16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ծառայության առավելությունները
● Բնապահպանական նմուշներում մանրէաբանական բաղադրության առանց մեկուսացման և արագ նույնականացում
● Բնապահպանական նմուշների ցածր առատ բաղադրիչներում բարձր լուծաչափություն
● Վերջին QIIME2-ը վերլուծում է հոսքը բազմազան վերլուծություններով՝ տվյալների բազայի, անոտացիայի, OTU/ASV-ի առումով:
● Բարձր թողունակություն, ավելի բարձր ճշգրտություն
● Կիրառելի է մանրէաբանական համայնքի տարբեր ուսումնասիրությունների համար
● BMK-ն ունի ավելի քան 100,000 նմուշ/տարի մեծ փորձ՝ ծածկելով հողը, ջուրը, գազը, տիղմը, կղանքը, աղիքները, մաշկը, խմորման արգանակը, միջատները, բույսերը և այլն:
● BMKCloud-ը հեշտացրել է տվյալների մեկնաբանումը, որը պարունակում է 45 անհատականացված վերլուծության գործիքներ
Ծառայության բնութագրերը
| ՀերթականությունՀարթակ | Գրադարան | Առաջարկվող տվյալների ստացում | Շրջադարձի գնահատված ժամանակը |
| Illumina NovaSeq հարթակ | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 օր |
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Հում տվյալների որակի վերահսկում
● OTU կլաստերավորում/աղմկազերծում (ASV)
● OTU անոտացիա
● Ալֆա բազմազանություն
● Բետա բազմազանություն
● Միջխմբային վերլուծություն
● Ասոցիացիայի վերլուծություն փորձարարական գործոնների դեմ
● Ֆունկցիոնալ գենի կանխատեսում
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
ՀամարԴՆԹ-ի քաղվածքներ:
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում | Մաքրություն |
| ԴՆԹ-ի քաղվածքներ | ＞ 30 նգ | ＞ 1 նգ/մլ | OD260/280= 1,6-2,5 |
Բնապահպանական նմուշների համար.
| Նմուշի տեսակը | Առաջարկվող նմուշառման կարգը |
| Հող | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Մնացած չորացած նյութը պետք է հեռացվի մակերեսից.Մանրացրեք խոշոր կտորները և անցեք 2 մմ ֆիլտրով;Առանձին նմուշներ ստերիլ EP-խողովակում կամ ցիրոխողովակում ամրագրման համար: |
| Կղանք | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք նմուշները ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար: |
| Աղիքային պարունակությունը | Նմուշները պետք է մշակվեն ասեպտիկ պայմաններում:Լվացեք հավաքված հյուսվածքը PBS-ով;Ցենտրիֆուգեք PBS-ը և հավաքեք նստվածքը EP-խողովակներում: |
| տիղմ | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և բաժանեք տիղմի նմուշը ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար |
| Ջրային մարմին | Մանրէների սահմանափակ քանակով նմուշի համար, ինչպիսիք են ծորակից ջուրը, ջրհորի ջուրը և այլն, հավաքեք առնվազն 1 լ ջուր և անցեք 0,22 մկմ ֆիլտրով՝ թաղանթի վրա մանրէները հարստացնելու համար:Պահպանեք թաղանթը ստերիլ խողովակի մեջ: |
| Մաշկ | Զգուշորեն քերեք մաշկի մակերեսը ստերիլ բամբակյա շվաբրով կամ վիրահատական շեղբով և դրեք այն ստերիլ խողովակի մեջ: |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում:Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1.Տեսակների բաշխում
2. Ջերմային քարտեզ. Տեսակների հարստության կլաստերավորում
3.Հազվագյուտ ֆրակցիոն կոր
4.NMDS վերլուծություն
5. Lefse վերլուծություն
BMK գործ
2-րդ տիպի շաքարախտով և առանց ճարպակալման մարդիկ ցույց են տալիս աղիքների մանրէաբանական տարբեր ֆունկցիոնալ կարողություններ և կազմություն
Հրապարակված է:Cell Host & Microbe, 2019 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Նիհար ոչ շաքարային դիաբետ (n=633);Գեր ոչ շաքարային դիաբետ (n=494);Գիրություն ունեցող 2-րդ տիպի շաքարախտ (n=153);
Թիրախային շրջան՝ 16S rDNA V1-V2
Պլատֆորմ՝ Illumina Miseq (NGS-ի վրա հիմնված ամպլիկոնի հաջորդականություն)
ԴՆԹ-ի քաղվածքների ենթախումբը ենթարկվել է մետագենոմիկ հաջորդականացման Illumina Hiseq-ի վրա
Հիմնական արդյունքներ
Այս նյութափոխանակության հիվանդությունների մանրէաբանական պրոֆիլները հաջողությամբ տարբերվել են:
Համեմատելով 16S հաջորդականությամբ առաջացած մանրէաբանական առանձնահատկությունները՝ պարզվել է, որ գիրությունը կապված է մանրէների կազմի, անհատական հատկանիշների փոփոխության հետ, հատկապես՝ Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes և այլն: Բացի այդ, T2D-ը կապված է Escherichia/shigella-ի աճի հետ: .
Հղում
Thingholm, LB, et al.«2-րդ տիպի շաքարային դիաբետով և առանց ճարպակալման մարդիկ ցույց են տալիս աղիների տարբեր մանրէաբանական ֆունկցիոնալ կարողություններ և կազմություն»:Բջջային հյուրընկալող և մանրէներ26.2 (2019).
