Ջերմային քարտեզ
Մատրիցային տվյալների ֆայլը օգտագործվում է ջերմային քարտեզի գծագրման համար, որը կարող է զտել, նորմալացնել և խմբավորել մատրիցային տվյալները:Այն հիմնականում օգտագործվում է տարբեր նմուշների միջև գենային արտահայտման մակարդակի կլաստերային վերլուծության համար:
Գենի անոտացիա
Գենային ֆունկցիայի անոտացիան կատարվում է FASTA ֆայլի հաջորդականությունների քարտեզագրմամբ տարբեր տվյալների բազայի վրա:
Գենի անոտացիա
Հիմնական տեղական հավասարեցման որոնման գործիք
CDS_UTR_Prediction
Այս գործիքը նախատեսված է կանխատեսելու կոդավորման շրջանները (CDS) և ոչ կոդավորող շրջանները (UTR) տրված տառադարձման հաջորդականություններում՝ հիմնված պայթեցման վրա՝ հայտնի սպիտակուցային տվյալների բազայի և ORF կանխատեսման վրա:
Մանհեթենի սյուժե
Մանհեթենի սյուժեն հնարավորություն է տալիս տվյալների ցուցադրումը մեծ թվով տվյալների կետերով:Այն սովորաբար օգտագործվում է գենոմի լայն ասոցիացիայի ուսումնասիրություններում (GWAS):
կրկես
CIRCOS դիագրամը հնարավորություն է տալիս ուղղակիորեն ներկայացնել SNP, InDeL, SV, CNV բաշխումները գենոմի վրա:
GO_Հարստացում
TopGO-ն գործիք է, որը նախատեսված է ֆունկցիոնալ հարստացման համար:TopGO-Bioconductor փաթեթը ներառում է արտահայտման դիֆերենցիալ վերլուծություն, GO հարստացման վերլուծություն և արդյունքների վիզուալացում:Այն կստեղծի «Graph» անունով ելք ունեցող թղթապանակ, որը պարունակում է արդյունքներ topGO_BP, topGO_CC և topGO_MF համար:
WGCNA
WGCNA-ն տվյալների արդյունահանման լայնորեն կիրառվող մեթոդ է գեների համատեղ արտահայտման մոդուլներ հայտնաբերելու համար:Այն կիրառելի է տարբեր արտահայտությունների տվյալների համար, ներառյալ միկրոզանգվածի տվյալները և գենային արտահայտման տվյալները, որոնք ծագել են հաջորդ սերնդի հաջորդականությունից:
InterProScan
InterPro սպիտակուցի հաջորդականության վերլուծություն և դասակարգում
GO_KEGG_Հարստացում
Այս գործիքը նախատեսված է GO հարստացման հիստոգրամ, KEGG հարստացման հիստոգրամա և KEGG հարստացման ուղի ստեղծելու համար՝ հիմնված տրամադրված գեների հավաքածուի և համապատասխան անոտացիայի վրա: