-
Գենոմի ամբողջ ասոցիացիայի վերլուծություն
Գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրությունը (GWAS) նպատակ ունի բացահայտելու գենետիկ տարբերակները (գենոտիպը), որոնք կապված են հատուկ հատկությունների (ֆենոտիպի) հետ:GWAS-ի ուսումնասիրությունը ուսումնասիրում է գենետիկական մարկերները, որոնք հատում են մեծ թվով անհատների ամբողջ գենոմը և կանխատեսում է գենոտիպ-ֆենոտիպ ասոցիացիաները՝ բնակչության մակարդակով վիճակագրական վերլուծության միջոցով:Այն լայնորեն կիրառվել է մարդկանց հիվանդությունների և ֆունկցիոնալ գեների արդյունահանման հետազոտություններում կենդանիների կամ բույսերի բարդ հատկությունների վրա:
-
Միակ միջուկային ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
Մեկ բջիջների գրավման և անհատական գրադարանների կառուցման տեխնիկայի առաջընթացը, որը զուգորդվում է բարձր թողունակությամբ հաջորդականության հետ, թույլ է տալիս գեների արտահայտման ուսումնասիրություններ բջիջ առ բջիջ:Այն թույլ է տալիս ավելի խորը և ամբողջական համակարգային վերլուծություն կատարել բարդ բջիջների պոպուլյացիաների վրա, որոնցում հիմնականում խուսափում է դրանց տարասեռությունը քողարկելուց՝ հաշվի առնելով բոլոր բջիջների միջինը:
Այնուամենայնիվ, որոշ բջիջներ հարմար չեն միաբջջային կասեցման պատրաստման համար, ուստի անհրաժեշտ են նմուշի պատրաստման այլ մեթոդներ՝ միջուկի արդյունահանումը հյուսվածքներից, այսինքն՝ միջուկը ուղղակիորեն հանվում է հյուսվածքներից կամ բջջից և պատրաստվում է մեկ միջուկային կասեցման՝ մեկ-միջուկի համար: բջիջների հաջորդականություն.
BMK-ն տրամադրում է 10× Genomics ChromiumTM-ի վրա հիմնված միաբջիջ ՌՆԹ-ի հաջորդականացման ծառայություն:Այս ծառայությունը լայնորեն օգտագործվել է հիվանդությունների հետ կապված հետազոտությունների համար, ինչպիսիք են իմունային բջիջների տարբերակումը, ուռուցքի տարասեռությունը, հյուսվածքների զարգացումը և այլն:
Տարածական տրանսկրիպտոմային չիպ՝ 10× Genomics
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq 6000
-
Բույսերի/կենդանիների ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը
Ամբողջ գենոմի վերահերթականավորումը, որը նաև հայտնի է որպես WGS, հնարավորություն է տալիս բացահայտել ինչպես ընդհանուր, այնպես էլ հազվագյուտ մուտացիաները ողջ գենոմում, ներառյալ մեկ նուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմը (SNP), ներդրման ջնջումը (InDel), կառուցվածքի փոփոխությունը (SV) և պատճենի թվի փոփոխությունը (CNV): )SV-ները կազմում են փոփոխական բազայի ավելի մեծ մասը, քան SNP-ները և ավելի մեծ ազդեցություն ունեն գենոմի վրա, ինչը զգալի ազդեցություն ունի կենդանի օրգանիզմների վրա:Երկար ընթերցված հաջորդականությունը թույլ է տալիս ավելի ճշգրիտ նույնականացնել մեծ բեկորները և բարդ տատանումները, քանի որ երկար ընթերցումները շատ ավելի հեշտ են դարձնում քրոմոսոմային հատումը բարդ շրջաններով, ինչպիսիք են տանդեմ կրկնությունները, GC/AT հարուստ շրջանները և հիպեր-փոփոխական շրջանները:
Պլատֆորմ՝ Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Տարածական տրանսկրիպտոմ
