GO դասակարգումը DEG-ների վրա