Բջիջների տարածական կազմակերպումը կենսական դեր է խաղում տարբեր կենսաբանական գործընթացներում, ինչպիսիք են իմունային ինֆիլտրացիան, սաղմի զարգացումը և այլն: Տարածական տրանսկրիպտոմի հաջորդականությունը, որը ցույց է տալիս գեների էքսպրեսիայի պրոֆիլավորումը` պահպանելով տարածական դիրքի մասին տեղեկատվությունը, մեծ պատկերացումներ է տալիս տրանսկրիպտոմի մակարդակի հյուսվածքների ճարտարապետության վերաբերյալ:Տեխնոլոգիաների զարգացման հետ մեկտեղ անհրաժեշտ է ավելի բարձր լուծաչափով ուսումնասիրել հյուսվածքների ծայրահեղ պարզ մորֆոլոգիան և տարածական մոլեկուլային արտահայտման իրական կառուցվածքային տարբերությունը:BMKGENE-ն ապահովում է համապարփակ, միանգամյա տարածական տրանսկրիպտոմի հաջորդականության ծառայություն՝ նմուշներից մինչև կենսաբանական պատկերացումներ:
Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի տեխնոլոգիաները հզորացրեցին նոր հեռանկարներ տարբեր հետազոտական ասպարեզում՝ լուծելով գենային արտահայտման պրոֆիլը տարածական բովանդակությամբ տարասեռ նմուշներում:
Տարածական տրանսկրիպտոմային չիպ՝ BMKMANU S1000
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression-ը տարածական տրանսկրիպտոմի հաջորդականության հիմնական տեխնոլոգիա է՝ ընդհանուր mRNA-ի հիման վրա հյուսվածքների դասակարգման համար:Քարտեզագրեք ամբողջ տրանսկրիպտոմը մորֆոլոգիական համատեքստով՝ նորմալ զարգացման, հիվանդության պաթոլոգիայի և կլինիկական թարգմանչական հետազոտությունների վերաբերյալ նոր պատկերացումներ հայտնաբերելու համար:BMKGENE-ն ապահովում է համապարփակ, միանգամյա տարածական տրանսկրիպտոմի հաջորդականության ծառայություն՝ նմուշներից մինչև կենսաբանական պատկերացումներ:
Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի տեխնոլոգիաները հզորացրեցին նոր հեռանկարներ տարբեր հետազոտական ասպարեզում՝ լուծելով գենային արտահայտման պրոֆիլը տարածական բովանդակությամբ տարասեռ նմուշներում.
Տարածական տրանսկրիպտոմային չիպ՝ 10x Genomics Visium
Հարթակ:Illumina NovaSeq 6000
-
Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն-Նանոպոր
ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը անգնահատելի գործիք է եղել տրանսկրիպտոմի համապարփակ վերլուծության համար:Անկասկած, ավանդական կարճ ընթերցման հաջորդականությունը այստեղ բազմաթիվ կարևոր զարգացումների է հասել:Այնուամենայնիվ, այն հաճախ հանդիպում է սահմանափակումների ամբողջ երկարությամբ իզոֆորմների նույնականացման, քանակականացման, PCR կողմնակալության մեջ:
Nanopore sequencing-ը տարբերվում է հաջորդականության այլ հարթակներից, քանի որ նուկլեոտիդները ընթերցվում են ուղղակիորեն առանց ԴՆԹ-ի սինթեզի և առաջացնում են երկար ընթերցումներ տասնյակ կիլոբազաներով:Սա հնարավորություն է տալիս ուղիղ ընթերցմամբ հատել ամբողջական տառադարձումները և հաղթահարել իզոֆորմ մակարդակի ուսումնասիրությունների մարտահրավերները:
Հարթակ:Nanopore PromethION
Գրադարան:cDNA-PCR
-
Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն - PacBio
De novoամբողջ երկարությամբ տրանսկրիպտոմային հաջորդականություն, որը նաև հայտնի է որպեսDe novoIso-Seq-ն օգտագործում է PacBio sequencer-ի առավելությունները ընթերցման երկարության մեջ, որը հնարավորություն է տալիս ամբողջ երկարությամբ cDNA մոլեկուլների հաջորդականությունը առանց ընդմիջումների:Սա լիովին խուսափում է տառադարձման հավաքման քայլերում առաջացած ցանկացած սխալներից և կառուցում է unigene հավաքածուներ իզոֆորմի մակարդակի լուծաչափով:Այս unigene հավաքածուն ապահովում է հզոր գենետիկական տեղեկատվություն՝ որպես «տեղեկատու գենոմ» տրանսկրիպտոմային մակարդակում:Բացի այդ, համակցվելով հաջորդ սերնդի հաջորդականության տվյալների հետ՝ այս ծառայությունը հնարավորություն է տալիս ճշգրիտ քանակականացնել իզոֆորմի մակարդակի արտահայտությունը:
Պլատֆորմ՝ PacBio Sequel IIԳրադարան՝ SMRT զանգի գրադարան -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA հաջորդականությունը հնարավորություն է տալիս պրոֆիլավորել բոլոր mRNA-ները, որոնք արտագրվել են բջիջներից հատուկ պայմաններում:Այն հզոր տեխնոլոգիա է գենային արտահայտման պրոֆիլի, գենային կառուցվածքների և որոշակի կենսաբանական գործընթացների մոլեկուլային մեխանիզմների բացահայտման համար:Մինչ օրս mRNA հաջորդականությունը լայնորեն կիրառվում է հիմնարար հետազոտությունների, կլինիկական ախտորոշման, դեղերի մշակման և այլնի մեջ:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq 6000
-
Ոչ հղման վրա հիմնված mRNA Sequencing-Illumina
mRNA հաջորդականությունը ընդունում է հաջորդ սերնդի հաջորդականության տեխնիկան (NGS)՝ էուկարիոտից ստացված հաղորդիչ ՌՆԹ (mRNA) գրավելու համար որոշակի ժամանակահատվածում, երբ որոշ հատուկ գործառույթներ են ակտիվանում:Ամենաերկար զուգորդված տառադարձությունը կոչվում էր «Unigene» և օգտագործվում էր որպես հետագա վերլուծության համար հղումային հաջորդականություն, որն արդյունավետ միջոց է՝ ուսումնասիրելու տեսակների մոլեկուլային մեխանիզմը և կարգավորող ցանցը առանց հղման:
Տրանսկրիպտոմի տվյալների հավաքումից և unigene ֆունկցիոնալ անոտացիայից հետո
(1) SSR վերլուծությունը, CDS կանխատեսումը և գենի կառուցվածքը նախապես կկատարվեն:
(2) Յուրաքանչյուր նմուշում կիրականացվի միգենի արտահայտման քանակականացում:
(3) Նմուշների (կամ խմբերի) միջև դիֆերենցիալ արտահայտված միագինները կհայտնաբերվեն միգենային արտահայտման հիման վրա
(4) Կկատարվի դիֆերենցիալ արտահայտված միգեների կլաստերավորում, ֆունկցիոնալ անոտացիա և հարստացման վերլուծություն
-
Երկար չկոդավորող հաջորդականություն-Illumina
Երկար չկոդավորող ՌՆԹ-ները (lncRNAs) ՌՆԹ-ի 200 նտ-ից ավելի երկարությամբ մոլեկուլների տեսակ են, որոնք բնութագրվում են կոդավորման չափազանց ցածր պոտենցիալով։LncRNA-ն, որպես ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ի հիմնական անդամ, հիմնականում հանդիպում է միջուկում և պլազմայում։Հերթականացման տեխնոլոգիայի և կենսաինֆորմատիկայի զարգացումը հնարավորություն է տալիս նույնականացնել բազմաթիվ նոր lncRNA-ներ և դրանք կապել կենսաբանական գործառույթների հետ:Կուտակված ապացույցները ցույց են տալիս, որ lncRNA-ն լայնորեն ներգրավված է էպիգենետիկ կարգավորման, տրանսկրիպցիոն կարգավորման և հետտրանսկրիպցիոն կարգավորման մեջ:
